ANGSD

ANGSD (Analysis of Next Generation Sequencing Data) on ohjelma NGS-datan analysointiin. Se voi arvioida monia yhteenvetotilastoja ja tehdä populaatiogeneettisiä analyysejä suoraan genotyyppitodennäköisyyksistä, mikä tekee siitä hyvin soveltuvan matalan peiton sekvensointidatalle. Se lukee BAM/CRAM-kohdistuksia ja muita yleisiä tiedostomuotoja.

ANGSD

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu: 0.940, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

ANGSD on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten ANGSD-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load angsd/0.940

ANGSD:tä ajetaan angsd-komennolla. Esimerkiksi genotyyppitodennäköisyyksien laskemiseen joukolle BAM-tiedostoja, jotka on lueteltu tiedostossa bam.filelist:

angsd -bam bam.filelist -GL 1 -doGlf 2 -doMajorMinor 1 -SNP_pval 1e-6 -out results

ANGSD voi käyttää useita säikeitä -nThreads-valinnalla.

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=angsd
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=08:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --mem-per-cpu=4G

module load bio-apps/v202603
module load angsd/0.940

angsd -bam bam.filelist -GL 1 -doGlf 2 -doMajorMinor 1 -SNP_pval 1e-6 -nThreads $SLURM_CPUS_PER_TASK -out results

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta sivulta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki