Esimerkkieräajokomennostot Puhdissa
Esimerkkieräajokomentosarjoja erityyppisten sovellusten/ohjelmien ajamiseen Puhdissa.
Muokkaa paikkamerkkejä tarpeen mukaan
Kun käytät näitä komentojonoja, muista muuttaa resurssit (ajoaika, tehtävät,
jne.) tarpeitasi vastaaviksi ja korvata myprog <options> sen ohjelman
suoritettavalla tiedostolla (ja valinnoilla), jota aiot ajaa. Muista myös
korvata <project> laskutusprojektisi nimellä (katso
MyCSC tai csc-projects-komento).
Sarjatyö
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=example
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --mem-per-cpu=4000
srun myprog <options>
OpenMP
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=example
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=6
#SBATCH --mem-per-cpu=4000
# set the number of threads based on --cpus-per-task
export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK
srun myprog <options>
MPI
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=example
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --ntasks=40
#SBATCH --mem-per-cpu=4000
srun myprog <options>
Suuri MPI-ajo
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=example
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --partition=large
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --nodes=8
#SBATCH --ntasks-per-node=40
#SBATCH --mem-per-cpu=4000
srun myprog <options>
MPI + OpenMP
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=example
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --partition=large
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --ntasks=8
#SBATCH --cpus-per-task=10
#SBATCH --mem-per-cpu=4000
# set the number of threads based on --cpus-per-task
export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK
srun myprog <options>
Yksi GPU
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=example
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --partition=gpu
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=10
#SBATCH --mem-per-cpu=8000
#SBATCH --gres=gpu:v100:1
srun myprog <options>
Useita GPU:ita
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=example
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --partition=gpu
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --ntasks=4
#SBATCH --cpus-per-task=10
#SBATCH --mem-per-cpu=8000
#SBATCH --gres=gpu:v100:4
srun myprog <options>
Interaktiivinen ajo X11-grafiikalla
Anna tämä suoraan komentorivillä eräajokomentosarjan ja sbatch-komennon
käytön sijaan. Huomaa, että koska voit joutua jonottamaan, on kätevää pyytää
sähköposti-ilmoitus, kun resurssit on myönnetty (--mail-type=BEGIN).
srun --ntasks=1 --time=00:10:00 --mem=1G --x11=first --pty \
--account=<project> --partition=small --mail-type=BEGIN \
myprog
Katso myös Interaktiivinen käyttö.
Paikallinen tallennustila
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=example
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --mem-per-cpu=4000
#SBATCH --gres=nvme:10
# access the local storage using $LOCAL_SCRATCH environment variable, e.g.
cd $LOCAL_SCRATCH
srun myprog <options>
# move important data to the directory from which the job was submitted, e.g.
mv mydata $SLURM_SUBMIT_DIR
Muista palauttaa datasi
Paikallinen tallennustila tyhjennetään jokaisen eräajon jälkeen. Muista
siirtää säilytettävä data paikalliselta levyltä takaisin jaetulle
levyalueelle (esim. /scratch).