MaxQuant-ohjelmiston ajaminen Puhti-supertietokoneella
MaxQuant on kvantitatiivisen proteomiikan ohjelmistopaketti, joka on suunniteltu suurten massaspektrometristen datajoukkojen analysointiin. Suorituskykyinen laskentaympäristö, kuten Puhti, on sopiva paikka laskennallisesti raskaiden MaxQuant-ajojen suorittamiseen proteomiikan tutkimuksessa.
MaxQuant on maksutta käytettävissä, mutta jokaisen käyttäjän täytyy rekisteröityä ja ladata MaxQuant itse kehittäjän sivustolta.
Tämä ohje tarjoaa ohjeet MaxQuant-ohjelmiston ajamiseen Puhdissa.
Parametritiedoston määrittäminen
Vaikka aiot ajaa MaxQuant-putken Puhdissa,
sinun täytyy ensin määrittää MaxQuant-työsi eri parametrit paikallisella Windows-koneellasi. Tämän jälkeen lataa parametritiedosto
(ts. mqpar.xml), raakadata-aineistot (ts. .raw-tiedostot) ja sekvenssitiedosto
(ts. .fasta-tiedosto) Puhdin laskentaympäristöön.
XML-määritystiedoston muokkaaminen
Sinun täytyy tehdä joitakin muutoksia parametritiedostoon (mqpar.xml), joka on esimerkiksi luotu paikallisella Windows-koneella, jotta se toimii HPC-ympäristössä.
Näihin muutoksiin kuuluvat muutokset seuraaviin kohtiin:
- Windows-polut Linux-poluiksi näytetiedostoille (vinkki: etsi XML-tiedostosta
<filePaths>) - Windows-polku Linux-poluksi fasta-sekvenssitiedostolle (vinkki: etsi XML-tiedostosta
<fastaFilePath>) - Säikeiden määrä näytteiden lukumäärän mukaan (vinkki: etsi XML-tiedostosta
<numThreads>)
Erätyön lähettäminen Puhti-klusteriin
-
Kirjaudu ensin Puhti-koneelle (katso ohjeet täältä)
-
Siirry projektihakemistoosi Puhdissa ja kopioi syötetiedostosi sinne (vinkkejä tiedostojen siirtämiseen).
Tämä on projektihakemistosi (scratch-alueella), jossa .xml-tiedostosi, .fasta-tiedosto ja raakadatatiedostot sijaitsevat.
- Opi ottamaan MaxQuant-ympäristö käyttöön
MaxQuant-ohjelmisto tarvitsee itse asiassa myös mono-ohjelmiston voidakseen toimia.
Mono-ohjelmiston avulla voit valita käyttämäsi MaxQuant-version.
CSC tarjoaa moduulin monolle.
Lataa Linux-yhteensopiva MaxQuant-versiosi (esim. v2.0.3.0)
scratch-hakemistoosi Puhdissa ja suorita seuraava komento varmistaaksesi, että MaxQuant on asennettu oikein:
Huomaa, että hakemiston nimessä on välilyönti, joten sinun täytyy joko suojata se kenoviivalla () tai ympäröidä polku lainausmerkeillä. Käytön helpottamiseksi voit halutessasi nimetä hakemiston uudelleen niin, että siinä on esimerkiksi alaviiva välilyönnin sijasta.
Note
Huomaa, että .xml-parametrimääritystiedoston luomiseen käyttämäsi MaxQuant-versio
täytyy olla sama kuin Linux-ympäristössä käyttämäsi versio,
jotta ajo toimii sujuvasti klusteriympäristössä. Myös muut uusimmat versiot voivat toimia.
- Lähetä lopuksi skriptisi
Luo eräajon skripti jaetun muistin töiden ohjeiden mukaisesti
ja varmista, että skripti sijaitsee samassa hakemistossa kuin mqpar.xml
sekä muut datatiedostot.
Eräajon skriptin kirjoittamisen helpottamiseksi voit käyttää seuraavaa
minimaalista esimerkkiskriptiä (nimeltään esimerkiksi maxquant.sh) lähtökohtana:
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=maxquant
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --account=project_xxx
#SBATCH --time=01:20:00
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --cpus-per-task=6
#SBATCH --mem=16000
# load maxquant environment
module load mono/5.14
# adjust file paths here
mono /path_of_MaxQuant/bin/MaxQuantCmd.exe /path/MaxQuant/mqpar.xml
ja muokkaa sitten resurssivarauksia näytteiden määrän mukaan. Lähetä skriptisi seuraavasti:
Kun maxquant-työ on valmis, tulostiedostosi löytyvät samasta hakemistosta.
Ohje-esimerkki
Voit ladata MaxQuantin ajamiseen tarkoitetun ohje-esimerkkidatan seuraavasti:
ja pura ladattu arkistotiedosto seuraavasti:
Ohje-esimerkki sisältää esimerkkiraakatiedostoja ja muut tarvittavat tiedostot MaxQuantin testiajoa varten.
Käytettyjen resurssien tarkastelu työn valmistuttua
Kun maxquant-työ on valmis, voit tarkistaa laskentaresurssien käytön,
kuten muistin ja CPU-käytön tehokkuuden.
Tämä auttaa sinua säätämään parempia parametreja laskentaresurssien tehokkaaseen käyttöön.
Voit käyttää seuraavia komentoja työn tunnisteella: