SeqKit

SeqKit on monialustainen ja erittäin nopea työkalupakki FASTA/Q-tiedostojen käsittelyyn. Se tarjoaa laajan valikoiman alikomentoja yleisiin sekvenssioperaatioihin, kuten tilastointiin, hakuun, suodatukseen, osajoukkojen poimintaan ja tiedostomuodon muuntamiseen.

SeqKit

Lisenssi

Vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia MIT-lisenssillä.

Saatavuus

Roihu-CPU: 2.10.0, 2.13.0, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

SeqKit on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten SeqKit-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load seqkit/2.13.0

SeqKitiä käytetään seqkit-komennolla, jota seuraa alikomento. Esimerkiksi yhteenvedon tilastotietojen tulostamiseen FASTA-tiedostojoukolle:

seqkit stats *.fasta

tai sekvenssien suodattamiseen vähimmäispituuden perusteella:

seqkit seq -m 1000 input.fasta > long_sequences.fasta

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=seqkit
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=01:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --mem-per-cpu=2G

module load bio-apps/v202603
module load seqkit/2.13.0

seqkit stats -j $SLURM_CPUS_PER_TASK *.fasta

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta kohdasta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki