MaxQuant-ohjelmiston ajaminen Puhti-supertietokoneella
MaxQuant on kvantitatiivisen proteomiikan ohjelmistopaketti, joka on suunniteltu suurten massaspektrometristen datajoukkojen analysointiin. Suorituskykyinen laskentaympäristö, kuten Puhti, on sopiva paikka laskennallisesti raskaiden töiden ajamiseen MaxQuant-ohjelmistolla proteomiikan tutkimuksessa.
MaxQuant on ilmainen käyttää, mutta jokaisen käyttäjän täytyy rekisteröityä ja ladata MaxQuant itse kehittäjän sivustolta.
Tämä ohje antaa ohjeet MaxQuant-ohjelmiston ajamiseen Puhdissa.
Parametritiedoston määrittäminen
Vaikka aiot ajaa MaxQuant-työvuo'n Puhdissa,
sinun täytyy ensin määrittää MaxQuant-työsi eri parametrit
paikallisella Windows-koneellasi. Sen jälkeen lataa parametritiedosto
(ts. mqpar.xml), raakadata-aineistot (ts. .raw-tiedostot) ja sekvenssi-
tiedosto (ts. .fasta-tiedosto) Puhtin laskentaympäristöön.
XML-määritystiedoston muokkaaminen
Sinun täytyy tehdä joitakin muutoksia parametritiedostoon (mqpar.xml), joka on esimerkiksi luotu paikallisella Windows-koneella, jotta se toimii HPC-ympäristössä.
Näihin muutoksiin kuuluvat muutokset seuraaviin:
- Windows-polut Linux-poluiksi näytetiedostoille (vinkki: etsi XML-tiedostosta
<filePaths>) - Windows-polku Linux-poluksi fasta-sekvenssitiedostolle (vinkki: etsi XML-tiedostosta
<fastaFilePath>) - Säikeiden määrä näytteiden lukumäärän mukaan (vinkki: etsi XML-tiedostosta
<numThreads>)
Lähettäminen eräajona Puhti-klusteriin
-
Kirjaudu ensin Puhti-tietokoneelle (katso ohjeet täältä)
-
Siirry projektihakemistoosi Puhdissa ja kopioi syötetiedostosi sinne (vinkkejä tiedostojen siirtämiseen).
Tämä on projektihakemistosi (scratch-alueella), jossa .xml-tiedostosi, .fasta-tiedosto ja raakadatatiedostot sijaitsevat
- Opi ottamaan MaxQuant-ympäristö käyttöön
MaxQuant-ohjelmisto tarvitsee itse asiassa myös mono-ohjelmiston voidakseen toimia.
Mono-ohjelmiston avulla voit valita käyttämäsi MaxQuantin version.
CSC tarjoaa moduulin monolle.
Lataa Linux-yhteensopiva MaxQuant-versiosi (esim. v2.0.3.0)
scratch-hakemistoosi Puhdissa ja suorita seuraava komento varmistaaksesi, että MaxQuant on asennettu oikein:
Huomaa, että hakemiston nimessä on välilyönti, joten sinun täytyy joko suojata se kenoviivalla () tai laittaa polku lainausmerkkeihin. Käytön helpottamiseksi voit halutessasi nimetä hakemiston uudelleen niin, että siinä on esimerkiksi alaviiva välilyönnin sijasta.
Note
Huomaa, että sen MaxQuant-version, jota käytit .xml-parametri-
määritystiedoston luomiseen, täytyy vastata versiota, jota käytät Linux-ympäristössä,
jotta ajo klusteriympäristössä sujuu ongelmitta. Muut uusimmat versiot voivat myös toimia.
- Lähetä lopuksi skriptisi
Luo eräajoskripti jaetun muistin töiden ohjeiden mukaisesti
ja varmista, että skripti päätyy samaan hakemistoon kuin mqpar.xml-
tiedostosi ja muut datatiedostot sijaitsevat.
Eräajoskriptin kirjoittamisen helpottamiseksi voit käyttää seuraavaa
minimaalista esimerkkiskriptiä (nimeltään vaikkapa maxquant.sh) lähtökohtana:
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=maxquant
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --account=project_xxx
#SBATCH --time=01:20:00
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --cpus-per-task=6
#SBATCH --mem=16000
# load maxquant environment
module load mono/5.14
# adjust file paths here
mono /path_of_MaxQuant/bin/MaxQuantCmd.exe /path/MaxQuant/mqpar.xml
ja muokkaa sitten resurssivarauksia näytteiden määrän mukaan. Lähetä skriptisi seuraavasti:
Kun maxquant-työ on valmis, tulostiedostosi ovat tässä samassa hakemistossa.
Ohje-esimerkki
Voit ladata esimerkkiaineiston MaxQuantin ajamiseen seuraavasti:
ja pura sitten ladattu arkistotiedosto seuraavasti:
Ohjeessa on esimerkkiraakatiedostoja ja muita tarvittavia tiedostoja MaxQuantin testaamiseen.
Käytettyjen resurssien tarkastelu työn valmistuttua
Kun maxquant-työ on valmis, voit tarkistaa laskentaresurssien käytön,
kuten muistin ja CPU-käytön tehokkuuden.
Tämä auttaa sinua säätämään parempia parametreja laskentaresurssien tehokkaaseen käyttöön.
Voit käyttää seuraavia komentoja työn tunnisteella: