MAFFT

MAFFT on monisekvenssikohdistusohjelma Unix-tyyppisille käyttöjärjestelmille. Se tarjoaa joukon kohdistusstrategioita nopeista progressiivisista menetelmistä suurille sekvenssimäärille tarkkoihin iteratiivisiin hienosäätömenetelmiin pienemmille aineistoille.

• MAFFT
  • Lisenssi
  • Saatavuus
  • Käyttö
    • Esimerkkieräajokomentosarja
  • Tuki
  • Lisätietoja

Lisenssi

Vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia BSD-lisenssillä.

Saatavuus

• Roihu: 7.525, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

MAFFT on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten MAFFT-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load mafft/7.525

Perusmuotoinen automaattinen kohdistus (MAFFT valitsee strategian datan koon perusteella):

mafft --auto --thread 8 input.fasta > aligned.fasta

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=mafft
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=2G

module load bio-apps/v202603
module load mafft/7.525

mafft --auto --thread $SLURM_CPUS_PER_TASK input.fasta > aligned.fasta

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta kohdasta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki

Lisätietoja

• MAFFT:n kotisivu

Onko tämä sivu hyödyllinen?

Kyllä

Kiitos palautteestasi!

Ei

Kiitos! Arvostamme palautettasi.

Kerro meille miten voisimme parantaa tätä sivua ottamalla meihin yhteyttä .