Sovellukset tieteenalan mukaan
Huomautus
Teknisen tuen lisäksi CSC tarjoaa myös neuvontaa tieteisiin sekä menetelmiin liittyvissä kysymyksissä. Lisätietoja saat tiedealakohtaisilta tukisivuilta research.csc.fi -sivustolla (englanniksi) tai ottamalla yhteyttä asiakaspalvelumme .
Biotieteet
- Alphafold — Proteiinin 3D-rakenteen ennustaminen
- BamTools — Työkaluja BAM-muotoisten tiedostojen käsittelyyn
- BayeScan — Työkalu luonnonvalinnan kohteena olevien ehdokaslokuskohtien tunnistamiseen populaatioiden alleelifrekvenssien perusteella
- BioPerl — Perl-ympäristö BioPerl-laajennuksella
- Biopython — Python-ympäristö, jossa on Biopython ja muita bioinformatiikkaan liittyviä Python-kirjastoja
- BLAST — Sekvenssien samankaltaisuushakutyökalu nukleotideille ja proteiineille
- Bowtie2 — Lyhyiden sekvenssilukujen kohdistustyökalu
- BRAKER — Automaattinen genomin annotointityökalu eukaryooteille
- BWA — Lyhyiden lukujen kohdistusohjelma
- CD-HIT — Sekvenssien klusterointi- ja redundanssinpoistotyökalu
- Chipster — Easy-to-use analysis platform for RNA-seq, single cell RNA-seq and other NGS data
- Chipster_genomes — Työkalu Chipsterin käyttämien kohdistinohjelmien indeksien lataamiseen Puhtiin
- CryoSPARC — Työkalu Cryo-EM-datan analysointiin Puhdissa/Mahdissa
- Cutadapt — Suuritehoisen sekvensoinnin lukujen trimmaus
- Diamond — Sekvenssien samankaltaisuushakutyökalu proteiineille ja nukleotideille
- EMBOSS — Työkalupakki klassiseen sekvenssianalyysiin
- Entrez Direct — Entrez direct - komentorivityökalu datan hakemiseen ja noutamiseen NCBI:ltä
- Exonerate — Yleiskäyttöinen työkalu sekvenssiparien vertailuun
- FastQC — Laadunvalvontatyökalu suuren läpimenon sekvenssidatalle
- Freebayes — Geneettisten varianttien tunnistustyökalu
- GOLD — Proteiini-ligandi-telakointiohjelmisto
- Grace — Piirtotyökalu erityisesti xvg-tiedostoille
- GROMACS — Nopea ja monipuolinen klassinen molekyylidynamiikka
- HADDOCK3 — Korkean ambiguiteetin ohjaama biomolekyylien telakointi
- HMMER — Työkalupakki sekvenssiprofiilien piilotettujen Markovin mallien luomiseen ja käyttöön
- HUMAnN — Mikrobiyhteisöjen reittien profilointi metagenomisella datalla
- Illumina BaseSpace — Komentoriviasiakasohjelma datan noutamiseen Illumina BaseSpace -ympäristöstä
- InterProScan — Proteiinisignatuurien/motiivien hakutyökalu
- iPyrad — työkalupakki populaatiogeneettisiin ja fylogeneettisiin tutkimuksiin restriktiokohtiin liittyville genomisille aineistoille (esim. RAD, ddRAD, GBS)
- Kraken — Taksonominen sekvenssiluokittelujärjestelmä
- Krona visualization tool — Visualisointityökalu taksonomiseen luokitteluun ja muuhun hierarkkiseen dataan
- Lazypipe — Itsenäinen putki virusten tunnistamiseen isäntään liittyvistä tai ympäristönäytteistä
- MACS2/3 — ChIP-Seq-analyysityökalu
- Maestro — Monipuolinen ohjelmistokokonaisuus lääkeainekehitykseen ja materiaalien mallinnukseen
- MaxQuant — A proteomics software for processing of Mass-spectromtery data
- Megahit — Metagenomiikan kokoaminen
