MUSCLE5

MUSCLE5 on MUSCLEn nykyinen pääversio, joka on laajasti käytetty ohjelmisto proteiini- ja nukleotidisekvenssien monikohdistusten tekemiseen. Se tuo mukanaan uusia algoritmeja sekä mahdollisuuden tuottaa vaihtoehtoisten kohdistusten ensemblejä. Vanhemmasta versiosta 3, katso MUSCLE.

MUSCLE5

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu: 5.1.0, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

MUSCLE5 on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten MUSCLE5-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load muscle5/5.1.0

Kohdista sekvenssit FASTA-tiedostosta:

muscle5 -align sequences.fasta -output aligned.fasta -threads 8

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=muscle5
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=4G

module load bio-apps/v202603
module load muscle5/5.1.0

muscle5 -align sequences.fasta -output aligned.fasta -threads $SLURM_CPUS_PER_TASK

Korvaa <project> CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta sivulta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC Service Desk