Dorado
Dorado on suorituskykyinen, helppokäyttöinen avoimen lähdekoodin emäskutsuja Oxford Nanopore -lukemille. Roihussa se on tarjolla GPU-kiihdytettynä koosteena GH200-GPU-solmuille.
Lisenssi
Doradoa jaellaan Oxford Nanopore Technologies PLC Public License v1.0 -lisenssillä. Lisenssi sallii käytön ainoastaan tutkimustarkoituksiin, jotka määritellään sisäiseksi tutkimukseksi, jota ei ole tarkoitettu kaupallisen hyödyn tai rahallisen korvauksen tavoitteluun eikä suunnattu siihen. Sponsoroitu tai apurahoin rahoitettu tutkimus on sallittua lisenssin puitteissa.
Saatavuus
- Roihu-GPU: 2.1.1,
bio-apps-moduulin kautta (vain GPU-solmut).
Dorado toimii Roihun GPU-solmuilla (GH200). Kirjaudu osoitteeseen roihu-gpu.csc.fi ja lataa moduulit siellä, jotta saat käyttöösi GPU-koosteen.
Käyttö
Dorado on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa bio-apps-moduulipuu ja sitten Dorado-moduuli:
Dorado käyttää emäskutsuntamalleja, jotka ladataan ensimmäisellä käyttökerralla. Lataa ne kirjoitettavaan sijaintiin (esimerkiksi projektisi /scratch-hakemistoon), tai anna komennon dorado basecaller hakea malli automaattisesti, kun sitä ajetaan kirjoitettavasta työhakemistosta:
Esimerkkieräajokomentosarja
Doradoa on ajettava GPU-solmulla. Alla on esimerkki GPU-eräajosta:
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=dorado
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=gpumedium
#SBATCH --time=08:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=32
#SBATCH --gres=gpu:gh200:1
module load bio-apps/v202603
module load dorado/2.1.1
dorado basecaller sup pod5_dir/ > calls.bam
Korvaa <project> CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234). Argumentti sup valitsee supertarkan mallin; dorado lataa sen, jos sitä ei ole jo valmiiksi saatavilla.
Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta sivulta eräajokomentosarjan luominen Roihulle sekä käytettävissä olevista GPU-resursseista sivulta GPU-osiot.