MICOM

MICOM on Python-paketti mikrobiyhteisöjen metaboliseen mallinnukseen. Se rakentaa ja simuloi yhteisötason metabolisia malleja taksonien runsaustietojen ja genomitason rekonstruktioiden pohjalta.

MICOM
- Lisenssi
- Saatavuus
- Käyttö
- Tuki
- Lisätietoja

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia Apache 2.0 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu: 0.39.0 (moduuli py-micom), bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

MICOM on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load py-micom/0.39.0

MICOMia käytetään Python-kirjastona. Kirjoita analyysisi Python-skriptiin ja suorita se esimerkiksi eräajossa:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=micom
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=08:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=4G

module load bio-apps/v202603
module load py-micom/0.39.0

python my_micom_analysis.py

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234). MICOM voi käyttää useita säikeitä; aseta skriptissäsi työntekijöiden määrä vastaamaan asetusta --cpus-per-task.

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta sivulta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC Service Desk