GPAW

GPAW on tiheysfunktionaaliteorian (DFT) ja sitä laajempien laskentojen ohjelmisto, joka perustuu projektiolla täydennetyn aallon (PAW) menetelmään ja Atomic Simulation Environmentiin (ASE). Aaltofunktiot voidaan kuvata tasoaalloilla, yhtenäisillä reaaliavaruuden hiloilla ja atomikeskisillä kantafunktioilla.

Ohjelmiston ominaisuuksia ovat muun muassa:

kokonaisenergialaskut
rakenneoptimoinnit
erilaiset reunaehdot (äärellinen, lanka, laatta, bulkki)
tehokas rinnakkaistaminen
virittyneiden tilojen ominaisuudet aikariippuvan tiheysfunktionaaliteorian puitteissa

Saatavuus

Roihu

Roihu-CPU: 25.7.0
Tarkista kaikki saatavilla olevat versiot (ja oletusversio) komennolla module avail gpaw
Asennus sisältää seuraavat kirjastot: MPI, OpenMP, ScaLAPACK, ELPA, FFTW, libxc, libvdwxc, DFT-D3, DFT-D4
Katso GPAW:n dokumentaatio rinnakkaisajoista ohjeita varten siitä, miten suorituskykyiset kirjastot otetaan käyttöön syöteskriptissä
PAW-asetukset on asennettu gpaw_data-paketin kautta
Käytä komentoa gpaw info saadaksesi yksityiskohtaiset versiotiedot

Lisenssi

GPAW on vapaata ohjelmistoa, joka on saatavilla GPL-lisenssillä, versio 3+.

Käyttö

Koska oletusversio, joka on saatavilla komennolla module load gpaw, voi muuttua uusien versioiden asennuksen yhteydessä, suosittelemme lataamaan aina tietyn GPAW-version:

module load gpaw/version

Huomio

GPAW-laskennat suoritetaan komennolla gpaw python.

Eräajokomentosarjojen esimerkkejä

Roihu-CPU (osittainen solmu)Roihu-CPU (täydet solmut)

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=gpaw
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=00:30:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=2
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem-per-cpu=1000M

# Set the number of threads based on cpus-per-task
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK:-1}

# Place and bind threads to single cores
# Comment the following lines if binding is not desired
export OMP_PLACES=cores
export OMP_PROC_BIND=spread

# Run GPAW
srun gpaw python input.py

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=gpaw
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --partition=medium
##SBATCH --partition=large  # uncomment if using 6 or more nodes
#SBATCH --time=00:30:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=192 --cpus-per-task=2  # The product should be 384

# Test different values of
# --ntasks-per-node and --cpus-per-task above
# for your use case and use the values that give the best performance

# Set the number of threads based on cpus-per-task
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK:-1}

# Place and bind threads to single cores
# Comment the following lines if binding is not desired
export OMP_PLACES=cores
export OMP_PROC_BIND=spread

# Run GPAW
srun gpaw python input.py

Lisätietoja

GPAW:n kotisivu