Muotoon perustuva molekyyliseulonta GPU:lla

Tässä ohjeessa näytetään, miten Schrödinger Maestro Shape -työkalulla voidaan nopeasti seuloa Molport-molekyylitietokantaa, jossa on 16 miljoonaa rakennetta (160 miljoonaa konformaatiota), GPU:lla Puhdissa.

Molport-tietokannan valmistelu GPU-seulontaa varten kestää kaksi viikkoa, mutta koska valmisteltu shape file on jo saatavilla Puhdissa, varsinainen molekyylisi seulonta kestää GPU:lla vain 5–20 minuuttia.

OHJE

Asenna Maestro omalle tietokoneellesi. Yksityiskohtaiset ohjeet löytyvät Maestro-sivultamme.
Piirrä / tuo molekyyli, jolle haluat löytää samankaltaisia molekyylejä
Suorita sille Maestro LigPrep -työkalu
Vie valmisteltu molekyyli Maestron omassa tiedostomuodossa (mae), esimerkiksi nimellä target.mae
Kopioi tiedosto Puhtiin scratch-alueellesi (Vinkkejä tiedostojen kopiointiin)
Kopioi (ja muokkaa tarvittaessa) seuraava skripti nimellä gpushape.bash (älä kopioi 139 GB:n shape-tiedostoa) samaan kansioon
- Tämä skripti varaa 60 minuuttia aikaa yhdellä GPU:lla, käyttää shape filea tiedostosta /appl/data/bio/molport-shape/MP_SHAPE.bin, käyttää hakumolekyylinä target.mae-tiedostoa ja tallentaa tulokset tiedostoon shape_test-out.maegz
```
$SCHRODINGER/shape_screen_gpu run -shape_data_treatment remote \
      -shape target.mae -HOST quick-gpu -JOBNAME shape_test \
      -screen /appl/data/bio/molport-shape/MP_SHAPE.bin
```
Alusta Maestron oletusasennus komennolla
```
module load maestro
```
...ja lähetä työ ajoon (huomaa: ilman sbatch-komentoa!)
```
bash gpushape.bash
```
Kopioi tulokset omalle tietokoneellesi analysointia varten