Velvet

Velvet on sekvenssikokoaja hyvin lyhyille lukemille.

Velvet

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv2 -lisenssillä.

Saatavuus

Puhti: 1.2.10
Chipster -graafinen käyttöliittymä

Käyttö

Puhdissa Velvet-komennot alustetaan komennolla:

module load biokit

velveth (ja vastaava colorspace-versio velveth_de) auttaa muodostamaan aineiston velvetg-ohjelmaa varten. Velveth ottaa syötteeksi joukon sekvenssitiedostoja, tuottaa hajautustaulun ja kirjoittaa sitten tuloshakemistoon kaksi tiedostoa, Sequences ja Roadmaps, joita Velvetg tarvitsee. Syntaksi on seuraava:

velveth output_directory hash_length  [[-file_format][-read_type] filename]

Esimerkiksi:

velveth assembly_dir 21 -shortPaired data/reads.fa

velvetg (ja vastaava colorspace-versio velvetg_de) on Velvetin ydin, jossa de Bruijn -graafi rakennetaan ja sitä sitten käsitellään. velvetg-komennon syntaksi on:

velvetg output_directory -options parameters

velvetg-komento voi näyttää esimerkiksi tältä:

velvetg assembly_dir -cov_cutoff 5 -read_trkg yes -amos_file yes

Kun Velvet käännettiin Puhdissa, suurin sallittu k-merin pituus määriteltiin valmiiksi. Mitä pidempi suurin k-mer on, sitä enemmän muistia Velvet tarvitsee (riippumatta siitä, mitä k-merin pituutta todellisuudessa käytetään). Tämän vuoksi tarjoamme useita Velvet-versioita, jotka on lueteltu alla olevassa taulukossa. Puhdissa hajautustaulussa käytettävä oletusarvoinen suurin k-merin pituus on 100 emästä. On kuitenkin suositeltavaa käyttää versiota, jossa suurin mahdollinen k-merin pituus on mahdollisimman lyhyt. Esimerkiksi k-merin pituudelle 40 kannattaa käyttää komentoja velveth_maxk50 ja velvetg_maxk50.

Puhdissa saatavilla olevat Velvet-ohjelmat

Ohjelma	maks. k-merin pituus	tyyppi
`velveth`	100	normal
`velvetg`	100	normal
`velveth_maxk75`	75	normal
`velvetg_maxk75`	75	normal
`velveth_maxk50`	50	normal
`velvetg_maxk50`	50	normal
`velveth_maxk35`	35	normal
`velvetg_maxk35`	35	normal
`velveth_de`	100	colorspace
`velvetg_de`	100	colorspace
`velveth_de_maxk75`	75	colorspace
`velvetg_de_maxk75`	75	colorspace
`velveth_de_maxk50`	50	colorspace
`velvetg_de_maxk50`	50	colorspace
`velveth_de_maxk35`	35	colorspace
`velvetg_de_maxk35`	35	colorspace

Puhdissa Velvet-työt tulee suorittaa eräajojärjestelmän kautta. Alla on esimerkkieräajotiedosto Velvetille:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=velvet
#SBATCH --output=put=output_velvet2.txt
#SBATCH --error=errors_velvet2.txt
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --time=4-00:00:00
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --partition=longrun
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --mem=64G

module load biokit
export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK
export OMP_THREAD_LIMIT=$SLURM_CPUS_PER_TASK

velveth_maxk50 assembly_folder 45 -shortPaired -fastq temp.fastq
velvetg_maxk50 assembly_folder -ins_length 400

Yllä olevassa eräajotiedostossa työ varaa neljä laskentaydintä (--cpus-per-task=4) ja 64 Gt muistia neljäksi päiväksi (--time=4-00:00:00). Velvet osaa hyödyntää säiepohjaista rinnakkaislaskentaa. Asetuskomennon module load biokit jälkeen Velvet-ajossa käytettävien ytimien määrä määritellään ympäristömuuttujilla $OMP_NUM_THREADS ja $OMP_THREAD_LIMIT. Tässä skriptissä nämä muuttujat asetetaan käyttämällä ympäristömuuttujaa $SLURM_CPUS_PER_TASK, joka sisältää parametrilla --cpus-per-task määritellyn arvon (joka tässä esimerkissä on 4).

Eräajon voi käynnistää komennolla:

sbatch script_file_name

Lisätietoja eräajojen suorittamisesta löytyy Puhdin käyttöoppaan eräajo-osiosta.

Lisätietoja

Lisätietoja Velvetistä löytyy:

Velvetin GitHub-repositorio