Sovellukset tieteenalan mukaan

Huomautus

Teknisen tuen lisäksi CSC tarjoaa myös neuvontaa tieteisiin sekä menetelmiin liittyvissä kysymyksissä. Lisätietoja saat tiedealakohtaisilta tukisivuilta research.csc.fi -sivustolla (englanniksi) tai ottamalla yhteyttä asiakaspalvelumme .

Biotieteet

ABySS — De novo -rinnakkainen paired-end-sekvenssikokoaja
AdmixTools — Populaatioiden sekoittumisen päättely f-statistiikoista
ADMIXTURE — Yksilöiden alkuperien nopea suurimman uskottavuuden estimointi SNP-datasta
Alphafold — Proteiinin 3D-rakenteen ennustaminen
ANGSD — Seuraavan sukupolven sekvensointidatan analyysi genotyyppitodennäköisyyksien avulla
antiSMASH — Sekundaarimetaboliittien biosynteesigeeniklustereiden tunnistus mikrobigenomeista
ASTRAL — Koalesenssipohjainen lajipuun estimointi geenipuista
AUGUSTUS — Geenien ennustaminen eukaryoottien genomisekvensseissä
BamTools — Työkaluja BAM-muotoisten tiedostojen käsittelyyn
Barrnap — Nopea ribosomaalisen RNA:n (rRNA) ennustus
BayeScan — Työkalu luonnonvalinnan kohteena olevien ehdokaslokuskohtien tunnistamiseen populaatioiden alleelifrekvenssien perusteella
BBMap — BBToolsin lyhytlukujen kohdistin ja sekvenssidatan käsittelyohjelmistopaketti
BCFtools — Varianttien tunnistus ja VCF-/BCF-tiedostojen käsittely
BEDOPS — Joukko-operaatioita genomisille intervalleille (BED)
BEDTools — Genomioperaatioita BED/VCF/GFF-intervalleille
Bio-apps — Pääsymoduuli biotieteissä usein käytettyjen sovellusten ja ohjelmistojen kokoelmaan
BioPerl — Perl-ympäristö BioPerl-laajennuksella
Biopython — Python-ympäristö, jossa on Biopython ja muita bioinformatiikkaan liittyviä Python-kirjastoja
BLAST — Sekvenssien samankaltaisuushakutyökalu nukleotideille ja proteiineille
Bowtie — Erittäin nopea ja muistitehokas lyhyiden lukujen kohdistusohjelma
Bowtie2 — Lyhyiden lukujen kohdistusohjelma
Bracken — Lajien runsauden estimointi Kraken2:n tulosteesta
BRAKER — Automaattinen genomin annotointiputki eukaryooteille
BUSCO — Genomi-/transkriptomiaineiston täydellisyyden arviointi ortologien avulla
BWA — Lyhyiden lukujen kohdistusohjelma
bwa-mem2 — Nopeampi seuraaja bwa memille
Canu — Pitkien lukujen (PacBio/Nanopore) genomin kokoaja
CD-HIT — Sekvenssien klusterointi- ja redundanssinpoistotyökalu
CheckM2 — Genomien laadun arviointi koneoppimisen avulla
Chipster — Easy-to-use analysis platform for RNA-seq, single cell RNA-seq and other NGS data
Chipster_genomes — Työkalu Chipsterin käyttämien kohdistinohjelmien indeksien lataamiseen Roihuun
CLUMPP — Populaatiorakenneanalyysien toistettujen klusterimääritysten kohdistaminen
Clustal Omega — Monisekvenssikohdistus
ClustalW — Monisekvenssikohdistus
CryoSPARC — Työkalu Cryo-EM-datan analysointiin Puhdissa/Mahdissa
Cufflinks — Transkriptien kokoaminen ja differentiaalisen ilmentymisen analyysi RNA-Seq-dataa varten
Cutadapt — Suuritehoisen sekvensoinnin lukujen trimmaus
deepTools — Työkaluja syväsekvensoinnin peittodatan tutkimiseen
demix_check — Tarkista demiksattujen lukujen mSWEEP/mGEMS-klusterimääritykset
Diamond — Proteiinien ja nukleotidien sekvenssien samankaltaisuushakutyökalu
Dorado — GPU-kiihdytetty Oxford Nanopore -emäskutsuja
eggNOG-mapper — Sekvenssien toiminnallinen annotointi ortologian avulla (eggNOG)
EMBOSS — Työkalupakki klassiseen sekvenssianalyysiin
Entrez Direct — Entrez direct - komentorivityökalu datan hakemiseen ja noutamiseen NCBI:ltä
Exonerate — Yleiskäyttöinen työkalu sekvenssien parittaiseen vertailuun
fastp — Nopea kaiken yhdessä tekevä FASTQ-esikäsittely ja laadunvalvonta
FastQC — Laadunvalvontatyökalu suuren läpimenon sekvenssidatalle
FASTX-Toolkit — FASTA/FASTQ-lyhytlukujen esikäsittelytyökalut
Freebayes — Geneettisten varianttien tunnistin
gapseq — Genominlaajuisten metabolisten verkostojen rekonstruointi ja analyysi
GATK — Genome Analysis Toolkit varianttien tunnistamiseen
GetOrganelle — Organelle-genomien kokoaminen koko genomin sekvensointidatasta
GOLD — Proteiini-ligandi-telakointiohjelma
Grace — Piirtotyökalu erityisesti xvg-tiedostoille
GROMACS — Nopea ja monipuolinen klassinen molekyylidynamiikka
GTDB-Tk — Bakteeri- ja arkeonigenomien taksonominen luokittelu GTDB:n avulla
HADDOCK3 — Korkean ambiguiteetin ohjaama biomolekyylien telakointi
HISAT2 — Silmukoidut kohdistukset tekevä kohdistusohjelma RNA-seq- ja DNA-lukemille
HMMER — Työkalupaketti sekvenssiprofiilien piilotettujen Markovin mallien luomiseen ja käyttöön
HUMAnN — Mikrobiyhteisöjen reittien profilointi metagenomisella datalla
HybPiper — Kohdennettu sekvenssikaappaus (Hyb-Seq) lokusten talteenottoon fylogenomiiikkaa varten
HyPhy — Hypoteesien testaus fylogenioilla (valinta-analyysi)
IGV — Integrative Genomics Viewer - interaktiivinen genomiselain
Illumina BaseSpace — Komentoriviasiakasohjelma datan noutamiseen Illumina BaseSpace -ympäristöstä
inStrain — Kannan tason populaatiogenomiikkaa metagenomisista kohdistuksista
InterProScan — Proteiinisignatuurien/motiivien hakutyökalu
iPyrad — työkalupakki restriktiokohtiin liittyvien genomisten datajoukkojen (esim. RAD, ddRAD, GBS) populaatiogeneettisiin ja fylogeneettisiin tutkimuksiin
IQ-TREE — Suurimman uskottavuuden fylogeneettinen päättely
Jellyfish — Nopea k-merien laskenta
Kraken — Taksonominen sekvenssiluokittelujärjestelmä
Lazypipe — Itsenäinen putki virusten tunnistamiseen isäntään liittyvistä tai ympäristönäytteistä
MACS2/3 — ChIP-Seq-analyysityökalu
Maestro — Monipuolinen ohjelmistokokonaisuus lääkeainekehitykseen ja materiaalien mallinnukseen
MAFFT — Monisekvenssikohdistus
Mash — Nopea genomi-/metagenomietäisyyksien estimointi (MinHash)
MaxQuant — A proteomics software for processing of Mass-spectromtery data
medaka — Nanopore-konsensussekvenssien muodostus ja varianttien tunnistus
Megahit — Metagenomiikan kokoaminen
MEME Suite — Motiivien tunnistus ja analyysi (MEME Suite)
MetaBAT — Metagenomin binnaus (MetaBAT2)
MetaHipMer2 — GPU-kiihdytetty metagenomikokoonpano
MetaPhlAn — Mikrobiyhteisöjen koostumuksen profilointi metagenomisella sekvensointidatalla
MICOM — Mikrobiyhteisöjen metabolinen mallinnus
minibwa — Lyhytlukujen kohdistin, BWA-MEMin seuraaja
Minimap2 — Lyhyiden lukujen kohdistusohjelma
MMseqs2 — Erittäin nopea proteiinihaku ja klusterointi
Mothur — Ohjelmistopaketti mikrobiyhteisöjen amplikonisekvensointidatan analysointiin
MrBayes — Ohjelma fylogenioiden päättelyyn bayesilaisilla menetelmillä
MUMmer — Genomien kohdistus (MUMmer)
MUSCLE — Usean sekvenssin kohdistus (v3)
MUSCLE5 — Monisekvenssikohdistus (v5)
NCBI C++ Toolkit — NCBI C++ Toolkit -kirjastot ja komentorivisovellukset
Nextflow — Nextflow on tieteellinen työnkulunhallintajärjestelmä skaalautuvien, siirrettävien ja toistettavien työnkulkujen luomiseen
PANNZER2/SANSPANZ — Automaattinen proteiinien annotointityökalu
PHYLIP — PHYLIP fylogeneettisten päätelmien ohjelmistopaketti
Picard Tools — Työkaluja SAM-, BAM-, CRAM- ja VCF-tiedostojen käsittelyyn
Prodigal — Prokaryoottien geenien ennustus
Prokka — Nopea prokaryoottigenomien annotointi
QIIME — Paketti mikrobiyhteisöjen analysointiin amplikonisekvensointidatasta
RAxML — Ohjelma fylogenioiden päättelyyn uskottavuusmenetelmällä
RAxML-NG — Suurimman uskottavuuden fylogeneettinen päättely (RAxML-NG)
Roary — Pangenomiputki
run_dbcan — Automaattinen hiilihydraattiaktiivisten entsyymien (CAZyme) annotointi
SALMON — Ohjelma transkriptitason kvantifiointiarvioiden tuottamiseen RNA-seq-datasta
SameStr — Kannan tason jakautumisanalyysi metagenomisten SNV-profiilien perusteella
SAMtools — Työkaluja SAM/BAM-muotoisten kohdistustiedostojen hallintaan
SeqKit — Monialustainen FASTA/FASTQ-työkalupakki
Seqtk — Työkalu sekvenssien käsittelyyn FASTA- tai FASTQ-muodossa
Snakemake — Snakemake on Python-pohjainen tieteellinen työnkulunhallintajärjestelmä skaalautuvien, siirrettävien ja toistettavien työnkulkujen luomiseen
SortMeRNA — rRNA-lukujen suodatus ja lajittelu (meta)transkriptomisesta datasta
SPAdes — Genomikokoonpano
SRA Toolkit — NCBI:n SRA Toolkit SRA-datan käyttöön ja muuntamiseen
STAR — Lyhyiden lukujen kohdistin
SteadierCom — Mikrobiyhteisöjen vakaan tilan metabolinen simulointi
StrAuto — STRUCTURE-analyysin automatisointi ja rinnakkaistaminen
StringTie — Transkriptien kokoaminen ja kvantifiointi RNA-Seq-dataa varten
Structure — Populaatiorakenteen päättely genetiikassa
Structure Harvester — STRUCTURE-tulosten jälkikäsittely (Evanno-menetelmä)
TopHat — Silmukointikohtien kartoittaja RNA-Seq-lukemille
Trimmomatic — Trimmaa Illumina-paripääte- ja yksittäislukudataa
Trinity — Transkriptomin kokoamistyökalu
VCFtools — VCF-tiedostojen käsittely ja tilastot
VirusDetect — Virusten tunnistus sRNA-datalla
VMD — Molekyylien visualisointiohjelma
VSEARCH — Monipuolinen sekvenssihaku- ja klusterointityökalu
wtdbg2 — Nopea kokoamistyökalu pitkän lukupituuden sekvenssidatalle
XHMM (eXome-Hidden Markov Model) — Kopiolukumuutosten tunnistus kohdennetusta sekvensointidatasta

Kemia

Amber — Molekyylidynamiikkaohjelmistopaketti
AMS — Mallinnusohjelmistopaketti, joka tarjoaa ADF-moottorin
AMS-GUI — AMS:n integroitu graafinen käyttöliittymä
COSMO-RS — Työkalupakki nestevaiheen termodynaamisten ominaisuuksien ennustamiseen COSMO-RS-mallilla
CP2K — DFT, kvanttikemia, QM/MM, AIMD jne. erityisesti jaksollisille järjestelmille
CSD — Cambridge Structural Database ja ohjelmisto kiteisten rakenteiden hakuun ja analysointiin
Gaussian — Monipuolinen laskennallisen kemian ohjelmistopaketti
GOLD — Proteiini-ligandi-telakointiohjelma
GPAW — Monipuolinen DFT-paketti
Grace — Piirtotyökalu erityisesti xvg-tiedostoille
GROMACS — Nopea ja monipuolinen klassinen molekyylidynamiikka
HADDOCK3 — Korkean ambiguiteetin ohjaama biomolekyylien telakointi
LAMMPS — Nopea molekyylidynamiikkamoottori laajalla voimakenttävalikoimalla
Maestro — Monipuolinen ohjelmistokokonaisuus lääkeainekehitykseen ja materiaalien mallinnukseen
Molden — Prosessointiohjelma molekyyli- ja elektronirakennelaskentaan
MOLPRO — Paketti tarkkoihin ab initio -kvanttikemian laskuihin
NAMD — Erittäin skaalautuva klassisen molekyylidynamiikan ohjelmisto
NMRLipids — NMRLipids-datapankki, joka sisältää MD-simulaatioita
NWChem — Laskennallisen kemian ohjelmistopaketti, joka on suunniteltu toimimaan tehokkaasti rinnakkaisissa HPC-järjestelmissä
Open Babel — Ohjelma molekyylimallinnuksessa tällä hetkellä käytettyjen tiedostomuotojen muuntamiseen
ORCA — Yleiskäyttöinen kvanttikemian ohjelmistopaketti
PLUMED — Kirjasto ja työkalut tehostettuihin näytteenottomenetelmiin
Quantum ESPRESSO — Elektronirakennelaskentaa ja materiaalimallinnusta nanomittakaavassa
TmoleX — Graafinen käyttöliittymä TURBOMOLE-ajojen määrittämiseen ja analysointiin
TURBOMOLE — Nopea ja vakaa kvanttikemian ohjelmistopaketti
VASP — Ab initio DFT -elektronirakenteet
VMD — Molekyylien visualisointiohjelma

Laskennallinen tekniikka

Abaqus — Dassault Systemesin SIMULIA-akateeminen tutkimusohjelmistopaketti
Ansys — Ansys Academic research CFD
COMSOL Multiphysics — Yleiskäyttöinen simulointiohjelmisto
Elmer — Avoimen lähdekoodin monifysikaalinen FEM-ohjelmistopaketti
OpenFOAM — OpenFOAM® on johtava vapaa ja avoimen lähdekoodin ohjelmisto laskennalliseen virtausdynamiikkaan (CFD)
PALM — Meteorologinen mallijärjestelmä ilmakehän ja valtamerten rajakerrosvirtauksille
Star-CCM+ — Siemens Digital Industries Softwaren laskennallisen virtausdynamiikan ohjelmisto

Data-analytiikka ja koneoppiminen

JAX — Autograd ja XLA yhdistettynä suorituskykyistä koneoppimistutkimusta varten
Python Data — Python-kirjastojen kokoelma data-analytiikkaan ja koneoppimiseen
PyTorch — Koneoppimiskehys Pythonille
TensorFlow — Syväoppimiskirjasto Pythonille
vLLM — Nopea ja helppokäyttöinen kirjasto LLM-päättelyyn ja tarjoiluun
Whisper — Yleiskäyttöinen puheentunnistusmalli

Geotieteet

ArcGIS Python API — Paikkatietoanalyysi ja datatiede
CloudCompare — pistepilvien visualisointiin, muokkaamiseen ja käsittelyyn
GDAL — paikkatietodatan tiedostomuodoille
Geoconda — Python-kirjastoja paikkatietoanalyysiin
GRASS GIS — Yleiskäyttöinen paikkatieto-ohjelmistoperhe paikkatietoaineistojen katseluun, muokkaukseen ja analysointiin
LAStools — LiDAR-aineistoille
OpenDroneMap (ODM) — ilmasta otettujen drone-kuvien käsittelyyn
Orfeo ToolBox — kaukokartoitussovelluksiin
PDAL — pistepilviaineistojen muunnoksiin ja käsittelyyn
Python-geo — Python-kirjastot paikkatietoanalyysiin
QGIS — Yleiskäyttöinen paikkatieto-ohjelmistoperhe paikkatietodatan katseluun, muokkaukseen ja analysointiin
R for GIS — R:n paikkatietoanalyysin kirjastot
SAGA GIS — Yleiskäyttöinen paikkatieto-ohjelmistoperhe paikkatietodatan katseluun, muokkaukseen ja analysointiin
SNAP — kaukokartoitussovelluksiin
WhiteboxTools — edistynyt paikkatietoanalyysin alusta
Zonation — Paikkatiedon suojelun priorisointikehys

eBay's tsv-utils — Työkaluja suurten taulukkomuotoisten datatiedostojen käsittelyyn
Finnish Tagtools — Finnish Tagtools
HeLI-OTS — Valmis kielentunnistin, jossa on kielimallit 220 kielelle
HFST — Helsinki Finite-State Transducer Technology
HFST-fi — Helsinki Finite-State Technology for Finnish
HFST-sv — Helsinki Finite-State Technology for Swedish
kp-spell (enchant) — Suomen- ja ruotsinkielinen oikoluku enchant-käyttöliittymän kautta
openSMILE — Työkalupakki äänipiirteiden poimintaan puheen ja musiikin analysointia varten
Praat — Työkalupakki puheen ja muiden ääninäytteiden annotointiin, käsittelyyn ja analysointiin
trankit — Transformer-pohjainen Python-työkalupakki monikieliseen luonnollisen kielen käsittelyyn (NLP)
UDPipe — Koulutettava putki tokenisointiin, sanaluokkien tunnistukseen, lemmatisointiin ja riippuvuusanalyysiin
vrt-tools — Työkaluja VRT (Vertical Text) -korpustiedostojen muuntamiseen

Matematiikka ja tilastotiede

IDL — Ohjelmointikieli, numeerinen analyysi, tieteellisen datan käsittely ja visualisointi
Julia Language — Korkean tason, suorituskykyinen dynaaminen ohjelmointikieli numeeriseen laskentaan
MATLAB — Korkean tason teknisen laskennan kieli
Octave — Korkean tason tulkattava kieli numeeriseen laskentaan
Python — Ohjelmointikieli ja sen moduulit CSC:llä
r-env — R ja RStudio Server
RStudio IDE — Integroitu kehitysympäristö R:lle
SageMath — Ilmainen avoimen lähdekoodin matematiikkaohjelmistojärjestelmä

Fysiikka

VASP — Ab initio DFT -elektronirakenteet

Kvantti

Cirq-on-iqm — avoimen lähdekoodin cirq-sovitin kvanttilaskentaan
Pennylane — Ilmainen avoimen lähdekoodin ohjelmistokehys kvanttikoneoppimiseen ja kvanttilaskentaan
Qiskit — avoimen lähdekoodin työkalupakki hyödylliseen kvanttilaskentaan
Qiskit-on-iqm — avoimen lähdekoodin qiskit-sovitin kvanttilaskentaan

CDO — Komentorivityökaluja ilmasto- ja NWP-mallidatan käsittelyyn ja analysointiin

Sekalaiset

Accelerated visualization — Valikoima GPU-kiihdytettyjä visualisointisovelluksia
Blender — 3D-mallinnus-, visualisointi- ja renderöintiohjelmisto
compute-sanitizer — Toiminnallisen oikeellisuuden tarkistustyökalujen kokonaisuus, joka sisältyy CUDA-työkalupakkiin
cProfile — Python-ohjelmien sisäänrakennettu profilointityökalu
cuda-gdb — Nvidian laajennus GNU-virheenjäljittimeen GDB:hen
DDT — Rinnakkaisvirheenjäljitin
Desktop — Etätyöpöytäympäristö
FFmpeg — Työkalut ja kirjastot äänen ja videon tallentamiseen, muuntamiseen ja suoratoistoon
FireWorks — FireWorks on ilmainen avoimen lähdekoodin työkalu useita vaiheita ja mahdollisesti monimutkaisia riippuvuuksia sisältävien työnkulkujen määrittelyyn, hallintaan ja suorittamiseen
gdb — GNU-virheenjäljitin käännetyille ohjelmille
HyperQueue — Ajastin alisolmutason tehtäville
Intel Trace Analyzer and Collector (ITAC) — MPI-profilointi- ja jäljitystyökalu
Intel VTune Profiler — Suorituskyvyn analysointityökalu yhden ytimen ja säikeistyksen suorituskyvyn analysointiin
Julia-Jupyter — Interaktiivinen laskentaympäristö Julia-ohjelmointikielelle
Jupyter — Interaktiivinen laskentaympäristö Pythonille
Jupyter for courses — Jupyter-sovelluksen versio kurssiympäristöihin
ncu — Nvidia CUDA -ytimien profilointityökalu
nsys — Nvidian GPU- ja CPU-profilointityökalu
nvprof — Nvidian profilointityökalu, joka kerää ja näyttää profilointidataa
ParaView — Ilmainen avoimen lähdekoodin visualisointisovellus
pdb — Pythonin sisäänrakennettu virheenjäljitin
perf — Komentorivityökalu suorituskyvyn analysointiin
Scalasca — Suorituskykyprofilointityökalu rinnakkaisohjelmille
TensorBoard — TensorFlown visualisointityökalupakki
VisIt — Ilmainen avoimen lähdekoodin visualisointisovellus
Visual Studio Code — Lähdekoodieditori