SteadierCom

SteadierCom on työkalu mikrobiyhteisöjen simulointiin genomitason metabolisia malleja käyttäen. Se ennustaa vakaan tilan kasvua ja ristisyöttövuorovaikutuksia mikrobiyhteisöissä ja tarjoaa steadiercom-komentorivikäyttöliittymän.

SteadierCom

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia Apache 2.0 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu: 0.1.5 (moduuli py-steadiercom), bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

SteadierCom on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load py-steadiercom/0.1.5

Suorita analyysi steadiercom-komennolla ja anna yhteisön genomitason mallit:

steadiercom models/*.xml --output community_results

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=steadiercom
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --mem-per-cpu=4G

module load bio-apps/v202603
module load py-steadiercom/0.1.5

steadiercom models/*.xml --output community_results

Korvaa <project> CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta kohdasta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki

Lisätietoja

SteadierComin GitHub-repositorio