RAxML

RAxML on nopea ohjelma fylogenioiden päättelyyn suurimman uskottavuuden menetelmällä. RAxML tarjoaa useita evoluutiomalleja sekä DNA- että aminohapposekvensseille.

RAxML

Lisenssi

Vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

Puhti: 8.2.12

Käyttö

Nähdäksesi asennetut RAxML-versiot, käytä komentoa:

module spider raxml

Nähdäksesi tietyn version vaatimukset, käytä:

module spider raxml/<version>

esim.:

module spider raxml/8.2.12

Lataa sitten tarvittavat moduulit. Esimerkiksi versiolle 8.2.12:

module load raxml/8.2.12

Mitä versiota kannattaa käyttää?

RAxMLista on saatavilla sarjallinen versio ja kolme erilaista rinnakkaisversiota.

Sarjallinen versio (raxmlHPC) on tarkoitettu pienille ja keskisuurille aineistoille sekä alkuvaiheen kokeisiin sopivien hakuparametrien määrittämiseksi.

PThreads-versio (raxmlHPC-PTHREADS) toimii hyvin erittäin pitkille kohdistuksille. Varmista, että määrität säikeiden määrän -T-valinnalla. Tämän tulee vastata niiden ytimien määrää, joita pyydät eräajon komentosarjassa.

Sopivan säiemäärän valintaan liittyen katso kohta "How many Threads shall I use?" RAxML-käsikirjasta. Liian monen säikeen käyttö voi hidastaa ohjelman toimintaa.

MPI-versio (raxmlHPC-MPI) on tarkoitettu todella suurten tuotantoajojen suorittamiseen (esim. 100 tai 1 000 bootstrapia). Voit myös suorittaa useita päättelyjä rinnakkain suuremmilla datajoukoilla löytääksesi aineistollesi parhaan tunnetun ML-puun. Lisäksi nopea BS-algoritmi ja siihen liittyvä ML-haku on myös rinnakkaistettu MPI:llä.

Nykyinen MPI-versio toimii oikein vain, jos määrität ajokertojen määrän komentorivillä, koska se on suunniteltu tekemään useita päättelyjä tai nopeita/tavallisia BS (bootstrap) -hakuja rinnakkain. Kaikkien muiden valintojen kohdalla tämän tyyppisen karkean rinnakkaisuuden käyttö ei ole kovin mielekästä. Käytä -N-valintaa -#-valinnan sijaan, koska jälkimmäinen voidaan tulkita eräajo-ohjelmistossa kommentin aluksi.

Versioissa 8.2.12 ja uudemmissa on lisäksi hybridi MPI/säikeistetty versio (raxmlHPC-HYBRID).

Versioissa 8.2.12 ja uudemmissa on saatavilla myös AVX-optimoituja binaareja (raxmlHPC-AVX, raxmlHPC-PTHREADS-AVX, raxmlHPC-MPI-AVX, raxmlHPC-HYBRID-AVX). Ne voivat toimia nopeammin kuin optimoimattomat versiot, mutta voivat aiheuttaa ongelmia joillakin aineistoilla. Kokeile ongelmatilanteissa optimoimattomia versioita.

Lisätietoja on luvussa "When to use which Version?" RAxML-käsikirjassa.

Esimerkkieräajokomennot

PThreads-versio PuhdissaMPI-versio Puhdissa

#!/bin/bash
#SBATCH --account=project_1234567
#SBATCH --job-name=raxml_threads
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --mem=8G
#SBATCH --time=10:00:00
#SBATCH --partition=small

module load raxml/8.2.12
raxmlHPC-PTHREADS -T $SLURM_CPUS_PER_TASK -s alg -m GTRGAMMA -p 12345 -n test1

#!/bin/bash
#SBATCH --account=project_1234567
#SBATCH --job-name=raxml_mpi
#SBATCH --ntasks=100
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem-per-cpu=8G
#SBATCH --time=10:00:00
#SBATCH --partition=large

module load raxml/8.2.12
srun raxmlHPC-MPI -N 100 -s cox1.phy -m GTRGAMMAI -p 12345 -n test2