Hyppää sisältöön

Docs CSC now features an automatic Finnish translation. Click here for more information.

Warning!

Puhti and Mahti are being decommissioned in stages, and their storage areas will become fully unavailable from 15 October 2026. Clean up unnecessary files and move any data you need to keep by 31 August 2026. See the Roihu data migration guide for instructions on transferring your data to Roihu.

Puhti computing services have been decommissioned and no new jobs are accepted or executed on its compute nodes. Puhti login nodes and storage services are planned to remain available until 15 October 2026.

Python-geo

Python-geo on kokoelma Python-paketteja, jotka helpottavat Python-skriptien kehittämistä geoinformatiikan sovelluksiin. Se sisältää seuraavat Python-paketit:

Lisäksi python-geo sisältää:

Pythonissa on useita paketteja rinnakkaislaskentaan, esimerkiksi multiprocessing, joblib ja dask. Puhdin Python-esimerkeissämme on esimerkkejä siitä, miten näitä eri rinnakkaistamiskirjastoja voidaan hyödyntää.

Jos mielestäsi jokin tärkeä Pythonin GIS-paketti puuttuu tästä, voit pyytää sen asennusta CSC:n Service Deskiltä.

Saatavuus

python-geo-moduuli on saatavilla:

  • 3.14.3 (Python 3.14.3, PDAL 2.10.0, GDAL 3.12.2, luotu huhtikuussa 2026), Roihu-CPU:ssa

Versionumero on sama kuin Pythonin versio.

Puhdissa, Mahdissa ja LUMIssa python-geon nimi on geoconda

Käyttö

Yllä lueteltujen Python-pakettien ja muiden työkalujen käyttöä varten voit alustaa ne komennolla:

module load python-geo

Oletuksena ladataan uusin python-geo-moduuli. Jos haluat tietyn version, voit määrittää python-geon versionumeron:

module load python-geo/[VERSION]

Voit tarkistaa ladattuun moduuliin sisältyvät tarkat paketit ja versiot komennolla:

list-packages

Voit lisätä python-geo-moduuliin lisää Python-paketteja noudattamalla Pythonin käyttöoppaan ohjeita.

Voit muokata Python-koodiasi selainkäyttöliittymässä tai LUMIn selainkäyttöliittymässä:

r5py:n muistiasetukset

r5py ei oletusarvoisesti ymmärrä oikein, kuinka paljon muistia sillä on käytettävissä supertietokoneessa, joten se täytyy määrittää käsin. Se käyttää taustalla Javaa, joten lisää ympäristömuuttuja asettaaksesi Javalle käytettävissä olevan enimmäismuistin:

  • export _JAVA_OPTIONS="-Xmx4g" komentorivillä ennen Pythonin käynnistämistä TAI
  • os.environ["_JAVA_OPTIONS"] = "-Xmx4g" Python-koodisi alkuun.

Google Earth Engine -tunnistautumisen määritys

Google Earth Engine (GEE) API:n käyttöön earthengine-api-paketilla tarvitaan GEE-tili ja projekti. Ennen ensimmäistä käyttökertaa määritä myös GEE-tunnistautuminen:

module load python-geo allas
earthengine authenticate --quiet

Tämä tulostaa pitkän linkin ja pyytää koodia. Kopioi linkki paikallisen kannettavasi selainohjelmaan. Seuraa verkkosivun ohjeita ja kopioi lopuksi luotu koodi takaisin terminaaliin.

Altaan tai LUMI-O:n käyttö Pythonista

Python-geoon on asennettu kaksi Python-kirjastoa, jotka voivat olla yhteydessä Altaaseen tai LUMI-O:hon. Swiftclient käyttää swift-protokollaa ja boto3 käyttää S3-protokollaa. Löydät CSC:n esimerkkejä molempien käytöstä täältä.

On myös mahdollista lukea ja kirjoittaa tiedostoja Altaasta tai muusta pilvipohjaisesta objektitallennuksesta suoraan GDAL-pohjaisilla paketeilla, kuten geopandas ja rasterio. Katso ohjeet ja esimerkit Paikkatiedostojen käyttö suoraan pilvestä, mukaan lukien Allas -oppaastamme.

Suurten rasteridatamäärien kanssa kannattaa harkita virtuaalirasterien käyttöä.

Paikkatietoaineistot CSC:n laskentaympäristössä

Roihussa on satoja suomalaisia paikkatietoaineistoja saatavilla paikallisesti, lisäksi niitä on lisää Altaassa ja cPoudassa. Lisätietoja löytyy sivulta Paikkatietodata CSC:n laskentaympäristössä

Lisenssi

Kaikki paketit on lisensoitu erilaisilla vapailla ja avoimen lähdekoodin lisensseillä (FOSS), katso tarkat tiedot yllä linkitetyiltä sivuilta.

Viittaus

Katso viittaustiedot pakettikohtaisesti yllä linkitetyiltä pakettisivuilta.

Kiitokset

Mainitse julkaisuissasi CSC ja Geoportti; tämä on tärkeää projektin jatkuvuuden ja rahoitusraportoinnin kannalta. Voit kirjoittaa esimerkiksi: "The authors wish to thank CSC - IT Center for Science, Finland (urn:nbn:fi:research-infras-2016072531) and the Open Geospatial Information Infrastructure for Research (Geoportti, urn:nbn:fi:research-infras-2016072513) for computational resources and support".

Asennus

Python-geo asennettiin Roihuun käyttäen Tykkyn conda-containerize-toiminnallisuutta. LUMIssa geoconda asennettiin käyttäen LUMI container wrapperia. Työkalujen toiminnallisuus on lähes identtinen, mutta --post-valitsin on LUMI container wrapperissa --post-install. WhiteboxToolsin conda-paketti asentaa vain WhiteboxToolsin asennustyökalun, joten Whiteboxtoolsin asianmukainen asennus vaati lisäksi asennuksen jälkeisen komennon ja kansion komentorivityökalujen käärimiseen.

conda-containerize new --mamba \
  --prefix install_dir --post download_wbt \
  -w miniconda/envs/env1/lib/python3.11/site-packages/whitebox/WBT/whitebox_tools \
  python-geo_3.11.10.yml

Python-geon conda-ympäristötiedostot sekä WhiteboxToolsille tarvittavat download_wbt ja start_wbt.py ovat saatavilla CSC:n geolaskennan repositoriossa. Huomaa, että toistettavuuden varmistamiseksi sinun tulee määrittää pakettiversiot ympäristötiedostossa; ne voi tarkistaa list-packages-komennolla python-geo-moduulin lataamisen jälkeen.

Viitteet

Suomenkielinen tekoälykäännös

Sisällössä voi esiintyä virheellistä tietoa tekoälykäännöksestä johtuen.

Klikkaa tästä antaaksesi palautetta

Ymmärrän.