Prodigal

Prodigal (Prokaryotic Dynamic Programming Genefinding Algorithm) on nopea ja luotettava proteiinia koodaavien geenien ennustustyökalu prokaryoottien (bakteerien ja arkeonien) genomeille.

Prodigal

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu: 2.6.3, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

Prodigal on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten Prodigal-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load prodigal/2.6.3

Ennusta geenit genomista ja kirjoita geenikoordinaatit (GFF) sekä proteiinikäännökset:

prodigal -i genome.fna -o genes.gff -f gff -a proteins.faa -d genes.fna

Metagenomidatalle käytä anonyymi/meta-menettelyä valitsimella -p meta.

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=prodigal
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem=4G

module load bio-apps/v202603
module load prodigal/2.6.3

prodigal -i genome.fna -o genes.gff -f gff -a proteins.faa -d genes.fna

Korvaa <project> CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta kohdasta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki