Picard Tools

Picard on joukko komentorivityökaluja suuren läpimenon sekvensointidatan (HTS) ja tiedostomuotojen, kuten SAM/BAM/CRAM ja VCF, käsittelyyn.

Picard Tools
- Lisenssi
- Saatavuus
- Käyttö
- Tuki
- Lisätietoja

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia MIT-lisenssillä.

Saatavuus

Roihu-CPU: 3.3.0, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

Picard on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten Picard-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load picard/3.3.0

Saat yhteenvedon käytettävissä olevista työkaluista komennolla:

picard

Huomaa, että Picardin käyttöohjeessa komennot alkavat muodossa java -jar picard.jar. Roihussa Picardia on helpointa käyttää picard-kääreen kautta, joten korvaa se pelkällä komennolla picard.

Esimerkki:

picard SamToFastq I=input.bam FASTQ=output.fastq

Jos sinun täytyy määrittää Picardille Java-asetuksia (esimerkiksi Java-keon koon hallitsemiseksi), voit suorittaa jar-tiedoston suoraan komennolla java — moduuli asettaa $PICARD-ympäristömuuttujan osoittamaan Picardin jar-tiedostoon.

Esimerkki:

java -Xmx16g -jar $PICARD SamToFastq I=input.bam FASTQ=output.fastq

Tuki

CSC:n asiakastuki