Seismic Unix

Seismic Unix on seismisen datan käsittelypaketti. Sen ensisijaisena tavoitteena on tarjota vakaa ja tehokas seismisen heijastusdatan ohjelmistopaketti opetuskäyttöön sekä mahdollistaa keskikokoisten 2D-seismisten tai GPR-aineistojen käsittely.

Saatavuus

Seismic Unix on saatavilla Puhdissa seuraavalla versiolla:

44R28

Käyttö

Seismic Unix on saatavilla seismic-unix-moduulina:

module load seismic-unix
<commands>

Seismic Unixia voidaan käyttää Puhdissa komentorivikäyttöliittymällä tai graafisella käyttöliittymällä, interaktiivisena työnä tai eräajoissa. Varaa joka tapauksessa sopiva määrä laskentaresursseja: ytimiä ja muistia.

Seismic Unix graafisella käyttöliittymällä

Seismic Unixin graafinen käyttöliittymä (GUI) voidaan käynnistää Puhdin selainkäyttöliittymässä:

Kirjaudu sisään Puhdin selainkäyttöliittymään.
Avaa Desktop-sovellus
Kun Desktop on käynnistetty, avaa Terminal

module load seismic-unix
cd /scratch/project_200xxxx/<location_of_your_data>
<commands>

Seismic Unixin käyttö interaktiivisesti

Suhteellisen lyhyissä analyysiajoissa Seismic Unixia on mahdollista käyttää interaktiivisessa sessiossa.

sinteractive -i
cd /scratch/project_200xxxx/<location_of_your_data>
module load seismic-unix
<commands>

Seismic Unixin käyttö eräajossa

Pidempien analyysiajojen tapauksessa tulee käyttää Puhdin eräajojärjestelmää.

#!/bin/bash
#SBATCH --account=project_200xxxx
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=00:15:00
#SBATCH --mem=4G

module load seismic-unix
cd /scratch/project_200xxxx/<location_of_your_data>
<commands>

Lisenssi

Seismic Unix jaetaan seuraavan lisenssin alaisena:

Copyright ▒ 2008, Colorado School of Mines,
All rights reserved.


Redistribution and use in source and binary forms, with or
without modification, are permitted provided that the following
conditions are met:

    *  Redistributions of source code must retain the above copyright
       notice, this list of conditions and the following disclaimer.
    *  Redistributions in binary form must reproduce the above
       copyright notice, this list of conditions and the following
       disclaimer in the documentation and/or other materials provided
       with the distribution.
    *  Neither the name of the Colorado School of Mines nor the names of
       its contributors may be used to endorse or promote products
       derived from this software without specific prior written permission.

Warranty Disclaimer:
THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COLORADO SCHOOL OF MINES AND CONTRIBUTORS
"AS IS" AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT
LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS
FOR A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE
COLORADO SCHOOL OF MINES OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT,
INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING,
BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES;
LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER
CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT,
STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING
IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE
POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.

Viittaus

Cohen, J. K. and Stockwell, Jr. J. W., (202x), CWP/SU: Seismic Un*x Release No. 44R28: an open source software package for seismic research and processing, Center for Wave Phenomena, Colorado School of Mines.

Kiitokset

Pyydämme mainitsemaan CSC:n ja Geoportin julkaisuissanne; tämä on tärkeää projektin jatkuvuuden ja rahoitusraportoinnin kannalta. Voitte esimerkiksi kirjoittaa: "The authors wish to thank CSC - IT Center for Science, Finland (urn:nbn:fi:research-infras-2016072531) and the Open Geospatial Information Infrastructure for Research (Geoportti, urn:nbn:fi:research-infras-2016072513) for computational resources and support".

Asennus

Seismic Unix asennettiin Puhtiin Apptainerilla käyttäen komentoja, jotka on listattu CSC:n kirjoittamassa Seismic Unixin Apptainer-määritystiedostossa. Koska make install esittää muutamia kysymyksiä, joihin täytyy vastata interaktiivisesti, kontti luotiin ensin sandbox-tilassa ja muunnettiin sen jälkeen tavalliseksi Apptainer-kontiksi.

Lopuksi kontti käärittiin Tykyn wrap-container-toiminnallisuudella: wrap-container -w /usr/local/cwp/bin su.sif --prefix 44R28

Lisäksi Tykyn luomien tiedostojen common.sh-tiedostoa muokattiin lisäämällä 2 vaadittua ympäristömuuttujaa: * Muokkaa loppuun: export SINGULARITYENV_DEFAULT_PATH="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/local/cwp/bin/" * Lisää uusi rivi: export SINGULARITYENV_CWPROOT="/usr/local/cwp"