STAR
STAR (Spliced Transcripts Alignment to a Reference) on nopea NGS-lukujen kohdistin RNA-seq-datalle.
Lisenssi
Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.
Saatavuus
Puhti: 2.7.10a, 2.7.11a
Käyttö
Alla luetellut STAR-komennot aktivoidaan lataamalla biokit-moduuli.
Ennen kuin voit suorittaa varsinaisen kohdistustyön, fasta-muotoinen viitegenomi täytyy indeksoida. Puhdissa viitegenomi-indeksien työkopiot sekä muut suuret tiedostot tulee tallentaa /scratch-hakemistoon.
Käytön helpottamiseksi aseta ympäristömuuttuja osoittamaan /scratch-hakemistoosi. (Korvaa esimerkissä käytetty polku oikealla polulla.)
Luo hakemisto viitegenomin indeksille:
Tämän jälkeen indeksointi voidaan tehdä komennolla:
STAR --runMode genomeGenerate --genomeDir $SCRATCH/star-genome --genomeFastaFiles /path/to/genome/genome.fasta --runThreadN 2
Kun indeksointi on valmis, varsinainen kohdistustehtävä voidaan käynnistää. STAR tuottaa kohdistuksen tulosteen kiinteillä tiedostonimillä. Siksi on suositeltavaa, että jokainen STAR-ajo suoritetaan uudessa, tyhjässä hakemistossa. Puhdissa tämä uusi työhakemisto kannattaa luoda projektisi /scratch-hakemistoon. Uusi hakemisto nimeltä starjob1 voidaan luoda komennolla:
tämän jälkeen varsinainen kohdistustyö voidaan käynnistää komennoilla:
STARin oletusparametrit ovat tyypillisiä 2x76- tai 2x101-Illumina-lukujen kohdistamiseen ihmisen genomiin.
Puhdissa kaikki laskentatehtävät tulee suorittaa eräajoina. Eräajoissa voit hyödyntää myös säiepohjaista rinnakkaistamista. Alla on esimerkki STARin eräajotiedostosta. Työ käyttää kuutta laskentaydintä yhdeltä laskentasolmulta. Muistivaraus on 24 Gt. Huomaa, että sinun täytyy muuttaa --account-asetus projektiasi vastaavaksi.
#!/bin/bash -l
#SBATCH --job-name=STAR
#SBATCH --output=STAR.stdout
#SBATCH --error=STAR.stderr
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --cpus-per-task=6
#SBATCH --account=project_1234567
#SBATCH --mem=24000
export SCRATCH=/scratch/project_12345/$USER
# calculate indexes. You don't need to recalculte the indexes if they already exist.
mkdir $SCRATCH/star-genome
STAR --runMode genomeGenerate --genomeDir $SCRATCH/star-genome --genomeFastaFiles /path/to/genome/genome.fasta --runThreadN $SLURM_CPUS_PER_TASK
# Run the mapping task
STAR --genomeDir $SCRATCH/star-genome --readFilesIn my-reads.fastq --runThreadN $SLURM_CPUS_PER_TASK
Eräajokomentosarja käynnistetään sbatch-komennolla. Esimerkiksi: