BioPerl

BioPerl on kokoelma Perl-moduuleja, jotka helpottavat Perl-skriptien kehittämistä bioinformatiikan sovelluksiin. Sellaisenaan se ei sisällä käyttövalmiita ohjelmia samalla tavalla kuin monet kaupalliset paketit ja ilmaiset selainkäyttöliittymät. Toisaalta BioPerl tarjoaa uudelleenkäytettäviä Perl-moduuleja, jotka helpottavat Perl-skriptien kirjoittamista sekvenssien käsittelyyn, tietokantojen käyttämiseen useilla eri tiedostomuodoilla sekä erilaisten molekyylibiologisten ohjelmien ajamiseen ja niiden tulosten jäsentämiseen. Näin ollen BioPerl mahdollistaa sellaisten skriptien kehittämisen, jotka voivat analysoida suuria määriä sekvenssidataa tavoilla, jotka ovat tyypillisesti vaikeita tai mahdottomia selainpohjaisissa järjestelmissä.

BioPerl
- Lisenssi
- Saatavuus
- Käyttö
- Tuki
- Lisätietoja

Lisenssi

BioPerl on vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia.

BioPerl on lisensoitu samoilla ehdoilla kuin Perl itse, joka on kaksoislisensoitu joko Perl Artistic -lisenssin tai GNU GPLv3:n ehtojen mukaisesti.

Saatavuus

Roihu: BioPerl 1.7.8 (moduuli perl-bioperl), bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

BioPerl on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten BioPerl-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load perl-bioperl/1.7.8

Tämän jälkeen voit käynnistää BioPerl-ohjelman komennolla:

perl my_bioperl_code.pl

Vaihtoehtoisesti voit asettaa tulkin skriptisi ensimmäiselle riville seuraavasti:

#!/usr/bin/env perl

tee siitä suoritettava ja aja se suoraan:

chmod +x my_bioperl_code.pl
./my_bioperl_code.pl

Tuki

CSC Service Desk

Lisätietoja

BioPerl-kotisivu