HybPiper

HybPiper on suunniteltu kohdennettuun sekvenssikaappaukseen (Hyb-Seq), jossa kiinnostavat DNA-sekvenssit rikastetaan genomisista kirjastoista. Se palauttaa kohdekoodaavat sekvenssit (ja valinnaisesti niitä reunustavat alueet) suuren läpimenon sekvensointiluennoista fylogenomiikassa käytettäväksi.

HybPiper

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu: 2.3.4, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

HybPiper on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten HybPiper-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load hybpiper/2.3.4

Yksittäiselle näytteelle kokoa kohdelokukset paripäisistä luennoista:

hybpiper assemble -t_dna target_file.fasta -r sample_R1.fastq sample_R2.fastq --prefix sample --cpu 8

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=hybpiper
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=08:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=4G

module load bio-apps/v202603
module load hybpiper/2.3.4

hybpiper assemble -t_dna target_file.fasta -r sample_R1.fastq sample_R2.fastq \
    --prefix sample --cpu $SLURM_CPUS_PER_TASK

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta ohjeesta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki