Sovellukset tieteenalan mukaan

Huomautus

Teknisen tuen lisäksi CSC tarjoaa myös neuvontaa tieteisiin sekä menetelmiin liittyvissä kysymyksissä. Lisätietoja saat tiedealakohtaisilta tukisivuilta research.csc.fi -sivustolla (englanniksi) tai ottamalla yhteyttä asiakaspalvelumme .

Biotieteet

Alphafold — Proteiinin 3D-rakenteen ennustaminen
BamTools — Työkaluja BAM-muotoisten tiedostojen käsittelyyn
BayeScan — Työkalu luonnonvalinnan kohteena olevien ehdokaslokuskohtien tunnistamiseen populaatioiden alleelifrekvenssien perusteella
BioPerl — Perl-ympäristö BioPerl-laajennuksella
Biopython — Python-ympäristö, jossa on Biopython ja muita bioinformatiikkaan liittyviä Python-kirjastoja
BLAST — Sekvenssien samankaltaisuushakutyökalu nukleotideille ja proteiineille
Bowtie2 — Lyhyiden sekvenssilukujen kohdistustyökalu
BRAKER — Automaattinen eukaryoottien genomin annotointityökalu
BWA — Lyhyiden lukujen kohdistusohjelma
CD-HIT — Sekvenssien klusterointi- ja redundanssinpoistotyökalu
Chipster — Easy-to-use analysis platform for RNA-seq, single cell RNA-seq and other NGS data
Chipster_genomes — Työkalu Chipsterin käyttämien kohdistinohjelmien indeksien lataamiseen Puhtiin
CryoSPARC — Työkalu Cryo-EM-datan analysointiin Puhdissa/Mahdissa
Cutadapt — Suuritehoisen sekvensoinnin lukujen trimmaus
Diamond — Sekvenssien samankaltaisuushakutyökalu proteiineille ja nukleotideille
EMBOSS — Työkalupakki klassiseen sekvenssianalyysiin
Entrez Direct — Entrez direct - komentorivityökalu datan hakemiseen ja noutamiseen NCBI:ltä
Exonerate — Yleiskäyttöinen työkalu sekvenssiparien vertailuun
FastQC — Laadunvalvontatyökalu suuren läpimenon sekvenssidatalle
Freebayes — Geneettisten varianttien tunnistustyökalu
GOLD — Proteiini-ligandi-telakointiohjelmisto
Grace — Piirtotyökalu erityisesti xvg-tiedostoille
GROMACS — Nopea ja monipuolinen klassinen molekyylidynamiikka
HADDOCK3 — Korkean ambiguiteetin ohjaama biomolekyylien telakointi
HMMER — Työkalupakki sekvenssiprofiilien piilotettujen Markovin mallien luomiseen ja käyttöön
HUMAnN — Mikrobien aineenvaihduntareittien profilointi metagenomisella datalla
Illumina BaseSpace — Komentoriviohjelma datan noutamiseen Illumina BaseSpace -ympäristöstä
InterProScan — Proteiinisignatuurien/motiivien hakutyökalu
iPyrad — työkalupakki populaatiogeneettisiin ja fylogeneettisiin tutkimuksiin restriktiokohtiin liittyville genomisille aineistoille (esim. RAD, ddRAD, GBS)
Kraken — Taksonominen sekvenssiluokittelujärjestelmä
Krona visualization tool — Visualisointityökalu taksonomiseen luokitteluun ja muuhun hierarkkiseen dataan
Lazypipe — Itsenäinen putki virusten tunnistamiseen isäntään liittyvistä tai ympäristönäytteistä
MACS2/3 — ChIP-Seq-analyysityökalu
Maestro — Monipuolinen ohjelmistokokonaisuus lääkeainekehitykseen ja materiaalien mallinnukseen
MaxQuant — A proteomics software for processing of Mass-spectromtery data
Megahit — Metagenomiikan kokoaminen
MetaPhlAn — Mikrobiyhteisöjen koostumuksen profilointi metagenomisella datalla
Minimap2 — Lyhyiden lukujen kohdistusohjelma
MIRA — Kokogenomin shotgun- ja EST-sekvenssien kokoaja
Mothur — Ohjelmistopaketti mikrobiyhteisöjen amplikonisekvensointidatan analysointiin
MrBayes — Ohjelma fylogenioiden päättelyyn bayesilaisilla menetelmillä
Nextflow — Nextflow on tieteellinen työnkulunhallintajärjestelmä skaalautuvien, siirrettävien ja toistettavien työnkulkujen luomiseen
PANNZER2/SANSPANZ — Automaattinen proteiinien annotointityökalu
Picard Tools — Työkaluja SAM-, BAM-, CRAM- ja VCF-tiedostojen käsittelyyn
Prokka — Nopea prokaryoottigenomien annotointityökalu
QIIME — Paketti mikrobiyhteisöjen analysointiin amplikonisekvensointidatasta
RAxML — Ohjelma fylogenioiden päättelyyn uskottavuusmenetelmällä
Roary — Pan-genomiputki
SALMON — Ohjelma transkriptitason kvantifiointiarvioiden tuottamiseen RNA-seq-datasta
SAMtools — Työkalut SAM/BAM-muotoisten kohdistustiedostojen hallintaan
Seqtk — Työkalu sekvenssien käsittelyyn FASTA- tai FASTQ-muodossa
Snakemake — Snakemake on Python-pohjainen tieteellinen työnkulunhallintajärjestelmä skaalautuvien, siirrettävien ja toistettavien työnkulkujen luomiseen
SPAdes — Genomikokoaminen
Stacks — Työvuo lokusten muodostamiseen lyhytlukusekvensseistä (esim. RAD-seq-data)
STAR — Lyhyiden lukujen kohdistin
Structure — Populaatiorakenteen päättely genetiikassa
TopHat — Silmukointiliitoskohdat kartoittava työkalu RNA-Seq-lukemille
Trimmomatic — Trimmaa Illumina-paripääte- ja yksittäislukudataa
Trinity — Transkriptomin kokoamistyökalu
Velvet — Genomikokoaja
VirusDetect — Virusten tunnistus sRNA-datalla
VMD — Molekyylien visualisointiohjelma
wtdbg2 — Nopea kokoamistyökalu pitkän lukupituuden sekvenssidatalle
XHMM (eXome-Hidden Markov Model) — Kopiolukumuutosten tunnistus kohdennetusta sekvensointidatasta

Kemia

Amber — Molekyylidynamiikan ohjelmistopaketti
AMS — Mallinnusohjelmistopaketti, joka tarjoaa ADF-moottorin
AMS-GUI — AMS:n integroitu graafinen käyttöliittymä
COSMO-RS — Työkalupakki nesteiden ominaisuuksien ennakoivaan laskentaan
CP2K — DFT, kvanttikemia, QM/MM, AIMD jne., erityisesti jaksollisille järjestelmille
CSD — Cambridge Crystallographic Database – orgaanisten ja metallo-orgaanisten kiderakenteiden tietokanta ja työkalut
Gaussian — Monipuolinen laskennallisen kemian ohjelmistopaketti
GOLD — Proteiini-ligandi-telakointiohjelmisto
GPAW — Monipuolinen DFT-paketti
GROMACS — Nopea ja monipuolinen klassinen molekyylidynamiikka
HADDOCK3 — Korkean ambiguiteetin ohjaama biomolekyylien telakointi
LAMMPS — Nopea molekyylidynamiikkamoottori, jossa on laaja voimakenttävalikoima
Maestro — Monipuolinen ohjelmistokokonaisuus lääkeainekehitykseen ja materiaalien mallinnukseen
Molden — Prosessointiohjelma molekyyli- ja elektronirakennelaskentaan
MOLPRO — Ohjelmistopaketti tarkkoihin ab initio -kvanttikemian laskuihin
NAMD — Erittäin skaalautuva klassinen molekyylidynamiikka
NMRLipids — NMRLipids-datapankki, joka sisältää MD-simulaatioita
NWChem — Laskennallisen kemian ohjelmistopaketti, joka on suunniteltu toimimaan tehokkaasti rinnakkaisissa HPC-järjestelmissä
Open Babel — Ohjelma molekyylimallinnuksessa tällä hetkellä käytettävien tiedostomuotojen muuntamiseen
ORCA — Yleiskäyttöinen kvanttikemian ohjelmistopaketti
PLUMED — Kirjasto ja työkalut tehostettuihin näytteenottomenetelmiin
Quantum ESPRESSO — Elektronirakennelaskentaa ja materiaalimallinnusta nanomittakaavassa
TmoleX — Graafinen käyttöliittymä TURBOMOLE-ajojen määrittämiseen ja analysointiin
TURBOMOLE — Tehokas ohjelmistopaketti elektronirakennelaskentaan
VASP — Ab initio DFT -elektronirakenteet
VMD — Molekyylien visualisointiohjelma

Laskennallinen tekniikka

ABAQUS — Dassault Systemesin SIMULIA-ohjelmistoperhe akateemiseen tutkimukseen
ANSYS — ANSYS Academic -suunnittelusimulaatio-ohjelmistopaketti
COMSOL Multiphysics — Yleiskäyttöinen simulointiohjelmisto
Elmer — Avoimen lähdekoodin monifysikaalinen FEM-ohjelmistopaketti
OpenFOAM — Avoimen lähdekoodin C++-työkalupakki kontinuumimekaniikan ongelmiin
PALM — Meteorologinen mallijärjestelmä ilmakehän ja valtamerten rajakerrosvirtauksille
Star-CCM+ — Siemens Digital Industries Softwaren laskennallisen virtausdynamiikan ohjelmisto

Data-analytiikka ja koneoppiminen

JAX — Autograd ja XLA yhdistettynä suorituskykyiseen koneoppimistutkimukseen
Python Data — Python-kirjastojen kokoelma data-analytiikkaan ja koneoppimiseen
PyTorch — Koneoppimiskehys Pythonille
RAPIDS — GPU:illa toimivien data-analytiikan ja koneoppimisen kirjastojen kokoelma
Spark — Korkean suorituskyvyn hajautetun laskennan kehys
TensorFlow — Syväoppimiskirjasto Pythonille
Whisper — Yleiskäyttöinen puheentunnistusmalli

Geotieteet

ArcGIS Python API — Paikkatietoanalyysi ja datatiede
CloudCompare — pistepilvien visualisointiin, muokkaukseen ja käsittelyyn
FORCE — keskikokoisen erotuskyvyn satelliittikuvien massaprosessointiin
GDAL — paikkatietoaineistojen tiedostomuodoille
Geoconda — Python-kirjastoja paikkatietoanalyysiin
GRASS GIS — Yleiskäyttöinen paikkatieto-ohjelmistoperhe paikkatiedon katseluun, muokkaukseen ja analysointiin
LAStools — LiDAR-aineistoille
NASA Ames Stereo Pipeline (ASP) — stereo-kuvien käsittelyyn
OpenDroneMap (ODM) — ilmasta otettujen drone-kuvien käsittelyyn
Orfeo ToolBox (Open Source processing of remote sensing images) — kaukokartoitussovelluksiin
PCL — 2D/3D-kuvien ja pistepilvien käsittelyyn
PDAL — pistepilviaineistojen muunnoksiin ja käsittelyyn
QGIS — Yleiskäyttöinen paikkatieto-ohjelmistoperhe paikkatietodatan katseluun, muokkaukseen ja analysointiin
R for GIS — R:n spatiaalisen analyysin kirjastot
SAGA GIS — Yleiskäyttöinen GIS-ohjelmistoperhe paikkatiedon tarkasteluun, muokkaukseen ja analysointiin
Seismic Unix — 2D-seismisten tai GPR-aineistojen käsittelyyn.
Sen2Cor — Sentinel-2-tuotteiden ilmakehä-, maasto- ja cirrus-korjaukseen
Sen2mosaic — Sentinel-2-tuotteiden lataamiseen, esikäsittelyyn ja mosaiikkien muodostamiseen
SNAP — kaukokartoitussovelluksiin
SOFI3D — 3D äärellisten erotusten seismisten aaltojen simulointiin
WhiteboxTools — edistynyt paikkatietoanalyysin alusta
Zonation — Paikkatietopohjainen luonnonsuojelun priorisointikehys

