Sovellukset tieteenalan mukaan
Huomautus
Teknisen tuen lisäksi CSC tarjoaa myös neuvontaa tieteisiin sekä menetelmiin liittyvissä kysymyksissä. Lisätietoja saat tiedealakohtaisilta tukisivuilta research.csc.fi -sivustolla (englanniksi) tai ottamalla yhteyttä asiakaspalvelumme .
Biotieteet
- ABySS
- AdmixTools
- ADMIXTURE
- Alphafold
- ANGSD
- antiSMASH
- ASTRAL
- AUGUSTUS
- Bakta
- BamTools
- Barrnap
- BayeScan
- BBMap
- BCFtools
- BEDOPS
- BEDTools
- Bio-apps
- BioPerl
- Biopython
- BLAST
- Bowtie
- Bowtie2
- Bracken
- BRAKER
- BUSCO
- BWA
- bwa-mem2
- Canu
- CD-HIT
- CheckM2
- Chipster — Easy-to-use analysis platform for RNA-seq, single cell RNA-seq and other NGS data
- Chipster_genomes
- CLUMPP
- Clustal Omega
- ClustalW
- COMEBin
- CONCOCT
- CryoSPARC
- Cufflinks
- Cutadapt
- deepTools
- demix_check
- Diamond
- Dorado
- eggNOG-mapper
- EMBOSS
- Entrez Direct
- Exonerate
- fastp
- FastQC
- FASTX-Toolkit
- FDSTools
- Foldseek
- Freebayes
- gapseq
- GATK
- GetOrganelle
- GOLD
- Grace
- GROMACS
- GTDB-Tk
- HADDOCK3
- hifiasm
- HISAT2
- HMMER
- HUMAnN
- HybPiper
- HyPhy
- IGV
- Illumina BaseSpace
- inStrain
- InterProScan
- iPyrad
- IQ-TREE
- Jellyfish
- Kraken
- Lazypipe
- MACS2/3
- Maestro
- MAFFT
- MAGScoT
- Mash
- medaka
- Megahit
- MEME Suite
- MetaBAT
- MetaHipMer2
- MetaPhlAn
- MICOM
- minibwa
- Minimap2
- MMseqs2
- Mothur
- MrBayes
- MUMmer
- MUSCLE
- MUSCLE5
- NCBI C++ Toolkit
- Nextflow
- NGS-PrimerPlex
- PANNZER2/SANSPANZ
- PHYLIP
- Picard Tools
- Prodigal
- Prokka
- QIIME
- RAxML
- RAxML-NG
- RevBayes
- Roary
- run_dbcan
- SALMON
- SameStr
- SAMtools
- SemiBin2
- SeqKit
- Seqtk
- Snakemake
- SortMeRNA
- SPAdes
- SRA Toolkit
- STAR
- SteadierCom
- StrAuto
- StringTie
- Structure
- Structure Harvester
- TopHat
- Trimmomatic
- Trinity
- VCFtools
- VMD
- VSEARCH
- wtdbg2
- XHMM (eXome-Hidden Markov Model)
- yak
Kemia
- Amber
- AMS
- AMS-GUI
- COSMO-RS
- CP2K
- CSD
- Gaussian
- GOLD
- GPAW
- Grace
- GROMACS
- HADDOCK3
- LAMMPS
- Maestro
- MedeA
- Molden
- MOLPRO
- NAMD
- NMRLipids
- NWChem
- Open Babel
- ORCA
- PLUMED
- Quantum ESPRESSO
- TmoleX
- TURBOMOLE
- VASP
- VMD
Laskennallinen tekniikka
Data-analytiikka ja koneoppiminen
Geotieteet
- ArcGIS Python API
- CloudCompare
- GDAL
- Geoconda
- GRASS GIS
- LAStools
- OpenDroneMap (ODM)
- Orfeo ToolBox
- PDAL
- Python-geo
- QGIS
- R for GIS
- SAGA GIS
- SNAP
- WhiteboxTools
- Zonation
Kielten tutkimus sekä muut digitaaliset ihmis- ja yhteiskuntatieteet
- eBay's tsv-utils
- Finnish Tagtools — Finnish Tagtools
- HeLI-OTS
- HFST — Helsinki Finite-State Transducer Technology
- HFST-fi — Helsinki Finite-State Technology for Finnish
- HFST-sv — Helsinki Finite-State Technology for Swedish
- kp-spell (enchant)
- openSMILE
- Praat
- trankit
- UDPipe
- vrt-tools