Yleiskatsaus

On mahdollista asentaa omia ohjelmistoja CSC:n supertietokoneille, jos et löydä tarpeisiisi sopivaa ohjelmistoa esiasennettujen sovellusten listasta tai käyttämällä module spider -komentoa. Asennusmenettely vaihtelee käyttämäsi sovelluksen mukaan. On kuitenkin joitakin yleisiä sääntöjä, jotka kannattaa pitää mielessä:

Et voi käyttää sudo-komentoa, eli tyypilliset sudo apt- tai sudo yum -komennot, joita saatat löytää verkosta, eivät toimi CSC:n supertietokoneilla.
Et voi asentaa "standardeihin" järjestelmäsijainteihin, kuten /usr/bin, /usr/lib jne. Sen sijaan paras sijainti omille asennuksillesi on projektisi /projappl-hakemisto.
Käytä kääntämisen aikana nopeaa paikallista levyä $TMPDIR, jotta rinnakkaista tiedostojärjestelmää ei kuormiteta tarpeettomasti. Sovellusten kääntäminen aiheuttaa tyypillisesti melko paljon I/O-kuormaa.
Monet ohjelmistot saattavat vaatia riippuvuuksia, esimerkiksi HPC-kirjastoja, kuten FFTW tai ScaLAPACK. Huomaa, että monet näistä ovat saatavilla esiasennettuina moduuleina, joten kaikkea ei välttämättä tarvitse asentaa alusta asti itse.
Uusia ohjelmistoja ei lisätä automaattisesti $PATH-muuttujaasi. Jotta voit käyttää ohjelmistoa, anna joko koko polku tai lisää se komennolla export PATH=/path/to/my/app/bin:$PATH.

Apua on saatavilla!

Älä epäröi ottaa yhteyttä CSC:n Service Deskiin, jos kohtaat ongelmia omien ohjelmistojesi asentamisessa.

Natiivit asennukset

Natiiveilla asennuksilla tarkoitetaan sovelluksia, jotka asennetaan suoraan järjestelmään. Tyypillisesti ohjelmiston lähdekoodi ladataan, koodi käännetään ja asennetaan sijaintiin, johon käyttäjällä on kirjoitusoikeus, esimerkiksi projektin /projappl-hakemistoon. Natiivi asennus lähdekoodista voi joskus olla ainoa tapa asentaa sovellus, ja sitä suositellaan erityisesti ohjelmistoille, joilla on vähän tai ei lainkaan riippuvuuksia.

Kääntäminen

C-, C++- tai Fortran-ohjelmointikielillä kirjoitetut HPC-ohjelmistot täytyy kääntää ennen asentamista. Ohjeita ohjelmistojen kääntämiseen CSC:n supertietokoneilla löytyy alla olevista linkeistä. Lisäksi tarjolla on luettelo saatavilla olevista HPC-kirjastoista, jotka voi olla tarpeen linkittää käännöksen yhteydessä.

Spack

Spack on joustava paketinhallintatyökalu, jota voidaan käyttää ohjelmistojen asentamiseen supertietokoneille sekä Linux- ja macOS-järjestelmiin. Perusmoduulipuu, mukaan lukien kääntäjät, MPI-kirjastot ja monet CSC:n supertietokoneilla saatavilla olevista ohjelmistoista, on asennettu Spackilla. Spack on samankaltainen kuin EasyBuild-paketinhallintatyökalu, jota käytetään laajasti LUMIssa.

CSC tarjoaa Roihussa käyttäjille Spack-moduuleja, joita voidaan käyttää ohjelmistojen rakentamiseen saatavilla olevien kääntäjien ja kirjastojen päälle. On myös mahdollista asentaa moduulipuussa saatavilla olevista paketeista erilaisia räätälöityjä versioita erityisiä käyttötapauksia varten. Katso täältä lyhyt opas ohjelmistojen asentamiseen CSC:n supertietokoneilla Spackin avulla. Spack on saatavilla myös LUMIssa.

Valmiit binäärit

Valmiit binäärit toimivat tyypillisesti optimaalisesti vain siinä järjestelmässä, jolla ne on käännetty. Tämä koskee erityisesti MPI-koodeja, jotka tulisi aina kääntää uudelleen parhaan suorituskyvyn saavuttamiseksi. Jos kuitenkin binääri, jota haluat käyttää, on yksinkertainen sarjallinen tai säikeistetty sovellus, voit kokeilla sen ajamista sellaisenaan.

Kontit

Sovellusten kontittaminen voi olla erittäin tehokas tapa asentaa ohjelmistoja ja kirjastoja, erityisesti jos sovelluksella on monimutkaisia riippuvuuksia, kuten useimmissa Python-ympäristöissä (katso alla). CSC:n supertietokoneet tukevat Apptainer/Singularity-kontteja, jotka ovat samankaltaisia kuin Docker, mutta soveltuvat paremmin monikäyttäjäisiin HPC-järjestelmiin. Useimmissa tapauksissa valmiit Docker-kontit voidaan helposti muuntaa Apptainer-kuvaksi. Toinen vaihtoehto on rakentaa oma kontti alusta alkaen. Lisätietoja konttien käytöstä CSC:n laskentaympäristössä löytyy alla olevista linkeistä:

Python/R-ympäristöt

Parhaiden käytäntöjen ohjeet omien Python- ja R-pakettien asentamiseen löytyvät alla olevilta Python-, R- ja Tykky-konttikääresivuilta.

Lyhyesti sanottuna yksittäiset Python-paketit, joilla on vähän tai ei lainkaan riippuvuuksia, voidaan asentaa CSC:n esiasennettujen Python-moduulien rinnalle komennolla pip install --user <package>. Monimutkaisemmat ympäristöt tulisi aina kontittaa. Tämä onnistuu helposti Tykyn avulla.

Vastaavasti CSC:n tarjoama esiasennettu R-moduuli on kontitettu ympäristö, joka sisältää yli 1300 pakettia. Jos nämä eivät vastaa tarpeitasi, voit asentaa omat pakettisi projektikohtaiseen sijaintiin /projappl-hakemiston alle ja lisätä tämän R:n kirjastopuihin. Katso täältä tarkemmat tiedot.

Lisätietoja

Omien ohjelmistojen asentaminen (CSC:n laskentaympäristön diat ja ohjeet)