Töiden lähettäminen arkkitehtuurien välillä

Yleiskatsaus

Roihussa CPU-solmut ovat x86-arkkitehtuuria ja GPU-solmut ARM-arkkitehtuuria, joten järjestelmässä on erilliset kirjautumissolmut kummallekin arkkitehtuurille. Tavallisesti CPU-työt kannattaa lähettää osoitteesta roihu-cpu.csc.fi ja GPU-työt osoitteesta roihu-gpu.csc.fi. Jos sinulla on perusteltu syy käyttää arkkitehtuurien välistä lähetystä, esimerkiksi kun CPU-solmulla oleva työnvuo tarvitsee käynnistää GPU-työn, tarvitaan hieman lisähuolellisuutta, jotta työ ei päädy käyttämään väärälle arkkitehtuurille rakennettuja ohjelmistoja.

Ongelma on se, että Slurm kopioi oletusarvoisesti koko lähetysympäristön työhön (--export=ALL). Tällöin muuttujat kuten PATH, LD_LIBRARY_PATH sekä Lmod-/moduulitila osoittavat lähettävän arkkitehtuurin binääreihin ja moduulipuihin, ja työ joko epäonnistuu tai käyttää huomaamatta väärää ohjelmistoa. Vältä tämä seuraavasti:

Rajoita välitettävät muuttujat valitsimella --export, jotta kohdesolmu rakentaa oman ympäristönsä alusta alkaen. HOME ja TERM riittävät yleensä, ja Slurmin omat SLURM_*-muuttujat välitetään aina. Lisää vain ne muuttujat, joita työsi todella tarvitsee.
Käynnistä työ kirjautumiskuorena, täydellä polulla annettuna (/bin/bash --login), jotta käyttäjäympäristö, mukaan lukien moduulijärjestelmä, alustetaan kohdesolmulla. Eräajoissa aseta lisäksi CSC_ENV_INIT_NON_INTERACTIVE=yes, jolloin /etc/profile.d/zz-csc-env.sh alustaa CSC-ympäristön ei-interaktiivisessa kuoressa. Interaktiiviset kuoret tekevät tämän oletusarvoisesti, koska ne asettavat PS1:n.
Aseta eräajoissa SLURM_EXPORT_ENV=ALL skriptin sisällä. Muuten srun perisi rajoitetun --export-listan sen ympäristön sijaan, jonka eräajoskripti on juuri muodostanut kohdesolmulla.

Interaktiivinen työ

srun --account=<project> \
    --partition=gputest \
    --nodes=1 \
    --ntasks-per-node=1 \
    --cpus-per-task=72 \
    --gres=gpu:gh200:1 \
    --time=0:15:00 \
    --export=HOME,TERM \
    --pty /bin/bash --login

Eräajo

batch.sh

#!/bin/bash --login
#SBATCH --export=HOME,CSC_ENV_INIT_NON_INTERACTIVE=yes
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --partition=gputest
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --cpus-per-task=72
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --gres=gpu:gh200:1
#SBATCH --time=0:15:00
export SLURM_EXPORT_ENV=ALL

# Write your code here