Jellyfish
JELLYFISH on työkalu DNA:n k-merien nopeaan ja muistitehokkaaseen laskentaan. Se voi laskea k-merit muistissa olevan hajautustaulun avulla, ja sitä käytetään yleisesti genomin koon arviointiin sekä muihin k-mer-pohjaisiin analyyseihin.
Lisenssi
Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.
Saatavuus
- Roihu: 2.2.7,
bio-apps-moduulin kautta.
Käyttö
Jellyfish on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten Jellyfish-moduuli:
Laske k-merit (tässä 21-merit) ja luo histogrammi:
jellyfish count -m 21 -s 100M -t 8 -C reads.fasta -o mer_counts.jf
jellyfish histo mer_counts.jf > mer_counts.histo
Esimerkkieräajokomentosarja
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=jellyfish
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=4G
module load bio-apps/v202603
module load jellyfish/2.2.7
jellyfish count -m 21 -s 100M -t $SLURM_CPUS_PER_TASK -C reads.fasta -o mer_counts.jf
Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).
Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta kohdasta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.