Gabeditin käyttö Gaussian-ajojen graafisena käyttöliittymänä Puhdissa

Gabedit on ilmainen graafinen käyttöliittymä (GUI) monille laskennallisen kemian ohjelmistopaketeille. Tässä ohjeessa esitellään, miten sitä voidaan käyttää Gaussian -ajojen valmisteluun ja analysointiin Puhdissa. Edellytyksenä on, että sinulla on voimassa oleva CSC-käyttäjätunnus, joka kuuluu Gaussian-ryhmään, ja että olet sellaisen CSC-projektin jäsen, jolla on käyttöoikeus Puhtiin. Tämä ohje olettaa myös, että Gabedit on asennettu paikalliselle tietokoneellesi.

Työvuo

Lyhyesti sanottuna Gaussian-ajon luomisen, suorittamisen ja analysoinnin päävaiheet Puhdissa Gabeditia käyttäen ovat:

Luo Gaussian-syötetiedosto Gabeditilla paikallisella tietokoneellasi.
Kopioi syötetiedostot paikalliselta tietokoneeltasi sopivaan työhakemistoon Puhdissa.
Käynnistä laskenta Puhdissa.
Kopioi tulokset Puhdista takaisin paikalliselle tietokoneellesi.
Analysoi tulokset Gabeditilla.

1. Luo Gaussian-syötetiedosto

Rakenna tai lataa molekyylirakenne Gabeditissa.
Määritä käytettävä menetelmä ja muut haluamasi asetukset.
Tallenna se Gaussian-syötetiedostona erilliseen hakemistoon (tässä nimeltään benzene).

2. Kopioi syötetiedostot Puhtiin

Kopioi koko syötehakemisto (tässä nimeltään benzene) sopivaan scratch-hakemistoon Puhdissa. Tässä käytämme rsync-komentoa. Muita tapoja varten katso Datan siirtäminen CSC:n ja paikallisen työaseman välillä.
```
rsync -rP benzene username@puhti.csc.fi:/scratch/project_2001234/gabedit
```

3. Käynnistä laskenta Puhdissa

Kirjaudu Puhtiin ja siirry kyseiseen hakemistoon:
```
cd /scratch/project_2001234/gabedit/benzene
```
Lataa Gaussian-moduuli komennolla module load gaussian.

Lähetä laskenta ajoon:

subg16 00:10:00 benzene_opt_freq project_2001234

4. Kopioi tulokset takaisin omalle tietokoneellesi

Kun Gaussian-ajo on päättynyt, kopioi koko hakemisto Puhdista takaisin omalle tietokoneellesi. Anna tämä komento omalla tietokoneellasi:
```
rsync -rP username@puhti.csc.fi:/scratch/project_2001234/gabedit/benzene/ .
```

5. Analysoi tulokset Gabeditilla

Valitse Gabeditissa File -> Open ja siirry hakemistoon, jossa tulokset ovat.
Vaihda Open file -ikkunan oikeassa alakulmassa *.inp muotoon *.com.
Valitse Gaussian-ajoasi vastaava com-tiedosto ja avaa se. Tämä avaa Gabeditin pääikkunan.
Valitse välilehti, jossa näkyy lokitiedosto.
Oikeanpuoleinen paneeli näyttää erilaisia analysoitavia vaihtoehtoja.
Yllä olevassa esimerkissä laskimme värähtelytaajuudet. Näitä tuloksia voidaan tarkastella valitsemalla Dens. Orb, mikä avaa Gabedit: Orbitals/Density/Vibration -ikkunan.
1. Napsauta piirtoaluetta hiiren oikealla painikkeella.
2. Valitse Animation -> Vibration.
3. Valitsemalla tietyn moodin taulukosta voit animoida sen painamalla Play.
4. Laskettu spektri näytetään valitsemalla Vibration-ikkunasta Tools -> Draw IR spectrum.