Stacks
Stacks on ohjelmistotyövuo lokusten muodostamiseen lyhytlukusekvensseistä, kuten niistä, jotka on tuotettu Illumina-alustalla. Stacks kehitettiin toimimaan restriktioentsyymipohjaisen datan, kuten RAD-seq-datan, kanssa geneettisten karttojen rakentamista sekä populaatiogenomiikan ja fylogeografian tutkimusta varten.
Lisenssi
Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.
Saatavuus
- Puhti: 2.62, 2.65
Käyttö
Stacks-paketin komentorivityökalut on asennettu Puhdissa. Ottaaksesi käyttöön uusimman Stacks-ympäristön Puhdissa, suorita komento:
Tämän jälkeen voit käynnistää Stacks-komentoja, kuten denovo_map.pl. Esimerkiksi:
denovo_map.pl -m 3 -M 2 -n 3 -T 4 -S -b 1 -t -a 2010-11-30 -o ./stacks -p ./samples/male.fa -p ./samples/female.fa -r ./samples/progeny_1.fa -r ./samples/progeny_2.fa -r ./samples/progeny_3.fa
Koska Stacks-ajot voivat olla melko raskaita, ne tulisi suorittaa eräajoina. Puhdin Stacks-asennusta ei ole liitetty
Stacks-tulostietokantaan eikä selainkäyttöliittymään. Tämän vuoksi sinun tulee käyttää valintaa -S (eikä valintoja -B ja -D)
denovo_map.pl-ajoissa.
On kuitenkin mahdollista pystyttää oma Stacks-tietokanta ja WWW-käyttöliittymä virtuaalikoneeseen, joka toimii CSC:n cPouta-pilviympäristössä. Katso lisätietoja täältä.