Picard Tools

Picard on joukko komentorivityökaluja suuren läpimenon sekvensointidatan (HTS) sekä tiedostomuotojen, kuten SAM/BAM/CRAM ja VCF, käsittelyyn.

• Picard Tools
  • Lisenssi
  • Saatavuus
  • Käyttö
  • Lisätietoja

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia MIT-lisenssillä.

Saatavuus

• Puhti: 2.27.4, 2.27.5, 3.0.1, 3.1.1

Käyttö

Lataa Picard ottamalla moduuli käyttöön:

module load picard

Huomaa: biokit-moduuli sisältää Picardin version 2.27.5 Java-version yhteensopivuuden vuoksi muun ohjelmiston kanssa. Käyttääksesi Picardin uudempaa versiota, lataa picard-moduuli.

Saadaksesi yhteenvedon saatavilla olevista työkaluista:

picard

Huomaa, että Picardin käyttöohjeessa komennot alkavat muodossa "java -jar picard.jar". Puhdissa Picardia on helpointa ajaa wrapper-skriptin kautta, joten korvaa se pelkällä komennolla picard.

Esimerkki:

picard SamToFASTQ I=input.bam FASTQ=output.fastq

Oletuksena picard voi käyttää enintään 8 Gt muistia. Jos analyysitehtäväsi vaatii enemmän muistia, voit käynnistää picardin komennoilla picard16, picard32 ja picard64, jotka varaavat vastaavasti 16, 32 tai 64 Gt muistia.

Esimerkki:

picard16 SamToFASTQ I=input.bam FASTQ=output.fastq

Jos sinun täytyy määrittää Picardille Java-asetuksia, voit käyttää komentoa java -jar $PICARD.

Esimerkki:

java -Xmx128g -jar $PICARD  SamToFASTQ I=input.bam FASTQ=output.fastq

Lisätietoja

• Picardin kotisivu
• Työkalujen yksityiskohtainen dokumentaatio

Onko tämä sivu hyödyllinen?

Kyllä

Kiitos palautteestasi!

Ei

Kiitos! Arvostamme palautettasi.

Kerro meille miten voisimme parantaa tätä sivua ottamalla meihin yhteyttä.