Mash

Mash on nopea työkalu genomien ja metagenomien välisten etäisyyksien estimointiin MinHash-ulottuvuudenpienennystekniikkaa käyttäen. Se tiivistää suuret sekvenssit kompakteiksi luonnoksiksi, mikä mahdollistaa nopeat etäisyys- ja sisältävyysarviot.

Mash

Lisenssi

Vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia. Katso Mashin lisenssi.

Saatavuus

Roihu: 2.3, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

Mash on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten Mash-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load mash/2.3

Luo luonnoksia ja arvioi kahden genomin välinen etäisyys:

mash sketch -o reference genome1.fa
mash dist reference.msh genome2.fa

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=mash
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=01:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --mem-per-cpu=2G

module load bio-apps/v202603
module load mash/2.3

mash sketch -p $SLURM_CPUS_PER_TASK -o reference *.fa

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta kohdasta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki