Zonation

Zonation on paikkatiedon suojelun priorisointikehys laajamittaiseen suojelusuunnitteluun. Se tunnistaa alueita tai maisemia, jotka ovat tärkeitä korkean elinympäristön laadun ja kytkeytyneisyyden säilyttämiseksi useille biodiversiteetin piirteille (esim. lajeille), ja tarjoaa kvantitatiivisen menetelmän lajien pitkän aikavälin säilymisen edistämiseen.

Saatavuus

Zonation graafisella käyttöliittymällä on saatavilla Roihussa seuraavina versioina:

5.2.4

Käyttö

Zonation on saatavilla moduulissa zonation:

module load zonation
z5 <command arguments>

Version 5.2.1 kanssa voit käyttää myös komentoa zonation5 <command arguments>

Zonationia voidaan käyttää komentoriviltä tai graafisen käyttöliittymän kautta, interaktiivisena työnä tai eräajoissa. Varaa joka tapauksessa sopiva määrä laskentaresursseja: ytimiä ja muistia. Zonation 5 toimii nopeammin, jos se voi käyttää useita ytimiä. Se voi käyttää yhtä noodia, joka on Roihussa enintään 384.

Ennen Zonationin käynnistämistä siirrä datasi projektisi scratch-kansioon. Testaukseen voidaan käyttää zonation5-tutoriaalidataa.

Zonation graafisella käyttöliittymällä

Zonationin graafinen käyttöliittymä (GUI) voidaan käynnistää Roihun selainkäyttöliittymässä:

Kirjaudu Roihun selainkäyttöliittymään.
Avaa Desktop-sovellus
Käynnistä Desktop ja kaksoisnapsauta Zonation-kuvaketta.

Zonationin käyttö interaktiivisesti

Suhteellisen lyhyissä analyysiajoissa Zonationia on mahdollista käyttää interaktiivisessa sessiossa.

sinteractive -i
cd /scratch/project_200xxxx/<location_of_your_data>
z5 -w --mode=ABF minimal_settings.z5 /scratch/project_200xxxx/example1_out

Zonationin käyttö eräajossa

Pidemmissä analyysiajoissa tulee käyttää eräajoja.

#!/bin/bash
#SBATCH --account=project_200xxxx
#SBATCH --cpus-per-task=40
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=00:15:00
#SBATCH --mem=4G

module load zonation
cd /scratch/project_200xxxx/<location_of_your_data>
srun z5 -w --mode=ABF minimal_settings.z5 /scratch/project_200xxxx/example1_out

Paikkatietoaineistot CSC:n laskentaympäristössä

Roihussa on paikallisesti saatavilla satoja suomalaisia paikkatietoaineistoja, ja lisäksi niitä on lisää Altaassa ja cPoudassa. Lisätietoja löytyy sivulta Paikkatieto CSC:n laskentaympäristössä

Lisenssi

Zonation 5 jaetaan sellaisenaan vapaasti GNU General Public License (GPL) version 3 (#GNUGPL) (#GNUGPLv3) -lisenssillä.

Viittaus

Moilanen, A., Lehtinen, P., Kohonen, I., Virtanen, E., Jalkanen, J. and Kujala, H. 2022. Novel methods for spatial prioritization with applications in conservation, land use planning and ecological impact avoidance. Methods in Ecology and Evolution

Kiitokset

Mainitse CSC ja Geoportti julkaisuissasi; tämä on tärkeää projektin jatkuvuuden ja rahoitusraportoinnin kannalta. Esimerkiksi voit kirjoittaa: "The authors wish to thank CSC - IT Center for Science, Finland (urn:nbn:fi:research-infras-2016072531) and the Open Geospatial Information Infrastructure for Research (Geoportti, urn:nbn:fi:research-infras-2016072513) for computational resources and support".

Asennus

Zonation asennettiin Apptainerilla käyttäen Zonationin Apptainer-määritystiedostoja, jotka Helsingin yliopiston Pauli Lehtinen kirjoitti pienin muutoksin.

Kontti käärittiin lopuksi Tykyn wrap-container-toiminnallisuudella: wrap-container -w /squashfs-root/AppRun --prefix install_dir zonation5_v2.1.sif

Symboliset linkit lisättiin, jotta z5 ja zonation5 toimivat käynnistyskomentoina.