Hyppää sisältöön

Welcome to our weekly research support coffee hour on Zoom! Click here for more information.

Warning!

Puhti scratch disk is becoming very full (80+ % ) resulting in performance degradation. Everybody is advised to only keep actively processed data on scratch, all other data should be deleted, transferred to host institute or stored in Lumi-O. No new quota will be granted. Click here for a tool for examining your disk usage.

Python

Python on yleiskäyttöinen korkean tason ohjelmointikieli, jota käytetään laajasti tieteellisessä laskennassa. Ohjeita Pythonin tehokkaaseen käyttöön CSC:n supertietokoneilla löydät Pythonin käyttöoppaasta.

Saatavuus

  • Puhti: 3.x-versiot
  • Mahti: 3.x-versiot

Lisenssi

Python-paketit on yleensä lisensoitu erilaisilla vapailla ja avoimen lähdekoodin (FOSS) lisensseillä. Python itse on lisensoitu PSF-lisenssillä, joka on myös avointa lähdekoodia.

Käyttö

Pythonin käyttöopas sisältää ohjeet pakettien asentamiseen, erilaisten kehitysympäristöjen käyttöön ja rinnakkaislaskennan tekemiseen Pythonilla.

Yleensä on suositeltavaa käyttää laskentaan jotakin esiasennetuista Python-ympäristöistä, sillä ne sisältävät jo useimpiin käyttötarkoituksiin tarvittavat keskeiset kirjastot. Jos Pythonia halutaan jostain syystä käyttää ilman ympäristömoduulin lataamista, saatavilla on myös perus järjestelmä-Python.

Järjestelmä-Python

Jos esiasennetun ympäristön käyttö ei sovi tarpeeseesi, perusjärjestelmän Python 3.9 voidaan käynnistää komennolla:

python3.9

Warning

On erittäin suositeltavaa käynnistää nimenomaisesti Python-versio 3.9 yllä esitetyllä tavalla, sillä oletusversio, joka käynnistyy komennolla python3 (3.6.8), on saavuttanut elinkaarensa pään.

Esiasennetut Python-ympäristöt

Puhdissa ja Mahdissa on useita esiasennettuja ympäristömoduuleja, jotka sisältävät eri tieteenaloille tarkoitettuja Python-ympäristöjä.

Moduulin nimi Käyttötarkoitus
biopythontools bioinformatiikka
geoconda geoinformatiikka
jax JAX-koneoppimiskehys
python-data data-analyysin ja koneoppimisen työkalut
pytorch PyTorch-koneoppimiskehys
qiskit kvanttilaskenta
tensorflow TensorFlow-koneoppimiskehys

Käyttääksesi mitä tahansa yllä olevista ympäristöistä lataa vastaava moduuli komennolla module load.

module load <MODULE_NAME>  # e.g. module load python-data

Nähdäksesi moduuliin sisältyvät Python-kirjastot voit suorittaa seuraavan komennon. Valitsin -s ohittaa käyttäjän asentamat paketit.

python3 -sm pip list

Tyypillisesti Python-pohjaisen moduulin aktivoinnin jälkeen komento python3 osoittaa Python-versioon, joka on uudempi kuin järjestelmän oletus-Python ja jossa on laajempi valikoima saatavilla olevia paketteja. Voit aina tarkistaa Python-version komennolla python3 --version ja komennon täydellisen polun komennolla which python3 (nähdäksesi, käytätkö järjestelmä-Pythonia vai jotakin yllä luetelluista moduuleista).

Huomaa, että useimmat esiasennetut Python-ympäristömoduulit ovat itsenäisiä ja toisensa poissulkevia ympäristöjä, joten ei ole mielekästä esimerkiksi ladata sekä python-data- että pytorch-moduulia. Viimeksi ladattu moduuli on ainoa aktiivinen, ja moduulinlatauskomento varoittaa tästä esimerkiksi näin:

Lmod is automatically replacing "python-data/3.10-24.04" with "pytorch/2.5".

Omat Python-ympäristöt

Vaikka esiasennetut Python-ympäristöt riittävät moniin käyttötarkoituksiin, projekteihin liittyy usein tehtäviä, jotka vaativat lisäkirjastoja. Tässä tapauksessa käytettävissä ovat seuraavat vaihtoehdot:

Viitteet

Lisätietoja

Suomenkielinen tekoälykäännös

Sisällössä voi esiintyä virheellistä tietoa tekoälykäännöksestä johtuen.

Klikkaa tästä antaaksesi palautetta