HybPiper
HybPiper on suunniteltu kohdennettuun sekvenssikaappaukseen (Hyb-Seq), jossa kiinnostavat DNA-sekvenssit rikastetaan genomisista kirjastoista. Se palauttaa kohdekoodaavat sekvenssit (ja valinnaisesti niitä reunustavat alueet) suuren läpimenon sekvensointiluennoista fylogenomiikassa käytettäväksi.
Lisenssi
Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.
Saatavuus
- Roihu: 2.3.4,
bio-apps-moduulin kautta.
Käyttö
HybPiper on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten HybPiper-moduuli:
Yksittäiselle näytteelle kokoa kohdelokukset paripäisistä luennoista:
hybpiper assemble -t_dna target_file.fasta -r sample_R1.fastq sample_R2.fastq --prefix sample --cpu 8
Esimerkkieräajokomentosarja
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=hybpiper
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=08:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=4G
module load bio-apps/v202603
module load hybpiper/2.3.4
hybpiper assemble -t_dna target_file.fasta -r sample_R1.fastq sample_R2.fastq \
--prefix sample --cpu $SLURM_CPUS_PER_TASK
Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).
Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta ohjeesta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.