CheckM2
CheckM2 tarjoaa genomibinien laadun nopean arvioinnin koneoppimisen avulla ennustaen metagenomista koottujen genomien (MAGien) ja muiden genomien täydellisyyttä ja kontaminaatiota.
Lisenssi
Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.
Saatavuus
- Roihu: 1.1.0,
bio-apps-moduulin kautta.
Käyttö
CheckM2 on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten CheckM2-moduuli:
Tietokanta
CheckM2 tarvitsee DIAMOND-viitetietokannan (~3 GB), joka ei sisälly moduuliin.
Jaetut viitetietokannat
CSC suunnittelee tarjoavansa jaettuja viitetietokantoja keskitetystä sijainnista Roihussa.
Tätä ollaan vielä ottamassa käyttöön. Kunnes se on saatavilla, lataa oma kopiosi
kirjoitettavaan sijaintiin (esimerkiksi projektisi /scratch-hakemistoon).
Lataa tietokanta komennolla:
Voit sitten osoittaa CheckM2:n siihen valitsimella --database_path tai asettaa CHECKM2DB-ympäristömuuttujan ladattuun .dmnd-tiedostoon.
Esimerkkieräajokomentosarja
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=checkm2
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=4G
module load bio-apps/v202603
module load checkm2/1.1.0
checkm2 predict --threads $SLURM_CPUS_PER_TASK \
--database_path /scratch/<project>/checkm2_db/CheckM2_database/*.dmnd \
--input bins/ --output-directory checkm2_out -x fa
Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).
Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta ohjeesta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.