Yleiskatsaus

CSC:n supertietokoneille on mahdollista asentaa omia ohjelmistoja, jos tarpeisiisi sopivaa ohjelmistoa ei löydy esiasennettujen sovellusten luettelosta tai komennolla module spider. Asennusmenettely vaihtelee käyttämäsi sovelluksen mukaan. On kuitenkin joitakin yleisiä sääntöjä, jotka kannattaa pitää mielessä:

Et voi käyttää sudo-komentoa, eli verkosta löytyvät tyypilliset sudo apt- tai sudo yum -komennot eivät toimi CSC:n supertietokoneilla.
Et voi asentaa ohjelmistoja "tavanomaisiin" järjestelmäsijainteihin, kuten /usr/bin, /usr/lib jne. Sen sijaan paras sijainti omille asennuksillesi on projektisi /projappl-hakemisto.
Käytä kääntämiseen nopeaa paikallista levyä $TMPDIR, jotta rinnakkaista tiedostojärjestelmää ei kuormiteta turhaan. Sovellusten kääntäminen aiheuttaa yleensä melko paljon I/O-kuormaa.
Monet ohjelmistot saattavat vaatia riippuvuuksia, esimerkiksi HPC-kirjastoja, kuten FFTW tai ScaLAPACK. Huomaa, että monet näistä ovat saatavilla esiasennettuina moduuleina, joten kaikkea ei välttämättä tarvitse asentaa alusta asti itse.
Uusia ohjelmistoja ei lisätä automaattisesti $PATH-muuttujaasi. Jotta voit käyttää ohjelmistoa, anna joko koko polku tai lisää se komennolla export PATH=/path/to/my/app/bin:$PATH.

Apua on saatavilla!

Ota rohkeasti yhteyttä CSC:n asiakastukeen, jos kohtaat ongelmia oman ohjelmistosi asentamisessa.

Natiivit asennukset

Natiiveilla asennuksilla tarkoitetaan sovelluksia, jotka asennetaan suoraan järjestelmään. Tyypillisesti ohjelmiston lähdekoodi ladataan, koodi käännetään ja asennetaan sijaintiin, johon käyttäjällä on kirjoitusoikeus, esimerkiksi projektin /projappl-hakemistoon. Natiivi asennus lähdekoodista voi joskus olla ainoa tapa asentaa sovellus, ja sitä suositellaan erityisesti ohjelmistoille, joilla on vähän tai ei lainkaan riippuvuuksia.

Kääntäminen

C-, C++- tai Fortran-kielillä kirjoitetut HPC-ohjelmistot täytyy kääntää ennen asentamista. Ohjeita ohjelmistojen kääntämiseen CSC:n supertietokoneilla löytyy alla olevista linkeistä. Saatavilla olevista HPC-kirjastoista, jotka voi olla tarpeen linkittää käännöksen yhteydessä, on myös tarjolla luettelo.

Spack

Spack on joustava paketinhallintatyökalu, jota voidaan käyttää ohjelmistojen asentamiseen supertietokoneille sekä Linux- ja macOS-järjestelmiin. Perusmoduulipuu, mukaan lukien kääntäjät, MPI-kirjastot ja monet CSC:n supertietokoneilla saatavilla olevat ohjelmistot, on asennettu Spackilla. Spack muistuttaa EasyBuild-paketinhallintatyökalua, jota käytetään laajasti LUMIssa.

CSC tarjoaa käyttäjille Spack-moduuleja Puhdissa ja Mahdissa, joita voidaan käyttää ohjelmistojen rakentamiseen saatavilla olevien kääntäjien ja kirjastojen päälle. On myös mahdollista asentaa moduulipuussa saatavilla olevista paketeista erilaisia räätälöityjä versioita erityisiä käyttötapauksia varten. Katso tästä lyhyt opas ohjelmistojen asentamiseen CSC:n supertietokoneilla Spackin avulla. Spack on saatavilla myös LUMIssa.

Valmiit binäärit

Valmiit binäärit toimivat yleensä optimaalisesti vain siinä järjestelmässä, jossa ne on käännetty. Tämä koskee erityisesti MPI-koodeja, jotka tulisi aina kääntää uudelleen parhaan suorituskyvyn saavuttamiseksi. Jos kuitenkin haluamasi binääri on yksinkertainen sarjallinen tai säikeistetty sovellus, voit kokeilla sen ajamista suoraan.

Kontit

Sovellusten kontittaminen voi olla erittäin tehokas tapa asentaa ohjelmistoja ja kirjastoja, erityisesti jos sovelluksella on monimutkaisia riippuvuuksia, kuten useimmissa Python-ympäristöissä (katso alla). CSC:n supertietokoneet tukevat Apptainer/Singularity-kontteja, jotka muistuttavat Dockeria, mutta soveltuvat paremmin monikäyttäjäisiin HPC-järjestelmiin. Useimmissa tapauksissa valmiit Docker-kontit voidaan helposti muuntaa Apptainer-kuvaksi. Toinen vaihtoehto on rakentaa oma kontti alusta alkaen. Lisätietoja konttien käytöstä CSC:n laskentaympäristössä löytyy alla olevista linkeistä:

Python/R-ympäristöt

Parhaat käytännöt omien Python- ja R-pakettien asentamiseen löytyvät alla olevilta Python-, R- ja Tykky-konttikääresivuilta.

Lyhyesti sanottuna yksittäiset Python-paketit, joilla on vähän tai ei lainkaan riippuvuuksia, voidaan asentaa CSC:n esiasennettujen Python-moduulien rinnalle komennolla pip install --user <package>. Monimutkaisemmat ympäristöt tulisi aina kontittaa. Tämä onnistuu helposti Tykyn avulla.

Vastaavasti CSC:n tarjoama esiasennettu R-moduuli on kontitettu ympäristö, joka sisältää yli 1300 pakettia. Jos nämä eivät vastaa tarpeitasi, voit asentaa omat pakettisi projektikohtaiseen sijaintiin /projappl-hakemiston alle ja lisätä tämän R:n kirjastopuihin. Katso tästä tarkemmat tiedot.

Lisätietoja

Omien ohjelmistojen asentaminen (CSC:n laskentaympäristön diat ja ohjeet)