MAFFT
MAFFT on monisekvenssikohdistusohjelma Unix-tyyppisille käyttöjärjestelmille. Se tarjoaa joukon kohdistusstrategioita nopeista progressiivisista menetelmistä suurille sekvenssimäärille tarkkoihin iteratiivisiin hienosäätömenetelmiin pienemmille aineistoille.
Lisenssi
Vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia BSD-lisenssillä.
Saatavuus
- Roihu: 7.525,
bio-apps-moduulin kautta.
Käyttö
MAFFT on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten MAFFT-moduuli:
Perusmuotoinen automaattinen kohdistus (MAFFT valitsee strategian datan koon perusteella):
Esimerkkieräajokomentosarja
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=mafft
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=2G
module load bio-apps/v202603
module load mafft/7.525
mafft --auto --thread $SLURM_CPUS_PER_TASK input.fasta > aligned.fasta
Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).
Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta kohdasta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.