Hyppää sisältöön

A new version of SD Connect and SD Desktop will be available from Monday, September 28. The major upgrade will introduce significant improvements, but also includes changes that are not compatible with the current version of the service. Click here to review the available support materials.

Warning!

Puhti and Mahti computing services have been decommissioned and no new jobs are accepted or executed on its compute nodes. Puhti and Mahti login nodes and storage services are planned to remain available until 15 October 2026. Clean up unnecessary files and move any data you need to keep by 31 August 2026. See the Roihu data migration guide for instructions on transferring your data to Roihu.

Picard Tools

Picard on joukko komentorivityökaluja suuren läpimenon sekvensointidatan (HTS) sekä tiedostomuotojen, kuten SAM/BAM/CRAM ja VCF, käsittelyyn.

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia MIT-lisenssillä.

Saatavuus

  • Roihu: 3.3.0, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

Picard on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten Picard-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load picard/3.3.0

Saat yhteenvedon käytettävissä olevista työkaluista komennolla:

picard

Huomaa, että Picardin ohjeissa komennot alkavat muodossa java -jar picard.jar. Roihussa Picardia on helpointa käyttää picard-kääreen kautta, joten korvaa se pelkällä komennolla picard.

Esimerkki:

picard SamToFastq I=input.bam FASTQ=output.fastq

Jos sinun täytyy määrittää Picardille Java-asetuksia (esimerkiksi Java-keon koon hallitsemiseksi), voit suorittaa jar-tiedoston suoraan komennolla java — moduuli asettaa $PICARD-ympäristömuuttujan osoittamaan Picardin jar-tiedostoon.

Esimerkki:

java -Xmx16g -jar $PICARD SamToFastq I=input.bam FASTQ=output.fastq

Tuki

CSC Service Desk

Lisätietoja

Suomenkielinen tekoälykäännös

Sisällössä voi esiintyä virheellistä tietoa tekoälykäännöksestä johtuen.

Klikkaa tästä antaaksesi palautetta

Ymmärrän.