Clustal Omega

Clustal Omega on nopea ja skaalautuva ohjelma proteiini- ja nukleotidisekvenssien monisekvenssikohdistukseen. Sillä voidaan kohdistaa suuria määriä sekvenssejä ja tuottaa korkealaatuisia kohdistuksia.

• Clustal Omega
  • Lisenssi
  • Saatavuus
  • Käyttö
    • Esimerkkieräajokomentosarja
  • Tuki
  • Lisätietoja

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv2 -lisenssillä.

Saatavuus

• Roihu: 1.2.4, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

Clustal Omega on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten Clustal Omega -moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load clustal-omega/1.2.4

Ohjelmaa ajetaan komennolla clustalo. Esimerkiksi FASTA-tiedoston sekvenssien kohdistamiseen:

clustalo -i sequences.fasta -o aligned.fasta --threads 4

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=clustalo
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --mem-per-cpu=2G

module load bio-apps/v202603
module load clustal-omega/1.2.4

clustalo -i sequences.fasta -o aligned.fasta --threads $SLURM_CPUS_PER_TASK

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta ohjeesta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki

Lisätietoja

• Clustal Omegan kotisivu

Onko tämä sivu hyödyllinen?

Kyllä

Kiitos palautteestasi!

Ei

Kiitos! Arvostamme palautettasi.

Kerro meille miten voisimme parantaa tätä sivua ottamalla meihin yhteyttä .