SortMeRNA

SortMeRNA on paikallinen sekvenssikohdistustyökalu ribosomaalisen RNA:n (rRNA) suodatukseen, kartoitukseen ja klusterointiin metatranskriptomisesta ja metagenomisesta datasta. Sitä käytetään yleisesti erottamaan rRNA-luennat RNA-seq-aineiston muista luennoista.

SortMeRNA

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU LGPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu-CPU: 7.0.0, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

SortMeRNA on osa Roihu-CPU:n bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten SortMeRNA-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load sortmerna/7.0.0

Tietokannat

SortMeRNA tarvitsee yhden tai useamman rRNA-viitetietokannan (FASTA-tiedostoja). CSC tarjoaa SortMeRNA 4.3 -viitetietokannat Roihussa, ja sortmerna-moduuli asettaa SORTMERNA_DB-ympäristömuuttujan osoittamaan niiden sijaintiin:

smr_v4.3_default_db.fasta (suositeltu)
smr_v4.3_fast_db.fasta
smr_v4.3_sensitive_db.fasta
smr_v4.3_sensitive_db_rfam_seeds.fasta

Anna tietokanta valitsimella --ref, esimerkiksi --ref $SORTMERNA_DB/smr_v4.3_default_db.fasta. Jos käytät omia viitetiedostojasi, huomaa, että SortMeRNA ei voi lukea gzip-pakattuja viitetiedostoja (luennat voivat olla gzip-pakattuja).

SortMeRNA:n suorittaminen

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=sortmerna
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=4G

module load bio-apps/v202603
module load sortmerna/7.0.0

sortmerna --ref $SORTMERNA_DB/smr_v4.3_default_db.fasta --reads reads.fq.gz \
    --workdir sortmerna_run --fastx --other --threads $SLURM_CPUS_PER_TASK

Valitsimella --fastx SortMeRNA kirjoittaa rRNA-tietokantaa vastaavat luennat FASTA/FASTQ-tiedostoon (aligned), ja --other kirjoittaa jäljelle jäävät, ei-rRNA-luennat erilliseen tiedostoon (other). Molemmat kirjoitetaan hakemistoon sortmerna_run/out/, ja ne pakataan, jos syöteluennat ovat pakattuja.

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta sivulta eräajotehtävän komentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki