SteadierCom
SteadierCom on työkalu mikrobiyhteisöjen simulointiin genomitason metabolisia
malleja käyttäen. Se ennustaa vakaan tilan kasvua ja ristisyöttövuorovaikutuksia
mikrobiyhteisöissä ja tarjoaa steadiercom-komentorivikäyttöliittymän.
Lisenssi
Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia Apache 2.0 -lisenssillä.
Saatavuus
- Roihu: 0.1.5 (moduuli
py-steadiercom),bio-apps-moduulin kautta.
Käyttö
SteadierCom on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten moduuli:
Suorita analyysi steadiercom-komennolla ja anna yhteisön genomitason mallit:
Esimerkkieräajokomentosarja
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=steadiercom
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --mem-per-cpu=4G
module load bio-apps/v202603
module load py-steadiercom/0.1.5
steadiercom models/*.xml --output community_results
Korvaa <project> CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).
Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta kohdasta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.