STAR
STAR (Spliced Transcripts Alignment to a Reference) on nopea NGS-lukujen kohdistusohjelma RNA-seq-datalle.
Lisenssi
Vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.
Saatavuus
- Roihu: 2.7.11b,
bio-apps-moduulin kautta.
Käyttö
STAR on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten STAR-moduuli:
Ennen kuin voit suorittaa varsinaisen kohdistustyön, fasta-muotoinen viitegenomi on indeksoitava. Roihussa viitegenomi-indeksien työkopiot sekä muut suuret tiedostot tulee tallentaa /scratch-hakemistoon.
Käytön helpottamiseksi aseta ympäristömuuttuja osoittamaan /scratch-hakemistoosi. (Korvaa esimerkissä käytetty polku oikealla polulla.)
Luo hakemisto viitegenomin indeksille:
Tämän jälkeen indeksointi voidaan tehdä komennolla:
STAR --runMode genomeGenerate --genomeDir $SCRATCH/star-genome --genomeFastaFiles /path/to/genome/genome.fasta --runThreadN 2
Kun indeksointi on valmis, varsinainen kohdistustehtävä voidaan käynnistää. STAR tuottaa kohdistuksen tulostiedostot kiinteillä tiedostonimillä. Siksi on suositeltavaa, että jokainen STAR-ajo suoritetaan uudessa, tyhjässä hakemistossa. Roihussa tämä uusi ajohakemisto kannattaa luoda projektisi /scratch-hakemistoon. Uusi starjob1-niminen hakemisto voidaan luoda komennolla:
tämän jälkeen varsinainen kohdistustyö voidaan käynnistää komennoilla:
STARin oletusparametrit ovat tyypillisiä 2x76- tai 2x101-pituisten Illumina-lukujen kohdistamiseen ihmisen genomiin.
Roihussa kaikki laskentatehtävät tulee suorittaa eräajoina. Eräajoissa voit hyödyntää myös säiepohjaista rinnakkaistamista. Alla on esimerkki STARin eräajotiedostosta. Työ käyttää kuutta laskentaydintä yhdeltä laskentasolmulta. Muistivaraus on 24 Gt. Huomaa, että sinun on muutettava --account-asetus projektiasi vastaavaksi.
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=STAR
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=STAR.stdout
#SBATCH --error=STAR.stderr
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=12:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=6
#SBATCH --mem=24000
module load bio-apps/v202603
module load star/2.7.11b
export SCRATCH=/scratch/<project>/$USER
# calculate indexes. You don't need to recalculate the indexes if they already exist.
mkdir $SCRATCH/star-genome
STAR --runMode genomeGenerate --genomeDir $SCRATCH/star-genome --genomeFastaFiles /path/to/genome/genome.fasta --runThreadN $SLURM_CPUS_PER_TASK
# Run the mapping task
STAR --genomeDir $SCRATCH/star-genome --readFilesIn my-reads.fastq --runThreadN $SLURM_CPUS_PER_TASK
Eräajokomentosarja käynnistetään komennolla sbatch. Esimerkiksi: