Krona-visualisointityökalu

Krona on visualisointityökalu, joka mahdollistaa suhteellisten runsaussuhteiden ja luottamusarvojen intuitiivisen tarkastelun metagenomisten luokitusten monimutkaisissa hierarkioissa. Krona yhdistää radiaalisten, tilan täyttävien esitysten muunnelman parametriseen väritykseen ja interaktiiviseen napakoordinaattipohjaiseen zoomaukseen.

Krona-kaavioita voidaan luoda Excel-mallipohjan tai KronaToolsin avulla, joka tukee useita bioinformatiikan työkaluja ja raakadataformaatteja. Interaktiiviset kaaviot ovat itsenäisiä kokonaisuuksia, ja niitä voidaan tarkastella millä tahansa nykyaikaisella verkkoselaimella.

Krona-visualisointityökalu

Lisenssi

Krona on vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia. Se on saatavilla omalla lisenssillään.

Saatavuus

Puhti: 2.8.1

Käyttö

Käyttääksesi KronaTools-komentoja lataa biokit-moduuli:

module load biokit

Monet bioinformatiikan työkalut tuottavat NCBI Taxonomyyn perustuvia luokituksia. Nämä luokitukset voidaan tuoda Kronaan sarkaineroteltujen tiedostojen kautta, joissa luetellaan taksonomiatunnisteet.

Esimerkiksi tiedosto sample1.tsv:

sample1.tsv

#queryID  #taxID  #score
query1    9606    0.9
query2    9534    0.8

voidaan visualisoida komennolla:

ktImportTaxonomy sample1.tsv

Kolme saraketta ovat oletusarvoisesti query-ID, taxonomy-ID ja score (valinnainen), mutta niitä voidaan muuttaa valinnoilla -q,-t ja -s. Kommentoidut rivit (#) ohitetaan. Esimerkiksi Kraken2:n tulostetiedosto voidaan visualisoida komennolla:

ktImportTaxonomy -q 2 -t 3 KrakenOutput -o KronaReport.html

Krona-visualisoinnit perustuvat HTML5:een. Niiden tarkastelua varten voit avata virtuaalityöpöydän Puhdin selainkäyttöliittymässä ja avata siellä selaimen.

Vaihtoehtoisesti voit kopioida nämä tiedostot julkisesti saatavilla olevaan dataämpäriin Altaaseen ja tarkastella tuloksia paikallisella verkkoselaimellasi. Kopiointiin voit käyttää komentoja a-flip tai a-publish:

Esimerkiksi komento:

a-flip KronaReport.html

tuottaa URL-osoitteen, jonka voit kopioida selaimeesi.

Komennon ktImportTaxonomy lisäksi on useita sovelluskohtaisia datan tuontityökaluja. Esimerkiksi BLASTille (ktImportBLAST) ja MG-RASTille (ktImportMGRAST). Lisäksi on yleiskäyttöisiä työkaluja tekstidatalle (ktImportText) ja XML-datalle (ktImportXML). Puhdissa saatat olla kiinnostunut myös käyttämään komentoa ktImportDiskUsage visualisoimaan, kuinka monet eri aineistot käyttävät tilaa hakemistoissasi.

Lisätietoja

Krona-wiki