eBay's tsv-tools — Utilities for manipulating large tabular data files
Finnish Tagtools — Finnish Tagtools
finnish-parse — Dependency Parser for Finnish
HFST — Helsinki Finite-State Transducer Technology
HFST-fi — Helsinki Finite-State Technology for Finnish
HFST-sv — Helsinki Finite-State Technology for Swedish
Kaldi — Kaldi Speech Recognition Toolkit
UDPipe — UDPipe Kielipankki version

Matematiikka ja tilastotiede

IDL — Ohjelmointikieli, numeerinen analyysi, tieteellisen datan käsittely ja visualisointi
Julia Language — Korkean tason, suorituskykyinen dynaaminen ohjelmointikieli numeeriseen laskentaan
MATLAB — Korkean tason teknisen laskennan kieli
Octave — Korkean tason tulkattava kieli numeeriseen laskentaan
Python — Ohjelmointikieli ja sen moduulit CSC:llä
r-env — R ja RStudio Server
RStudio IDE — Integroitu kehitysympäristö R:lle
SageMath — Ilmainen avoimen lähdekoodin matematiikkaohjelmistojärjestelmä

Fysiikka

VASP — Ab initio DFT -elektronirakenteet

Kvantti

Cirq-on-iqm — avoimen lähdekoodin cirq-sovitin kvanttilaskentaan
Pennylane — Ilmainen avoimen lähdekoodin ohjelmistokehys kvanttikoneoppimiseen ja kvanttilaskentaan
Qiskit — avoimen lähdekoodin työkalupakki hyödylliseen kvanttilaskentaan
Qiskit-on-iqm — avoimen lähdekoodin qiskit-sovitin kvanttilaskentaan

Sekalaiset

Accelerated visualization — Valikoima GPU-kiihdytettyjä visualisointisovelluksia
Blender — 3D-mallinnus-, visualisointi- ja renderöintiohjelmisto
compute-sanitizer — Toiminnallisen oikeellisuuden tarkistustyökalujen kokonaisuus, joka sisältyy CUDA-työkalupakkiin
cProfile — Python-ohjelmien sisäänrakennettu profilointityökalu
cuda-gdb — Nvidian laajennus GNU-virheenjäljitystyökalu GDB:hen
DDT — Rinnakkaisvirheenjäljitin
Desktop — Etätyöpöytäympäristö
gdb — GNU-virheenjäljitin käännetyille ohjelmille
HyperQueue — Ajastin alisolmutason tehtäville
Intel Trace Analyzer and Collector (ITAC) — MPI-profilointi- ja jäljitystyökalu
Intel VTune Profiler — Suorituskyvyn analysointityökalu yhden ytimen ja säikeistyksen suorituskyvyn analysointiin
Julia-Jupyter — Interaktiivinen laskentaympäristö Julia-ohjelmointikielelle
Jupyter — Interaktiivinen laskentaympäristö Pythonille
Jupyter for courses — Jupyter-sovelluksen versio kurssiympäristöihin
ncu — Nvidia CUDA -ytimien profilointityökalu
nsys — Nvidian GPU- ja CPU-profilointityökalu
nvprof — Nvidian profilointityökalu, joka kerää ja näyttää profilointidataa
ParaView — Ilmainen avoimen lähdekoodin visualisointisovellus
pdb — Pythonin sisäänrakennettu virheenjäljitin
perf — Komentorivityökalu suorituskyvyn analysointiin
Scalasca — Suorituskykyprofilointityökalu rinnakkaisohjelmille
TensorBoard — TensorFlown visualisointityökalupakki
VisIt — Ilmainen avoimen lähdekoodin visualisointisovellus
Visual Studio Code — Lähdekoodieditori