- MetaPhlAn — Mikrobiyhteisöjen koostumuksen profilointi metagenomisella datalla
- Minimap2 — Lyhyiden lukujen kohdistusohjelma
- MIRA — Kokogenomin shotgun- ja EST-sekvenssien kokoaja
- Mothur — Ohjelmistopaketti mikrobiyhteisöjen amplikonisekvensointidatan analysointiin
- MrBayes — Ohjelma fylogenioiden päättelyyn bayesilaisilla menetelmillä
- Nextflow — Nextflow on tieteellinen työnkulunhallintajärjestelmä skaalautuvien, siirrettävien ja toistettavien työnkulkujen luomiseen
- PANNZER2/SANSPANZ — Automaattinen proteiinien annotointityökalu
- Picard Tools — Työkaluja SAM-, BAM-, CRAM- ja VCF-tiedostojen käsittelyyn
- Prokka — Nopea prokaryoottigenomien annotointityökalu
- QIIME — Paketti mikrobiyhteisöjen analysointiin amplikonisekvensointidatasta
- RAxML — Ohjelma fylogenioiden päättelyyn uskottavuusmenetelmällä
- Roary — Pan-genomiputki
- SALMON — Ohjelma transkriptitason kvantifiointiarvioiden tuottamiseen RNA-seq-datasta
- SAMtools — Työkaluja SAM/BAM-muotoisten kohdistustiedostojen hallintaan
- Seqtk — Työkalu sekvenssien käsittelyyn FASTA- tai FASTQ-muodossa
- Snakemake — Snakemake on Python-pohjainen tieteellinen työnkulunhallintajärjestelmä skaalautuvien, siirrettävien ja toistettavien työnkulkujen luomiseen
- SPAdes — Genomikokoaminen
- Stacks — Työvuo lokusten muodostamiseen lyhytlukusekvensseistä (esim. RAD-seq-data)
- STAR — Lyhyiden lukujen kohdistin
- Structure — Populaatiorakenteen päättely genetiikassa
- TopHat — Silmukointiliitoskohdat kartoittava työkalu RNA-Seq-lukemille
- Trimmomatic — Trimmaa Illumina-paripääte- ja yksittäislukudataa
- Trinity — Transkriptomin kokoamistyökalu
- Velvet — Genomikokoaja
- VirusDetect — Virusten tunnistus sRNA-datalla
- VMD — Molekyylien visualisointiohjelma
- wtdbg2 — Nopea kokoamistyökalu pitkän lukupituuden sekvenssidatalle
- XHMM (eXome-Hidden Markov Model) — Kopiolukumuutosten tunnistus kohdennetusta sekvensointidatasta
Kemia
- Amber — Molekyylidynamiikan ohjelmistopaketti
- AMS — Mallinnusohjelmistopaketti, joka tarjoaa ADF-moottorin
- AMS-GUI — AMS:n integroitu graafinen käyttöliittymä
- COSMO-RS — Työkalupakki nesteiden ominaisuuksien ennakoivaan laskentaan
- CP2K — DFT, kvanttikemia, QM/MM, AIMD jne., erityisesti jaksollisille järjestelmille
- CSD — Cambridge Crystallographic Database – orgaanisten ja metallo-orgaanisten kiderakenteiden tietokanta ja työkalut
- Gaussian — Monipuolinen laskennallisen kemian ohjelmistopaketti
- GOLD — Proteiini-ligandi-telakointiohjelmisto
- GPAW — Monipuolinen DFT-paketti
- GROMACS — Nopea ja monipuolinen klassinen molekyylidynamiikka
- HADDOCK3 — Korkean ambiguiteetin ohjaama biomolekyylien telakointi
- LAMMPS — Nopea molekyylidynamiikkamoottori, jossa on laaja voimakenttävalikoima
- Maestro — Monipuolinen ohjelmistokokonaisuus lääkeainekehitykseen ja materiaalien mallinnukseen
- Molden — Prosessointiohjelma molekyyli- ja elektronirakennelaskentaan
- MOLPRO — Ohjelmistopaketti tarkkoihin ab initio -kvanttikemian laskuihin
