CheckM2

CheckM2 tarjoaa nopean arvion genomibinien laadusta koneoppimisen avulla ennustaen metagenomikokoonpannuista genomeista (MAG) ja muista genomeista täydellisyyttä ja kontaminaatiota.

• CheckM2
  • Lisenssi
  • Saatavuus
  • Käyttö
    • Tietokanta
    • Esimerkkieräajokomentosarja
  • Tuki
  • Lisätietoja

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia lisenssillä GNU GPLv3.

Saatavuus

• Roihu-CPU: 1.1.0, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

CheckM2 on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten CheckM2-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load checkm2/1.1.0

Tietokanta

CheckM2 tarvitsee DIAMOND-viitetietokannan. CSC tarjoaa jaetun kopion (tietokannan versio 3) Roihussa, ja checkm2-moduuli asettaa CHECKM2DB-ympäristömuuttujan osoittamaan siihen, joten CheckM2 löytää tietokannan ilman lisävalintoja.

Jos haluat käyttää toista tietokantakopiota, anna sen .dmnd-tiedoston polku valitsimella --database_path.

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=checkm2
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=4G

module load bio-apps/v202603
module load checkm2/1.1.0

checkm2 predict --threads $SLURM_CPUS_PER_TASK \
    --input bins/ --output-directory checkm2_out -x fa

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta sivulta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki

Lisätietoja

• CheckM2 GitHub -repositorio

Onko tämä sivu hyödyllinen?

Kyllä

Kiitos palautteestasi!

Ei

Kiitos! Arvostamme palautettasi.

Kerro meille miten voisimme parantaa tätä sivua ottamalla meihin yhteyttä .