RAxML

RAxML on nopea ohjelma fylogenioiden päättelyyn suurimman uskottavuuden menetelmällä. RAxML tarjoaa useita evoluutiomalleja sekä DNA- että aminohapposekvensseille.

RAxML

Lisenssi

Vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu-CPU: 8.2.12, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

RAxML on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten RAxML-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load raxml/8.2.12

Asennetut RAxML-versiot näet komennolla:

module spider raxml

Mitä versiota kannattaa käyttää?

RAxML on asennettu sarja- ja MPI-versioina, joista kummastakin on saatavilla geneeriset sekä SSE3- ja AVX-optimoidut binaarit: raxmlHPC, raxmlHPC-SSE3, raxmlHPC-AVX, raxmlHPC-MPI, raxmlHPC-MPI-SSE3 ja raxmlHPC-MPI-AVX.

Sarjaversio (raxmlHPC) on tarkoitettu pienille ja keskisuurille aineistoille sekä alkuvaiheen kokeisiin sopivien hakuparametrien määrittämiseksi.

MPI-versio (raxmlHPC-MPI) on tarkoitettu todella suurten tuotantoajojen suorittamiseen (esim. 100 tai 1 000 bootstrapia). Sillä voi myös suorittaa useita päättelyajoja rinnakkain suuremmille aineistoille, jotta aineistolle löydetään paras tunnettu ML-puu. Lisäksi nopea BS-algoritmi ja siihen liittyvä ML-haku on rinnakkaistettu MPI:llä.

Nykyinen MPI-versio toimii oikein vain, jos määrität ajokertojen määrän komentorivillä, koska se on suunniteltu useiden päättelyjen tai nopeiden/tavallisten BS (bootstrap) -hakujen rinnakkaiseen suorittamiseen. Kaikissa muissa valinnoissa tämän tyyppisen karkean rinnakkaisuuden käyttö ei ole kovin mielekästä. Käytä -N-valitsinta -#-valitsimen sijaan, koska jälkimmäinen voidaan tulkita eräajojärjestelmässä kommentin aluksi.

AVX-optimoidut binaarit (raxmlHPC-AVX, raxmlHPC-MPI-AVX) voivat toimia nopeammin kuin optimoimattomat versiot, mutta ne voivat aiheuttaa ongelmia joillakin aineistoilla. Jos ongelmia ilmenee, kokeile optimoimatonta tai SSE3-optimoitua versiota.

Lisätietoja on luvussa "When to use which Version?" RAxML-käsikirjassa.

Esimerkkieräajoskriptit

SarjaversioMPI-versio

#!/bin/bash
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --job-name=raxml_serial
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=10:00:00
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem=8G

module load bio-apps/v202603
module load raxml/8.2.12

raxmlHPC-AVX -s alg -m GTRGAMMA -p 12345 -n test1

#!/bin/bash
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --job-name=raxml_mpi
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=10:00:00
#SBATCH --ntasks=100
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem-per-cpu=2G

module load bio-apps/v202603
module load raxml/8.2.12

srun raxmlHPC-MPI-AVX -N 100 -s cox1.phy -m GTRGAMMAI -p 12345 -n test2

Yllä oleva MPI-esimerkki suorittaa 100 rankia yhden solmun small-osiolla. Suurempiin, usean solmun ajoihin voit käyttää large-osiota, joka edellyttää hyväksytysti suoritettua skaalautuvuustestiä.

Tuki

CSC:n asiakastuki