Seqtk

Seqtk on nopea ja kevyt työkalu sekvenssien käsittelyyn FASTA- tai FASTQ-muodossa. Se jäsentää saumattomasti sekä FASTA- että FASTQ-tiedostoja, jotka voivat olla myös valinnaisesti gzip-pakattuja.

Seqtk
- Lisenssi
- Saatavuus
- Käyttö
  - Esimerkkejä
- Tuki
- Lisätietoja

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia MIT-lisenssillä.

Saatavuus

Roihu-CPU: 1.4, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

Seqtk on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten Seqtk-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load seqtk/1.4

seqtk-komennon syntaksi on:

seqtk <command> <arguments>

Saatavilla olevat Seqtk-komennot ovat:

Command	Function
`seq`	FASTA/Q:n yleiset muunnokset
`comp`	hae FASTA/Q:n nukleotidikoostumus
`sample`	alipoimi sekvenssejä
`subseq`	poimi alasekvenssejä FASTA/Q:sta
`fqchk`	fastq-laadunvalvonta (emäs-/laatuyhteenveto)
`mergepe`	lomita kaksi PE FASTA/Q -tiedostoa
`trimfq`	trimmaa FASTQ Phred-algoritmilla
`hety`	alueellinen heterotsygotia
`gc`	tunnista korkean tai matalan GC-pitoisuuden alueet
`mutfa`	tee pistemutaatioita FASTA:an määritetyissä kohdissa
`mergefa`	yhdistä kaksi FASTA/Q-tiedostoa
`famask`	käytä X-koodattua FASTA:aa lähde-FASTA:an
`dropse`	poista parittomat sekvenssit lomitetusta PE FASTA/Q:sta
`rename`	nimeä sekvenssien nimet uudelleen
`randbase`	valitse satunnainen emäs heteistä
`cutN`	katkaise sekvenssi pitkän N:n kohdalta
`listhet`	poimi kunkin hetin sijainti

Esimerkkejä

Muunna FASTQ FASTA-muotoon:

seqtk seq -a in.fq.gz > out.fa

Poimi sekvenssit, joiden nimet ovat tiedostossa name.lst, yksi sekvenssin nimi per rivi:

seqtk subseq in.fq name.lst > out.fq

Poimi sekvenssit tiedostossa reg.bed olevilta alueilta:

seqtk subseq in.fa reg.bed > out.fa

Aja seqtk interaktiivisessa istunnossa tai eräajona, ei kirjautumissolmulla. Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta kohdasta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki

Lisätietoja

Seqtkin kotisivu