SortMeRNA

SortMeRNA on paikallinen sekvenssien kohdistustyökalu ribosomaalisen RNA:n (rRNA) suodatukseen, kartoitukseen ja klusterointiin metatranskriptomisesta ja metagenomisesta datasta. Sitä käytetään yleisesti erottamaan rRNA-lukuja RNA-seq-aineiston muusta sisällöstä.

SortMeRNA

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU LGPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu: 7.0.0, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

SortMeRNA on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten SortMeRNA-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load sortmerna/7.0.0

Tietokannat

SortMeRNA tarvitsee yhden tai useamman rRNA-viitetietokannan (FASTA-tiedostoja, kuten SILVA- tai Rfam-rRNA-kokoelmat), joita ei toimiteta moduulin mukana.

Jaetut viitetietokannat

CSC suunnittelee tarjoavansa jaettuja viitetietokantoja keskitetystä sijainnista Roihussa. Tätä ollaan vielä ottamassa käyttöön. Kunnes se on saatavilla, lataa tarvitsemasi rRNA-viitetietokannat kirjoitettavaan sijaintiin (esimerkiksi projektisi /scratch-hakemistoon).

SortMeRNA:n ajaminen

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=sortmerna
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=4G

module load bio-apps/v202603
module load sortmerna/7.0.0

sortmerna --ref rRNA_db.fasta --reads reads.fq.gz \
    --workdir sortmerna_run --threads $SLURM_CPUS_PER_TASK

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta ohjeesta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n Service Desk