Clustal Omega
Clustal Omega on nopea ja skaalautuva ohjelma proteiini- ja nukleotidisekvenssien monisekvenssikohdistukseen. Sillä voidaan kohdistaa suuria määriä sekvenssejä ja tuottaa korkealaatuisia kohdistuksia.
Lisenssi
Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv2 -lisenssillä.
Saatavuus
- Roihu: 1.2.4,
bio-apps-moduulin kautta.
Käyttö
Clustal Omega on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten Clustal Omega -moduuli:
Ohjelmaa ajetaan komennolla clustalo. Esimerkiksi FASTA-tiedoston sekvenssien kohdistamiseen:
Esimerkkieräajokomentosarja
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=clustalo
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --mem-per-cpu=2G
module load bio-apps/v202603
module load clustal-omega/1.2.4
clustalo -i sequences.fasta -o aligned.fasta --threads $SLURM_CPUS_PER_TASK
Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).
Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta ohjeesta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.