Hyppää sisältöön

Docs CSC now features an automatic Finnish translation. Click here for more information.

Warning!

Puhti and Mahti are being decommissioned in stages, and their storage areas will become fully unavailable from 15 October 2026. Clean up unnecessary files and move any data you need to keep by 31 August 2026. See the Roihu data migration guide for instructions on transferring your data to Roihu.

Puhti scratch is very full: keep only active data there and move or delete everything else. No new Puhti scratch quota will be granted.

Python-geo

Python-geo on kokoelma Python-paketteja, jotka helpottavat Python-skriptien kehittämistä geoinformatiikan sovelluksiin. Se sisältää seuraavat Python-paketit:

Lisäksi python-geo sisältää:

Pythonissa on useita paketteja rinnakkaislaskentaan, esimerkiksi multiprocessing, joblib ja dask. Puhdin Python-esimerkeissämme on esimerkkejä siitä, miten näitä eri rinnakkaistamiskirjastoja voidaan hyödyntää.

Jos mielestäsi jokin tärkeä Pythonin GIS-paketti puuttuu tästä, voit pyytää sen asennusta CSC:n asiakastuesta.

Saatavuus

python-geo-moduuli on saatavilla:

  • 3.14.3 (Python 3.14.3, PDAL 2.10.0, GDAL 3.12.2, luotu huhtikuussa 2026), Roihu-CPU:ssa

Versionumero on sama kuin Pythonin versio.

Puhdissa, Mahdissa ja LUMIssa python-geon nimi on geoconda

Käyttö

Yllä lueteltujen Python-pakettien ja muiden työkalujen käyttöä varten voit alustaa ne komennolla:

module load python-geo

Oletuksena ladataan uusin python-geo-moduuli. Jos haluat tietyn version, voit määrittää python-geon versionumeron:

module load python-geo/[VERSION]

Ladatun moduulin sisältämien tarkkojen pakettien ja versioiden tarkistamiseen:

list-packages

Voit lisätä lisää Python-paketteja python-geo-moduuliin noudattamalla ohjeita Pythonin käyttöoppaassamme.

Voit muokata Python-koodiasi selainkäyttöliittymässä tai LUMIn selainkäyttöliittymässä:

r5py:n muistiasetukset

r5py ei oletusarvoisesti ymmärrä oikein, kuinka paljon muistia sillä on käytettävissä supertietokoneessa, joten se täytyy määrittää käsin. Se käyttää taustalla Javaa, joten lisää ympäristömuuttuja asettamaan Javalle käytettävissä oleva enimmäismuisti:

  • export _JAVA_OPTIONS="-Xmx4g" komentoriviltä ennen Pythonin käynnistämistä TAI
  • os.environ["_JAVA_OPTIONS"] = "-Xmx4g" Python-koodisi alkuun.

Google Earth Engine -todennuksen määritys

Google Earth Engine (GEE) API:n käyttöön earthengine-api-paketin kanssa tarvitaan GEE-tili ja projekti. Ennen ensimmäistä käyttökertaa määritä myös GEE-todennus:

module load python-geo allas
earthengine authenticate --quiet

Tämä tulostaa pitkän linkin ja pyytää koodia. Kopioi linkki paikallisen kannettavasi selainohjelmaan. Noudata verkkosivun ohjeita ja kopioi lopuksi luotu koodi takaisin terminaaliin.

Allaksen tai LUMI-O:n käyttö Pythonista

Python-geoon on asennettu kaksi Python-kirjastoa, jotka voivat olla vuorovaikutuksessa Allaksen tai LUMI-O:n kanssa. Swiftclient käyttää swift-protokollaa ja boto3 käyttää S3-protokollaa. Löydät CSC:n esimerkkejä molempien käytöstä täältä.

On myös mahdollista lukea ja kirjoittaa tiedostoja Allaksesta ja Altaaseen tai muuhun pilviobjektitallennukseen suoraan GDAL-pohjaisilla paketeilla, kuten geopandas ja rasterio. Katso ohjeet ja esimerkit Paikkatiedostojen käyttö suoraan pilvestä, ml. Allas -oppaastamme.

Suurten rasteridatamäärien kanssa kannattaa harkita virtuaalirasterien käyttöä.

Lisenssi

Kaikki paketit on lisensoitu erilaisilla vapailla ja avoimen lähdekoodin lisensseillä (FOSS), katso tarkat tiedot yllä linkitetyiltä sivuilta.

Viittaus

Katso viittaustiedot pakettikohtaisesti yllä linkitetyiltä pakettisivuilta.

Kiitokset

Mainitse CSC ja Geoportti julkaisuissasi; tämä on tärkeää projektin jatkuvuuden ja rahoitusraporttien kannalta. Voit kirjoittaa esimerkiksi: "The authors wish to thank CSC - IT Center for Science, Finland (urn:nbn:fi:research-infras-2016072531) and the Open Geospatial Information Infrastructure for Research (Geoportti, urn:nbn:fi:research-infras-2016072513) for computational resources and support".

Asennus

Python-geo asennettiin Roihuun käyttäen Tykkyn conda-containerize-toiminnallisuutta. LUMIssa geoconda asennettiin käyttäen LUMI container wrapperia. Työkalujen toiminnallisuus on lähes identtinen, mutta --post-valinta on --post-install LUMI container wrapperissa. WhiteboxToolsin conda-paketti asentaa vain WhiteboxToolsin asennustyökalun, joten Whiteboxtoolsin asianmukaiseen asennukseen tarvittiin lisäksi asennuksen jälkeinen komento ja kansio komentorivityökalujen käärimiseen.

conda-containerize new --mamba \
  --prefix install_dir --post download_wbt \
  -w miniconda/envs/env1/lib/python3.11/site-packages/whitebox/WBT/whitebox_tools \
  python-geo_3.11.10.yml

Python-geon conda-ympäristötiedostot sekä WhiteboxToolsille tarvittavat download_wbt ja start_wbt.py ovat saatavilla CSC:n geolaskennan repositoriossa. Huomaa, että toistettavuuden vuoksi sinun täytyy määrittää pakettiversiot ympäristötiedostossa, ja ne voidaan tarkistaa list-packages-komennolla python-geo-moduulin lataamisen jälkeen.

Viitteet

Suomenkielinen tekoälykäännös

Sisällössä voi esiintyä virheellistä tietoa tekoälykäännöksestä johtuen.

Klikkaa tästä antaaksesi palautetta

Ymmärrän.