BioPerl

BioPerl on kokoelma Perl-moduuleja, jotka helpottavat Perl-skriptien kehittämistä bioinformatiikan sovelluksiin. Sellaisenaan se ei sisällä käyttövalmiita ohjelmia samalla tavalla kuin monet kaupalliset paketit ja ilmaiset selainpohjaiset käyttöliittymät. Toisaalta BioPerl tarjoaa uudelleenkäytettäviä Perl-moduuleja, jotka helpottavat Perl-skriptien kirjoittamista sekvenssien käsittelyyn, tietokantojen käyttöön useilla eri tiedostomuodoilla sekä erilaisten molekyylibiologisten ohjelmien tulosten suorittamiseen ja jäsentämiseen. Näin ollen BioPerl mahdollistaa sellaisten skriptien kehittämisen, jotka voivat analysoida suuria määriä sekvenssidataa tavoilla, jotka ovat yleensä vaikeita tai mahdottomia selainpohjaisilla järjestelmillä.

BioPerl
- Lisenssi
- Saatavuus
- Käyttö
- Tuki
- Lisätietoja

Lisenssi

BioPerl on vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia.

BioPerl on lisensoitu samoilla ehdoilla kuin Perl itse, joka on kaksoislisensoitu joko Perl Artistic -lisenssin tai GNU GPLv3:n ehtojen mukaisesti.

Saatavuus

Puhdissa: Perl 5.36.0 ja BioPerl 1.7.8

Käyttö

Puhdissa BioPerl otetaan käyttöön komennolla:

module load biokit

Tämän jälkeen voit käynnistää BioPerl-ohjelman komennolla:

perl my_bioperl_code.pm

Vaihtoehtoisesti voit muuttaa koodisi ensimmäisellä rivillä olevan Perl-määrittelyn muotoon

#!/bin/env perl

ja suorittaa Perl-ohjelman:

./my_bioperl_code.pm

Tuki

CSC Service Desk

Lisätietoja

BioPerlin kotisivu