Zonation

Zonation on paikkatietopohjainen luonnonsuojelun priorisointikehys laajamittaiseen suojelusuunnitteluun. Se tunnistaa alueita tai maisemia, jotka ovat tärkeitä elinympäristöjen korkean laadun ja kytkeytyneisyyden säilyttämiseksi useille biodiversiteetin piirteille (esim. lajeille), ja tarjoaa kvantitatiivisen menetelmän lajien pitkän aikavälin säilymisen edistämiseen.

Saatavuus

Zonation graafinen käyttöliittymä mukaan lukien on saatavilla Puhdissa seuraavina versioina:

5.2.3
5.2.1
5.2.0.2
5.1.0

Käyttö

Zonation on saatavilla zonation-moduulissa:

module load zonation
z5 <command arguments>

Version 5.2.1 kanssa voit käyttää myös komentoa zonation5 <command arguments>

Zonationia voidaan käyttää Puhdissa komentorivikäyttöliittymällä tai graafisella käyttöliittymällä, interaktiivisena työnä tai eräajo-järjestelmän kautta. Varaa joka tapauksessa sopiva määrä laskentaresursseja: ytimiä ja muistia. Zonation 5 toimii nopeammin, jos se voi käyttää useita ytimiä. Puhdissa se voi käyttää yhtä noodia, eli enintään 40 ydintä.

Ennen Zonationin käynnistämistä siirrä datasi projektisi scratch-kansioon. Testaukseen voidaan käyttää zonation5-tutorial-dataa.

Zonation graafisella käyttöliittymällä

Zonationin graafinen käyttöliittymä (GUI) voidaan käynnistää Puhdin selainkäyttöliittymässä:

Kirjaudu sisään Puhdin selainkäyttöliittymään.
Avaa Desktop-sovellus
Kun Desktop on käynnistetty, kaksoisnapsauta Zonation-kuvaketta.

Zonationin käyttö interaktiivisesti

Suhteellisen lyhyissä analyysiajoissa Zonationia on mahdollista käyttää interaktiivisessa sessiossa.

sinteractive -i
cd /scratch/project_200xxxx/<location_of_your_data>
z5 -w --mode=ABF minimal_settings.z5 /scratch/project_200xxxx/example1_out

Zonationin käyttö eräajossa

Pidempien analyysiajojen kohdalla tulee käyttää Puhdin eräajojärjestelmää.

#!/bin/bash
#SBATCH --account=project_200xxxx
#SBATCH --cpus-per-task=40
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=00:15:00
#SBATCH --mem=4G

module load zonation
cd /scratch/project_200xxxx/<location_of_your_data>
srun z5 -w --mode=ABF minimal_settings.z5 /scratch/project_200xxxx/example1_out

Lisenssi

Zonation 5 jaetaan sellaisenaan vapaasti GNU General Public License (GPL) version 3 (#GNUGPL) (#GNUGPLv3) -lisenssillä.

Viittaus

Moilanen, A., Lehtinen, P., Kohonen, I., Virtanen, E., Jalkanen, J. and Kujala, H. 2022. Novel methods for spatial prioritization with applications in conservation, land use planning and ecological impact avoidance. Methods in Ecology and Evolution

Kiitokset

Mainitse CSC ja Geoportti julkaisuissasi; tämä on tärkeää projektin jatkuvuuden ja rahoitusraportoinnin kannalta. Voit kirjoittaa esimerkiksi: "The authors wish to thank CSC - IT Center for Science, Finland (urn:nbn:fi:research-infras-2016072531) and the Open Geospatial Information Infrastructure for Research (Geoportti, urn:nbn:fi:research-infras-2016072513) for computational resources and support".

Asennus

Zonation asennettiin Puhtiin Apptainerilla käyttäen Zonationin Apptainer-määritystiedostoja, jotka Helsingin yliopiston Pauli Lehtinen kirjoitti pienin muutoksin.

Kontti käärittiin lopuksi Tykyn wrap-container-toiminnallisuudella: wrap-container -w /squashfs-root/AppRun --prefix install_dir zonation5_v2.1.sif

Symboliset linkit lisättiin, jotta z5 ja zonation5 toimivat käynnistyskomentoina.