Allas-tallennuspalvelun käyttäminen sensitiivisen tutkimusdatan vastaanottamiseen

Nämä ohjeet tarjoavat esimerkin siitä, miten tutkimusryhmä voi käyttää Allas-palvelua vastaanottaakseen sensitiivistä dataa ulkoiselta datan tarjoajalta, kuten sekvensointikeskukselta. Monissa tapauksissa SD Connect tarjoaa helpomman tavan vastaanottaa sensitiivistä dataa, mutta joissakin tapauksissa SD Connectia ei voida käyttää. Esimerkiksi SD Connect ei pysty tarjoamaan sinulle salattua tiedostoa, jonka voisit myöhemmin purkaa ympäristössä, jossa ei ole internetyhteyttä.

Allas

Allas-tallennuspalvelu on CSC:n ylläpitämä yleiskäyttöinen datan tallennuspalvelu.
Se tarjoaa maksutonta tallennustilaa suomalaisten yliopistojen ja tutkimuslaitosten akateemisille tutkimushankkeille.
Allasta voidaan käyttää kaikenlaisen tutkimusdatan tallentamiseen tutkimushankkeen aktiivisen työskentelyvaiheen aikana.
Allasta ei kuitenkaan ole tarkoitettu datan arkistointiin. Sinun tulee poistaa datasi Altaasta, kun tutkimushanke päättyy.

Altaassa ei ole automaattisia varmuuskopiointiprosesseja. Teknisellä tasolla Allas on erittäin luotettava ja vikasietoinen,
mutta jos sinä tai joku projektisi jäsenistä poistaa tai ylikirjoittaa dataa Altaassa,
se menetetään pysyvästi. Siksi kannattaa harkita datasi varmuuskopiointia johonkin toiseen sijaintiin.

Vaiheet 1 (Tallennustilan hankkiminen Altaasta) ja 2 (Salausavainten luominen) vaativat jonkin verran työtä,
mutta ne tarvitsee tehdä vain kerran. Kun avaimet ovat valmiina, voit siirtyä suoraan vaiheeseen 3, kun sinun
täytyy valmistella uusi jaettu ämpäri.

1. Tallennustilan hankkiminen Altaasta

Jos käytät jo Allas-palvelua, voit ohittaa tämän luvun ja aloittaa luvusta 2. Muussa tapauksessa tee seuraavat vaiheet saadaksesi käyttöoikeuden Altaaseen.

Vaihe 1.1. Luo käyttäjätili

Jos et ole vielä CSC:n asiakas, rekisteröidy CSC:lle. Voit tehdä nämä vaiheet
CSC:n asiakasportaalissa MyCSC.

Luo CSC-käyttäjätunnus kirjautumalla MyCSC-palveluun Hakan tai Virtun kautta.

Vaihe 1.2. Luo projekti tai liity projektiin

CSC-käyttäjätunnuksen lisäksi käyttäjien täytyy joko liittyä olemassa olevaan CSC-projektiin
tai perustaa uusi CSC-projekti. Voit käyttää samaa projektia myös muiden
CSC-palveluiden, kuten SD Desktopin, SD Connectin ja Puhdin käyttöön.

Jos olet oikeutettu toimimaan projektipäällikkönä, voit luoda uuden CSC-projektin MyCSC:ssä ja hakea käyttöoikeutta Altaaseen. Valitse projektityypiksi 'Academic'. Projektipäällikkönä voit kutsua muita käyttäjiä projektisi jäseniksi.

Jos haluat liittyä olemassa olevaan projektiin, pyydä projektipäällikköä lisäämään CSC-käyttäjätunnuksesi
projektin jäsenlistalle.

Vaihe 1.3. Lisää Allas-käyttöoikeus projektiisi

Lisää Allas-palvelu projektiisi MyCSC:ssä. Vain projektipäällikkö voi lisätä palveluita.
Kun olet lisännyt Allaksen projektiin, muiden projektin jäsenten täytyy kirjautua
MyCSC:hen ja hyväksyä palvelun käyttöehdot ennen kuin he saavat käyttöoikeuden Altaaseen.

Näiden vaiheiden jälkeen projektillasi on käytettävissä 10 TB tallennustilaa Altaassa.
Ole hyvä ja ota yhteyttä CSC:n Service Deskiin, jos tarvitset lisää tallennustilaa.
Altaassa oleva data voidaan ladata paikalliseen ympäristöösi tai CSC:n tietokoneille.
Lisätietoa eri tavoista käyttää Allaksessa olevaa dataa löytyy Allaksen käyttöoppaasta.

2. Avainten luominen sensitiivisen datan salaamiseen

2.1 Mihin salausavaimia tarvitaan?

Sensitiivisen tutkimusdatan, esimerkiksi ihmisen nukleotidisekvenssidatan, tapauksessa
data täytyy salata asianmukaisesti ennen kuin se voidaan ladata Altaaseen.
CSC:n sensitiivisen datan palveluita tutkimukselle salaa datan oletusarvoisesti CSC-kohtaisella
avaimella, jota voidaan käyttää vain CSC-ympäristössä. Jos haluat käyttää
sensitiivistä dataasi myös muissa sijainneissa, sinun täytyy luoda omaan käyttöösi Crypt4GH-yhteensopiva avainpari,
joka koostuu salaisesta avaimesta ja julkisesta avaimesta. Voit käyttää samaa avainparia
useita kertoja, ja yleensä on käytännöllistä käyttää samoja avaimia projektin kaikelle datalle, jotta
avainten hallinta ei muutu liian monimutkaiseksi.

Alta löydät vaiheittaiset ohjeet salausavainten luomiseen Cryp4GH:n graafisella käyttöliittymällä tai komentoriviltä.

Kun avaimet on luotu, voit lähettää julkisen avaimen kaikille datan tuottajille,
jotta he voivat salata sinulle lähettämänsä datan. Tämän jälkeen vain
yksityisen avaimen omistajat eli projektin jäsenet voivat purkaa datan salauksen.

Datan salaukseen liittyvä mahdollinen vaara on se, että jos salainen avain tai
sen salasana katoaa, dataa ei voida enää millään keinolla purkaa.
Siksi avaimet ja salasana kannattaa tallentaa niin, että tiedot
säilyvät myös silloin, kun palvelimet ja projektin jäsenet vaihtuvat. Toisaalta
salainen avain tulisi siirtää vain niihin paikkoihin, joissa salausta puretaan, ja salasanan tulisi pysyä muiden kuin projektin jäsenten saavuttamattomissa.

CSC ei tällä hetkellä tarjoa salausavainten hallintajärjestelmää. Jos sinulla ei ole käytössäsi asianmukaista avaintenhallintajärjestelmää, yksi ratkaisu on
tallentaa salainen avain ja salasanan sisältävä tekstitiedosto CSC:n sensitiivisen
datan palveluihin SD Connect -palvelun avulla.
SD Connect salaa tämän datan CSC:n julkisella avaimella, minkä jälkeen projektin jäsenet,
ja vain he, voivat käyttää SD Desktop -palvelua tarkistaakseen, mitä avaimia ja
salasanoja projekti käyttää.

CSC:n sensitiivisen datan ympäristö käyttää Crypt4GH-salaustyökalua, joka mahdollistaa
salauksen useilla julkisilla avaimilla. Tällä tavalla salattu data voidaan
avata useilla salaisilla avaimilla. Jos hyödynnät CSC:n sensitiivisen datan palveluita,
on kätevää käyttää salauksessa sekä projektin julkista avainta että CSC:n julkista avainta.
Näin dataa voidaan käyttää sekä käyttäjien paikallisessa ympäristössä että
CSC:n sensitiivisen datan palveluissa.

crypt4gh-yhteensopivien avainten luominen graafisen käyttöliittymän kautta

Luo salausavainparisi (salainen avain ja julkinen avain) Crypt4GH-sovelluksella (voit ohittaa tämän kappaleen, jos sinulla on jo avainpari).
- Asenna Crypt4GH-sovellus:
CSC on kehittänyt yksinkertaisen sovelluksen, jonka avulla voit luoda salausavaimesi ja purkaa datan salauksen tarvittaessa.
Lataa käyttöjärjestelmällesi sopiva versio GitHub-repositoriosta:
- Mac
- Windows
- Linux
Tarkista, että Windows-työkalu on digitaalisesti allekirjoitettu nimellä CSC - IT Center for Science. Latauksen jälkeen löydät Crypt4GH-sovelluksen latauskansiostasi.
- Kun avaat sovelluksen ensimmäisen kerran, saatat kohdata virheilmoituksen. Tässä tapauksessa napsauta More info ja varmista, että julkaisija on CSC-IT Center for Science (tai suomeksi CSC-Tieteen tietotekniikan keskus Oy), ja napsauta sitten Run anyway.
- Luo salausavaimesi:
  - Avaa Crypt4GH-sovellus ja napsauta Generate Keys (oikeassa yläkulmassa).
  - Työkalu avaa uuden ikkunan ja pyytää sinua syöttämään salasanan (Private Key Passphrase). Tämä salasana liitetään salaiseen avaimeesi. Käytä vahvaa salasanaa.
  - Kun napsautat OK, työkalu luo avainparin, joka koostuu salaisesta avaimesta (username_crypt4gh.key) ja julkisesta avaimesta (username_crypt4gh.pub).
  - Avaimet/tiedostonimet näytetään Activity Logissa seuraavan viestin kanssa:
```
Key pair has been generated, your private key will be auto-loaded the next time you launch this tool:
Private key: username_crypt4gh.key
Public key: username_crypt4gh.pub
All the fields must be filled before file encryption will be started
```
    Avaimet luodaan ja tallennetaan samaan kansioon, jossa sovellus sijaitsee.
  Note
  - Jos kadotat tai unohdat salaisen avaimesi tai salasanan, et voi purkaa tiedostojen salausta.
  - Älä jaa salaista avaintasi tai salasanaasi.
  - Sinun tarvitsee luoda avaimesi vain kerran ja käyttää niitä kaikkiin salaustarpeisiisi, mutta voit toki halutessasi luoda erillisiä avaimia salausta varten.

Salausavainten luominen komentorivityökaluilla

Tässä esimerkissä luomme ensin avainparisi (salasanalla suojatun yksityisen avaimen ja julkisen avaimen, որը voidaan jakaa yhteistyökumppaneille). Seuraavaksi salaamme tiedoston kahden eri yhteistyökumppanin (tutkimusryhmä A ja tutkimusryhmä B) julkisilla avaimilla.

Python 3.6+ vaaditaan Crypt4GH-salaustyökalun käyttämiseen. Jos tarvitset apua Pythonin asentamisessa, seuraa näitä ohjeita.

Asenna Crypt4GH:n komentorivisalaustyökalu

Voit asentaa Crypt4GH:n suoraan pip-työkalulla:

pip install crypt4gh

tai, jos haluat mieluummin uusimmat lähdekoodit GitHubista:

pip install -r crypt4gh/requirements.txt
pip install ./crypt4gh

tai jopa:

pip install git+https://github.com/EGA-archive/crypt4gh.git

Tavallinen -h-valitsin näyttää työkalun hyväksymät eri vaihtoehdot:

$ crypt4gh -h

Utility for the cryptographic GA4GH standard, reading from stdin and outputting to stdout.

Usage:
   {PROG} [-hv] [--log <file>] encrypt [--sk <path>] --recipient_pk <path> [--recipient_pk <path>]... [--range <start-end>]
   {PROG} [-hv] [--log <file>] decrypt [--sk <path>] [--sender_pk <path>] [--range <start-end>]
   {PROG} [-hv] [--log <file>] rearrange [--sk <path>] --range <start-end>
   {PROG} [-hv] [--log <file>] reencrypt [--sk <path>] --recipient_pk <path> [--recipient_pk <path>]... [--trim]

Options:
   -h, --help             Prints this help and exit
   -v, --version          Prints the version and exits
   --log <file>           Path to the logger file (in YML format)
   --sk <keyfile>         Curve25519-based Private key.
                        When encrypting, if neither the private key nor C4GH_SECRET_KEY are specified, we generate a new key
   --recipient_pk <path>  Recipient's Curve25519-based Public key
   --sender_pk <path>     Peer's Curve25519-based Public key to verify provenance (akin to signature)
   --range <start-end>    Byte-range either as  <start-end> or just <start> (Start included, End excluded)
   -t, --trim             Keep only header packets that you can decrypt

Environment variables:
   C4GH_LOG         If defined, it will be used as the default logger
   C4GH_SECRET_KEY  If defined, it will be used as the default secret key (ie --sk ${C4GH_SECRET_KEY})

Saatat huomata, että crypt4gh käyttää yksityisestä avaimesta valitsinta --sk. Tämä voi tuntua oudolta, mutta ilmeisesti crypt4gh käyttää termiä secure key yksityisestä avaimesta, mistä tulee sk, ja vastaavasti pk viittaa julkiseen avaimeen yksityisen avaimen sijaan.

Luo julkinen-yksityinen avainparisi

Käytät crypt4gh-keygen-komentoa yksityisen ja julkisen avaimesi luomiseen:
```
$ crypt4gh-keygen --sk mykey.sec --pk mykey.pub
Generating public/private Crypt4GH key pair.
Enter passphrase for meykey.sec (empty for no passphrase): 
Enter passphrase for mykey.sec (again): 
Your private key has been saved in mykey.sec
Your public key has been saved in mykey.pub
```
missä --sk mykey.sec on yksityinen (salainen, sk) avaimesi ja --pk mykey.pub on julkinen avaimesi (pk). Työkalu pyytää sinua syöttämään salasanan (passphrase) yksityiselle avaimellesi. Turvallisuussyistä salasanaa ei näytetä kirjoittaessasi, joten työkalu pyytää sinua syöttämään sen toisen kerran varmistaakseen, ettet tehnyt kirjoitusvirheitä (tai että teit samat virheet kahdesti). Käytä vahvaa salasanaa!

Note

Jos kadotat tai unohdat yksityisen avaimesi tai sen salasanan, et voi purkaa tiedostojen salausta. Älä jaa yksityistä avaintasi tai salasanaasi.

Note

Sinun tarvitsee luoda avaimesi vain kerran ja käyttää niitä kaikkiin salaustarpeisiisi, mutta voit toki halutessasi luoda erillisiä avaimia salausta varten.

3. Esimerkki projektin avainten luomisesta

3.1 Avainten luominen

Alla olevassa esimerkissä tutkija Tiina Tutkija haluaa käyttää Allasta vastaanottaakseen ja tallentaakseen ihmisen sekvenssidataa,
jota hän käyttää uudessa tutkimusprojektissaan. Projektin nimi on AniMINE. Se kestää useita vuosia, ja siihen osallistuu useita tutkijoita ja datalähteitä.
Tiina Tutkijalla on jo CSC:llä asiakasprojekti, jolla on käyttöoikeus Altaaseen.

Nyt hän luo ja tallentaa projektille salausavaimet. Tiinalla on kannettavalleen asennettuna cryp4gh-gui
-salausohjelma. Hän käyttää Generate Keys -toimintoa
luodakseen uuden salasanalla suojatun avainparin (tässä tapauksessa H8koGN3lzkke).
Luotujen avaintiedostojen nimet perustuvat niiden luojan käyttäjätiliin
(salainen avain: ttutkija_crypt4gh.key, julkinen avain: ttutkija_crypt4gh.pub).
Koska avaimia käyttävät useat projektin jäsenet, Tiina nimeää avaintiedostot
uudelleen seuraavasti: animine_crypt4gh.key ja animine_crypt4gh.pub.

3.2 Avainten tallentaminen SD Connectilla

Seuraavaksi Tiina Tutkija kirjautuu SD Connectin selainkäyttöliittymään. Tiina käyttää Chromea parhaan käyttökokemuksen saamiseksi.

Kirjautumisen jälkeen hän tarkistaa, että vasemmassa yläkulmassa oleva Select project -pudotusvalikko viittaa CSC-projektiin,
jota AniMINE-projekti käyttää. Sen jälkeen hän napsauttaa Create folder -painiketta (käyttöliittymässä ämpäreitä kutsutaan kansioiksi)
luodakseen uuden kansion nimeltä animine-keys. Sitten hän käyttää samaa painiketta luodakseen toisen
kansion nimeltä animine-pub. Huomaa, että ämpärien nimien tulee sisältää vain pieniä kirjaimia, numeroita ja merkin "-".

Nyt SD Connectissa on kaksi uutta tyhjää kansiota. Tiina avaa kansion amimine-keys ja käyttää Upload
-painiketta. Sitten hän käyttää Select files -toimintoa valitakseen molemmat avaimet ladattaviksi ja käynnistää latausprosessin napsauttamalla Upload-painiketta.

Kun lataus on valmis, Tiina siirtyy toiseen kansioon animine-pub.
Hän napsauttaa Upload-painiketta ja lataa tähän kansioon VAIN
julkisen avaimen (animine_crypt4gh.pub).

Lopuksi hän avaa yksinkertaisen tekstieditorin luodakseen lyhyen ohjetiedoston avaimista.
Tiedoston, jonka nimi on animine_key_instructions.txt, sisältö on seuraava:

---------------------------------------------------------------------------------------------------------
AniMINE  encryption keys created on 16.3. 2022 by project manager Tiina Tutkija.
Following key files are used to encrypt sensitive data used by AniMINE project.
Keys are used with crypt4gh encryption tool.
Public key:   animine_crypt4gh.pub
Secret key:   animine_crypt4gh.key
The password of the secret key is:  H8koGN3lzkke
Note that the secret key and password should never be given or shown to 
users that are not members of this project.

You can find a readable copy of the public key in SD Connect in location
    animine-pub/animine_crypt4gh.pub

You can freely download and send this public key to persons and organizations 
that provide data for AniMINE project. If you want to use data, that has 
been protected using this key pair, locally, please contact project manager 
Tiina Tutkija to get your own copy of the secret key and instructions for 
local decryption. Please use this document, that is readable only in the 
SD Desktop environment of this project, as the only written reference 
for the password. 

Delete the local copy of the secret key when it is no longer actively used. 
------------------------------------------------

Hän lataa tämän tekstitiedoston kansioon animine-keys ja poistaa sitten tiedoston paikalliselta tietokoneeltaan.

Nyt kansio animine-keys sisältää tiedostot:

data/animine_crypt4gh.pub.c4gh
data/animine_crypt4gh.key.c4gh
data/animine_key_instructions.txt.c4gh

Ja kansio animine-pub sisältää tiedoston:

data/animine_crypt4gh.pub

4. Tallennusämpärin avaaminen datan tuontia varten datan tuottajalta

Kun sinulla on käyttöoikeus Altaaseen, voit luoda sinne uuden dataämpärin ja jakaa tämän ämpärin datan tuottajan kanssa.
Tämä lähestymistapa edellyttää, että myös datan tuottajalla on projekti CSC:llä. Yleensä suomalaisilla akateemisilla datan tuottajilla,
kuten sekvensointikeskuksilla, on CSC-projekti. Voit kopioida projektisi julkisen avaimen jaettuun ämpäriin tai
lähettää julkisen avaimen datan tuottajalle jollakin muulla tavalla.

Suosittelemme, että pyydät datan tuottajaa salaamaan datasi CSC:n julkisella avaimella ja
projektisi avaimella. Näin voit käyttää dataa sekä paikallisessa turvallisessa ympäristössäsi
että CSC:n sensitiivisen datan palveluissa.

4.1 Puhdin käyttäminen jaetun ämpärin luomiseen

Jos tiedät datan tuottajan projektin numeron, voit helposti luoda jaetun Allas-
ämpärin käyttämällä a-tools-komentoja Puhdissa. Avaa ensin pääteyhteys osoitteeseen puhti.csc.fi (käytä SSH:ta, PuTTYä tai pääteyhteyttä Puhdin selainkäyttöliittymästä).

Luvussa 2.2 meillä oli tutkija Tiina Tutkija, joka loi salausavaimet ja tallensi ne Altaaseen.
Hänen tapauksessaan jaettu ämpäri voitaisiin luoda seuraavilla komennoilla.

Ensin Tiina Tutkija avaa yhteyden Puhtiin. Selaimessa hän siirtyy osoitteeseen https://puhti.csc.fi ja kirjautuu CSC-käyttäjätunnuksellaan. Kun Puhdin selainkäyttöliittymä on avattu, hän avaa päätteen työkalulla:

Tools/Login node shell

Tämä työkalu tarjoaa pääteyhteyden Puhtiin.

Päätteessä Tiina aktivoi yhteyden Altaaseen:

module load allas
allas-conf

Sitten hän luo uuden jaetun ämpärin komennolla:

make-shared-bucket

Tämä työkalu luo uuden ämpärin ja jakaa sen yhteistyökumppanin kanssa. Komento kysyy ensin luotavan ämpärin nimeä. Tässä tapauksessa Tiina käyttää ämpärin nimeä animine-data-import-1, koska ämpärien nimien tulee sisältää vain pieniä kirjaimia, numeroita ja merkin "-".

Sitten komento kysyy projektia, jolla pitäisi olla pääsy ämpäriin. Datan tuottajan projektin nimi on tässä esimerkissä project_2000111.

Sitten hän lataa julkisen avaimen Puhtiin:

a-get animine-pub/data/animine_crypt4gh.pub

Ja lataa avaimen jaettuun ämpäriin:

a-put animine_crypt4gh.pub -b animine-data-import-1

Lopuksi Tiina lähettää jaetun ämpärin nimen datan tuottajalle
ja pyytää heitä salaamaan ladattavan datan sekä julkisella avaimella,
jonka he löytävät ämpäristä, että CSC:n julkisella avaimella.

Suurten aineistojen (useita teratavuja) siirtäminen Altaaseen voi kestää pitkään.
Muutaman päivän kuluttua datan tuottaja kertoo Tiinalle, että kaikki data on tuotu Allaksen jaettuun animine-data-import-1-ämpäriin.
Tiina voi nyt poistaa ulkoiset käyttöoikeudet ämpäristä komennolla:

a-access -rw project_2000111 animine-data-import-1

5. Salatun datan käyttäminen

Yllä kuvatulla menettelyllä CSC:lle tallennettu data on vain tutkimusryhmän jäsenten käytettävissä. Data on salattu sekä CSC:n julkisella avaimella että tutkimusryhmän omalla julkisella avaimella. Jos dataa käytetään
SD Desktopin kautta, datan salauksen purku tehdään automaattisesti Data Gateway
-sovelluksella, kun dataa käytetään työskentely-ympäristössä.

Jos dataa käytetään muissa ympäristöissä, käyttäjän täytyy purkaa salaus itse.

SD Connect -palvelussa jaettu ämpäri, tässä esimerkissä animine-data-import-1, vaatii joitakin valmisteluja ennen kuin ämpäriin ladattu data
voidaan ladata.

Ensin käyttäjän täytyy jakaa ämpäri myös omaan projektiinsa. Sen jälkeen ladattuun dataan pääsee käsiksi ei tavallisen All Folders -näkymän kautta, vaan SD Connectin Shared -näkymän kautta.

Yllä olevassa esimerkissä tutkija Tiina Tutkija jakoi Allas-palvelussa dataämpärin animine-data-import-1
vastaanottaakseen dataa sekvensointikeskukselta. Sekvensointikeskus latasi tiedoston run_12_R1.fastq.c4gh ämpäriin.
Tiina voi nyt käyttää SD Connectia ladatakseen tämän tiedoston paikalliselle tietokoneelleen.

Ensin Tiina tarkistaa projektinsa Project Identifier -merkkijonon, niin sanotun Share ID:n, ja kopioi sen leikepöydälle Copy Share ID -painikkeella.
Sitten hän painaa SD Connectin All Folders -näkymässä ämpärin (animine-data-import-1) Share -painiketta. Tämä avaa Bucket sharing -sivun. Tässä Tiina ottaa käyttöön Transfer -oikeudet ja lisää Project Identifierinsa (sen voi kopioida SD Connectin pääsivulla projektin numeron vierestä) kenttään: Add Share IDs. Jako aktivoidaan napsauttamalla Share-painiketta.
Seuraavaksi Tiina siirtyy Shared to the project -näkymään, jossa nyt näkyy ämpäri animine-data-import-1.

Hän voi nyt avata ämpärin ja aloittaa datan lataamisen.

Lataamisen jälkeen tiedosto on kuitenkin edelleen salatussa muodossa. Purkaakseen tiedoston salauksen Tiina avaa cryp4gh-gui
-salaustyökalun, jonka hän oli aiemmin asentanut tietokoneelleen salausavainten luomista varten.

Nyt hän käyttää tätä työkalua datan salauksen purkamiseen. crypt4gh-käyttöliittymässä hän napsauttaa ensin Load My Private Key ja valitsee sitten animine_crypt4gh.key-tiedoston, joka on hänen tutkimusprojektinsa käyttämä salainen avain. Sen jälkeen hän käyttää Select File -toimintoa valitakseen tiedoston run_12_R1.fastq.c4gh, jonka hän juuri latasi tietokoneelleen. Seuraavaksi hän napsauttaa Decrypt File -painiketta. crypt4gh-gui pyytää nyt salaisen avaimen salasanaa (tässä tapauksessa H8koGN3lzkke), minkä jälkeen salauksesta purettu versio tiedostosta, run_12_R1.fastq, luodaan salatun tiedoston viereen. Tiina voi nyt poistaa run_12_R1.fastq.c4gh paikalliselta tietokoneeltaan ja aloittaa työskentelyn run_12_R1.fastq-tiedoston kanssa.