FASTX-Toolkit

FASTX-Toolkit on kokoelma komentorivityökaluja lyhytlukuisten FASTA/FASTQ-tiedostojen esikäsittelyyn. Se sisältää työkaluja, kuten fastx_trimmer, fastq_quality_filter, fastx_clipper ja fastx_collapser.

FASTX-Toolkit

Lisenssi

Vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia GNU AGPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu: 0.0.14, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

FASTX-Toolkit on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten FASTX-Toolkit-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load fastx-toolkit/0.0.14

Esimerkiksi lukujen trimmaamiseen kiinteään pituuteen:

fastx_trimmer -l 50 -i input.fastq -o trimmed.fastq

tai laadun perusteella suodattamiseen:

fastq_quality_filter -q 20 -p 80 -i input.fastq -o filtered.fastq

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=fastx
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=01:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem=2G

module load bio-apps/v202603
module load fastx-toolkit/0.0.14

fastx_trimmer -l 50 -i input.fastq -o trimmed.fastq

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta kohdasta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC Service Desk

Lisätietoja

FASTX-Toolkitin kotisivu