Pakettien asentaminen Biocondasta Tykyn avulla
Bioconda on suosittu Conda-kanava bioinformatiikkaohjelmistoille. Se tarjoaa helpon tavan asentaa tuhansia biolääketieteelliseen tutkimukseen liittyviä ohjelmistopaketteja.
CSC on poistanut käytöstä Conda-asennusten suoran käytön supertietokoneiden (Puhdin ja Mahdin) jaetuissa tiedostojärjestelmissä suorituskykyongelmien vuoksi, mutta voit helposti asentaa paketteja Biocondasta käyttämällä Tykky -työkalua.
Kaikille Biocondan paketeille on saatavilla valmis Docker-konttikuvanne. Vaikka nämä kuvat voitaisiin hakea ja käyttää suoraan, Tykky tarjoaa helpon tavan asentaa ne niin, että niitä voi käyttää ilman erityisiä konttikomentoja.
Esimerkki: MetaBAT2:n asentaminen Biocondasta
Tässä esimerkissä asennamme MetaBAT2-paketin Biocondasta. Ohjelmiston etsimiseen Biocondasta voit selata paketteja aakkosjärjestyksessä tai käyttää hakua. Tässä esimerkissä valitsemme MetaBAT2-paketin.
Etsi sivulta Dockerin käyttöön tarkoitettu komento. Tässä tapauksessa:
Komennosta tarvitsemme Docker-osoitteen:
Tarvitsemme myös tunnisteen sille versiolle, jonka haluamme asentaa. Avaa yllä oleva osoite selaimessa:
Valitse Tags-sivulta haluttu versio. Tässä tapauksessa valitsemme uusimman (ylimpänä olevan) version:
Yhdistä osoite ja tunniste Docker-URL-osoitteeksi:
Lataa Tykky-moduuli:
Käytämme Tykyn wrap-container -komentoa.
-w-parametria tarvitaan määrittämään asennushakemisto kontin sisällä. Biocondan konteissa tämä on aina /usr/local/bin. Muiden lähteiden konteille katso lisätietoja alempaa.
--prefix-parametri ilmaisee hakemiston, johon haluamme asentaa ympäristön jaettuun tiedostojärjestelmään (kontin ulkopuolelle). Hakemiston täytyy olla olemassa, joten meidän täytyy luoda se ensin. Esimerkiksi:
Voimme nyt asentaa ohjelmiston komennolla:
wrap-container -w /usr/local/bin docker://quay.io/biocontainers/metabat2:2.17--h6f16272_1 --prefix /projappl/project_2001234/metabat-2.17
Kun asennus on valmis, ohjelman suoritettavat tiedostot löytyvät hakemistosta metabat-2.17/bin. On hyvä huomata, että nämä eivät ole varsinaisia komentoja, vaan kontin sisäisten komentojen wrapper-skriptejä. Voit kuitenkin käyttää niitä aivan kuin ne olisivat varsinaisia komentoja. Esimerkiksi:
bin-hakemiston lisääminen $PATH-muuttujaasi toimii samalla tavalla kuin Conda-ympäristön aktivointi suorassa Conda-asennuksessa. Kun wrap-container-komento päättyy, se näyttää sinulle export-komennon tätä varten. Varsinainen komento riippuu asennushakemistosta, mutta se on suunnilleen seuraava:
Tämän jälkeen voit yksinkertaisesti tehdä näin:
Note
Tykky-asennusten lisääminen pysyvästi $PATH-muuttujaasi esimerkiksi muokkaamalla .bashrc-tiedostoa on yleensä huono ajatus. Asennushakemistot sisältävät usein yleisiä komentoja kuten python tai perl. Ne ovat asennuskohtaisia, ja niiden pitäminen oletusarvoisessa $PATH-muuttujassasi aiheuttaa ongelmia muiden ohjelmistojen ajamisessa. On parasta lisätä asennushakemisto $PATH-muuttujaasi vain silloin, kun käytät ohjelmaa. Voit esimerkiksi lisätä export-komennon eräajotyöskriptiisi.
Kontit muista lähteistä
Voit käyttää samankaltaisia vaiheita wrapperien luomiseen myös muista lähteistä tuleville konteille, kuten BioContainer-rekisteristä tai paikallisista kuvatiedostoista. Ohjelmiston asennussijainti kontin sisällä voi vaihdella, joten se kannattaa tarkistaa, jotta -w-parametri voidaan asettaa oikein. Tässä esimerkissä käytämme mono-konttia.
Rakenna ensin paikallinen konttikuva:
Voit nyt suorittaa kontin sisällä komennon which selvittääksesi asennussijainnin.
Tässä tapauksessa hakemisto on /usr/bin. Asennuksessa voit käyttää yllä olevaa Docker-osoitetta tai määrittää juuri luodun paikallisen kuvatiedoston (mono.sif).
Joissakin tapauksissa asennussijainti ei ole kontin sisällä $PATH-muuttujassa, jolloin which ei toimi. Näissä tapauksissa voit yrittää suorittaa kontin sisällä sen sijaan find-komennon:
Tässä tapauksessa haemme juurihakemistosta (/) alkaen joko tiedostoa (-type f) tai (-o) symbolista linkkiä (-type l), jonka nimi on mono (-name mono).