- NAMD — Erittäin skaalautuva klassinen molekyylidynamiikka
- NMRLipids — NMRLipids-datapankki, joka sisältää MD-simulaatioita
- NWChem — Laskennallisen kemian ohjelmistopaketti, joka on suunniteltu toimimaan tehokkaasti rinnakkaisissa HPC-järjestelmissä
- Open Babel — Ohjelma molekyylimallinnuksessa tällä hetkellä käytettävien tiedostomuotojen muuntamiseen
- ORCA — Yleiskäyttöinen kvanttikemian ohjelmistopaketti
- PLUMED — Kirjasto ja työkalut tehostettuihin näytteenottomenetelmiin
- Quantum ESPRESSO — Elektronirakennelaskentaa ja materiaalimallinnusta nanomittakaavassa
- TmoleX — Graafinen käyttöliittymä TURBOMOLE-ajojen määrittämiseen ja analysointiin
- TURBOMOLE — Tehokas ohjelmistopaketti elektronirakennelaskentaan
- VASP — Ab initio DFT -ohjelma elektronirakenteiden laskentaan
- VMD — Molekyylien visualisointiohjelma
Laskennallinen tekniikka
- ABAQUS — Dassault Systemesin SIMULIA-ohjelmistoperhe akateemiseen tutkimukseen
- ANSYS — ANSYS Academic -suunnittelusimulaatio-ohjelmistopaketti
- COMSOL Multiphysics — Yleiskäyttöinen simulointiohjelmisto
- Elmer — Avoimen lähdekoodin monifysikaalinen FEM-ohjelmistopaketti
- OpenFOAM — Avoimen lähdekoodin C++-työkalupakki kontinuumimekaniikan ongelmiin
- PALM — Meteorologinen mallijärjestelmä ilmakehän ja valtamerten rajakerrosvirtauksille
- Star-CCM+ — Siemens Digital Industries Softwaren laskennallisen virtausdynamiikan ohjelmisto
Data-analytiikka ja koneoppiminen
- JAX — Autograd ja XLA yhdistettynä suorituskykyiseen koneoppimistutkimukseen
- Python Data — Python-kirjastojen kokoelma data-analytiikkaan ja koneoppimiseen
- PyTorch — Koneoppimiskehys Pythonille
- RAPIDS — GPU:illa toimivien data-analytiikan ja koneoppimisen kirjastojen kokoelma
- Spark — Korkean suorituskyvyn hajautetun laskennan kehys
- TensorFlow — Syväoppimiskirjasto Pythonille
- Whisper — Yleiskäyttöinen puheentunnistusmalli
Geotieteet
- ArcGIS Python API — Paikkatietoanalyysi ja datatiede
- CloudCompare — pistepilvien visualisointiin, muokkaukseen ja käsittelyyn
- FORCE — keskikokoisen erotuskyvyn satelliittikuvien massaprosessointiin
- GDAL — paikkatietoaineistojen tiedostomuodoille
- Geoconda — Python-kirjastoja paikkatietoanalyysiin
- GRASS GIS — Yleiskäyttöinen paikkatieto-ohjelmistoperhe paikkatiedon tarkasteluun, muokkaukseen ja analysointiin
- LAStools — LiDAR-aineistoille
- NASA Ames Stereo Pipeline (ASP) — stereo-kuvien käsittelyyn
- OpenDroneMap (ODM) — ilmasta otettujen drone-kuvien käsittelyyn
- Orfeo ToolBox (Open Source processing of remote sensing images) — kaukokartoitussovelluksiin
- PCL — 2D/3D-kuvien ja pistepilvien käsittelyyn
- PDAL — pistepilviaineistojen muunnoksiin ja käsittelyyn
- QGIS — Yleiskäyttöinen paikkatieto-ohjelmistoperhe paikkatietodatan katseluun, muokkaukseen ja analysointiin
- R for GIS — R:n spatiaalisen analyysin kirjastot
- SAGA GIS — Yleiskäyttöinen GIS-ohjelmistoperhe paikkatiedon tarkasteluun, muokkaukseen ja analysointiin
- Seismic Unix — 2D-seismisten tai GPR-aineistojen käsittelyyn.
- Sen2Cor — Sentinel-2-tuotteiden ilmakehä-, maasto- ja cirrus-korjaukseen
- Sen2mosaic — Sentinel-2-tuotteiden lataamiseen, esikäsittelyyn ja mosaiikkien muodostamiseen
- SNAP — kaukokartoitussovelluksiin
- SOFI3D — 3D äärellisten erotusten seismisten aaltojen simulointiin
- WhiteboxTools — edistynyt paikkatietoanalyysialusta
- Zonation — Paikkatietopohjainen luonnonsuojelun priorisointikehys
Kielten tutkimus sekä muut digitaaliset ihmis- ja yhteiskuntatieteet
- eBay's tsv-tools — Utilities for manipulating large tabular data files
- Finnish Tagtools — Finnish Tagtools
- finnish-parse — Dependency Parser for Finnish
- HFST — Helsinki Finite-State Transducer Technology
- HFST-fi — Helsinki Finite-State Technology for Finnish
- HFST-sv — Helsinki Finite-State Technology for Swedish
- Kaldi — Kaldi Speech Recognition Toolkit
- UDPipe — UDPipe Kielipankki version
Matematiikka ja tilastotiede
- IDL — Ohjelmointikieli, numeerinen analyysi, tieteellisen datan käsittely ja visualisointi
- Julia Language — Korkean tason, suorituskykyinen dynaaminen ohjelmointikieli numeeriseen laskentaan
- MATLAB — Korkean tason teknisen laskennan kieli
- Octave — Korkean tason tulkattava kieli numeeriseen laskentaan
- Python — Ohjelmointikieli ja sen moduulit CSC:llä
- r-env — R, RStudio Server, SAGA ja TensorFlow
- RStudio IDE — Integroitu kehitysympäristö R:lle
- SageMath — Ilmainen avoimen lähdekoodin matematiikkaohjelmistojärjestelmä
Fysiikka
- VASP — Ab initio DFT -ohjelma elektronirakenteiden laskentaan
Kvantti
- Cirq-on-iqm — avoimen lähdekoodin cirq-sovitin kvanttilaskentaan
- Pennylane — Ilmainen avoimen lähdekoodin ohjelmistokehys kvanttikoneoppimiseen ja kvanttilaskentaan
- Qiskit — avoimen lähdekoodin työkalupakki hyödylliseen kvanttilaskentaan
- Qiskit-on-iqm — avoimen lähdekoodin qiskit-sovitin kvanttilaskentaan
Sekalaiset
- Accelerated visualization — Valikoima GPU-kiihdytettyjä visualisointisovelluksia
- Blender — 3D-mallinnus-, visualisointi- ja renderöintiohjelmisto
- compute-sanitizer — Toiminnallisen oikeellisuuden tarkistustyökalujen kokonaisuus, joka sisältyy CUDA-työkalupakkiin
- cProfile — Python-ohjelmien sisäänrakennettu profilointityökalu
- cuda-gdb — Nvidian laajennus GNU-virheenjäljitystyökalu GDB:hen
- DDT — Rinnakkaisvirheenjäljitin
- Desktop — Etätyöpöytäympäristö
- gdb — GNU-virheenjäljitin käännetyille ohjelmille
- HyperQueue — Ajastin alisolmutason tehtäville
- Intel Trace Analyzer and Collector (ITAC) — MPI-profilointi- ja jäljitystyökalu
- Intel VTune Profiler — Suorituskyvyn analysointityökalu yhden ytimen ja säikeistyksen suorituskyvyn analysointiin
- Julia-Jupyter — Interaktiivinen laskentaympäristö Julia-ohjelmointikielelle
- Jupyter — Interaktiivinen laskentaympäristö Pythonille
- Jupyter for courses — Jupyter-sovelluksen versio kurssiympäristöihin
- ncu — Nvidia CUDA -ydinprofilointityökalu
- nsys — Nvidian GPU- ja CPU-profilointityökalu
- nvprof — Nvidian profilointityökalu, joka kerää ja näyttää profilointidataa
- ParaView — Ilmainen avoimen lähdekoodin visualisointisovellus
- pdb — Pythonin sisäänrakennettu virheenjäljitin
- perf — Komentorivityökalu suorituskyvyn analysointiin
- Scalasca — Suorituskykyprofilointityökalu rinnakkaisohjelmille
- TensorBoard — TensorFlown visualisointityökalupakki
- VisIt — Ilmainen avoimen lähdekoodin visualisointisovellus
- Visual Studio Code — Lähdekoodieditori