Esimerkkieräajokomennostot Puhdissa

Esimerkkieräajokomentosarjoja erityyppisten sovellusten/ohjelmien ajamiseen Puhdissa.

Puhti computing services have been retired

Puhti computing services have been retired and no new jobs are accepted or executed on its compute nodes. Any jobs sent through Slurm will be stuck in a pending state.

Puhti login nodes and storage services are planned to remain available until 15 October 2026.

Esimerkkieräajokomennostot Puhdissa

Muokkaa paikkamerkkejä tarpeen mukaan

Kun käytät näitä komentosarjoja, muista muuttaa resurssit (ajoaika, tehtävät, jne.) tarpeitasi vastaaviksi ja korvata myprog <options> sen ohjelman suoritettavalla tiedostolla (ja valinnoilla), jota aiot ajaa. Muista myös korvata <project> laskutusprojektisi nimellä (katso MyCSC tai csc-projects-komento).

Sarjallinen

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=example
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --mem-per-cpu=4000

srun myprog <options>

OpenMP

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=example
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=6
#SBATCH --mem-per-cpu=4000

# set the number of threads based on --cpus-per-task
export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK

srun myprog <options>

MPI

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=example
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --ntasks=40
#SBATCH --mem-per-cpu=4000

srun myprog <options>

Suuri MPI

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=example
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --partition=large
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --nodes=8
#SBATCH --ntasks-per-node=40
#SBATCH --mem-per-cpu=4000

srun myprog <options>

MPI + OpenMP

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=example
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --partition=large
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --ntasks=8
#SBATCH --cpus-per-task=10
#SBATCH --mem-per-cpu=4000

# set the number of threads based on --cpus-per-task
export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK

srun myprog <options>

Yksi GPU

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=example
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --partition=gpu
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=10
#SBATCH --mem-per-cpu=8000
#SBATCH --gres=gpu:v100:1

srun myprog <options>

Useita GPU:ita

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=example
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --partition=gpu
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --ntasks=4
#SBATCH --cpus-per-task=10
#SBATCH --mem-per-cpu=8000
#SBATCH --gres=gpu:v100:4

srun myprog <options>

Interaktiivinen ajo X11-grafiikalla

Anna tämä suoraan komentorivillä eräajokomentosarjan ja sbatch-komennon käytön sijaan. Huomaa, että koska saatat joutua jonottamaan, on kätevää pyytää sähköposti-ilmoitus, kun resurssit on myönnetty (--mail-type=BEGIN).

srun --ntasks=1 --time=00:10:00 --mem=1G --x11=first --pty \
     --account=<project> --partition=small --mail-type=BEGIN \
     myprog

Katso myös Interaktiivinen käyttö.

Paikallinen tallennustila

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=example
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --mem-per-cpu=4000
#SBATCH --gres=nvme:10

# access the local storage using $LOCAL_SCRATCH environment variable, e.g.
cd $LOCAL_SCRATCH

srun myprog <options>

# move important data to the directory from which the job was submitted, e.g.
mv mydata $SLURM_SUBMIT_DIR

Muista palauttaa datasi

Paikallinen tallennustila tyhjennetään jokaisen eräajon jälkeen. Muista siirtää säilytettäväksi haluamasi data paikalliselta levyltä takaisin jaetulle levyalueelle (esim. /scratch).