Hyppää sisältöön

Docs CSC now features an automatic Finnish translation. Click here for more information.

Warning!

Puhti and Mahti are being decommissioned in stages, and their storage areas will become fully unavailable from 15 October 2026. Clean up unnecessary files and move any data you need to keep by 31 August 2026. See the Roihu data migration guide for instructions on transferring your data to Roihu.

Puhti computing services have been decommissioned and no new jobs are accepted or executed on its compute nodes. Puhti login nodes and storage services are planned to remain available until 15 October 2026.

RStudion tai Jupyter Notebookin käyttäminen Roihussa

RStudio ja Jupyter Notebookit ovat käteviä vaihtoehtoja R- tai Python-koodin kehittämiseen ja ajamiseen.
R- tai Python-koodi ajetaan laskentasolmulla interaktiivisessa sessiossa, mutta itse työkaluja käytetään paikallisen verkkoselaimen kautta.

RStudio Serveriä tai Jupyter Notebookia voi käyttää kahdella tavalla.

  1. Ensimmäinen (ja helpoin) vaihtoehto on käyttää Roihun selainkäyttöliittymää.

  2. Toinen vaihtoehto on luoda SSH-tunneli paikalliselta tietokoneelta laskentasolmulle. Koska laskentasolmuihin ei pääse Internetin kautta,
    tunnelin täytyy kulkea kirjautumissolmun kautta. Tämä ei ole mahdollista Windows PowerShellillä (se ei tue hyppypalvelimia), joten se ei sovellu
    RStudion tai Jupyter Notebookin käyttöön Roihussa.
    SSH-tunnelointi edellyttää, että olet ottanut SSH-avaimet käyttöön.

Linuxilla, macOS:llä ja MobaXtermillä SSH-tunnelointi toimii oletuksena. PuTTyssä asetukset täytyy määrittää PuTTyn välilehdille, joten se on hitaampaa ja monimutkaisempaa, mutta mahdollista.

Työvuo RStudion tai Jupyter Notebookin käyttämiseen Roihussa

Roihun selainkäyttöliittymän käyttäminen

SSH-tunneloinnin käyttäminen

Note

SSH-tunnelointi ei ole vielä käytössä Roihussa. Alla olevat ohjeet koskevat sen käyttöä Puhdissa.

  • Käynnistä interaktiivinen sessio
  • Lataa sopivat moduulit ja käynnistä RStudio- tai Jupyter Notebook -palvelin
  • Luo SSH-tunneli omalta tietokoneeltasi Puhtin laskentasolmulle
  • Avaa RStudio tai Jupyter Notebook paikallisessa verkkoselaimessa

Tarkemmat tiedot eri vaiheista RStudion tai Jupyter Notebookin käynnistämiseksi SSH-tunneloinnin avulla on kuvattu seuraavassa.

Ohjeet SSH-tunnelointiin

1. Käynnistä interaktiivinen sessio

Käynnistä interaktiivinen sessio esimerkiksi komennolla sinteractive -i. Lisävaihtoehdot ja enimmäisrajat löytyvät interaktiivisen käytön sivulta.

2. Lataa moduuli ja käynnistä RStudio- tai Jupyter Notebook -palvelin

Aja interaktiivisessa sessiossa:

RStudio 

module load r-env
start-rstudio-server
Tämä asetus toimii minkä tahansa r-env-moduulin kanssa.
On myös mahdollista käynnistää monisäikeinen RStudio-sessio komennolla start-rstudio-server-multithread, jos olet määrittänyt useita ytimiä interaktiivista sessiota käynnistäessäsi.
Lisätietoja säikeistyksen käytöstä R:n kanssa löytyy r-env-dokumentaatiosta.

Jupyter

Jupyter Notebookeja voi käyttää joko perinteisellä Jupyter Notebookilla tai kehittyneemmällä JupyterLab-palvelimella.

Jupyter Notebook:

module load python-data 
start-jupyter-server

JupyterLab: 

module load python-data 
start-jupyterlab-server

On myös mahdollista käyttää jotakin muuta esiasennettua Python-moduulia kuin python-data, jos se sisältää Jupyterin.

Tämä käynnistää RStudio-, Jupyter Notebook- tai JupyterLab-palvelimen laskentasolmulla ja tulostaa ohjeet seuraavia vaiheita varten.

Pidä tämä pääte auki niin kauan kuin työskentelet, jotta RStudio- tai Jupyter Notebook -palvelin pysyy käynnissä.

3. Luo SSH-tunneli omalta tietokoneeltasi Puhtin laskentasolmulle

  • Linuxilla, macOS:llä ja MobaXtermillä avaa paikallisella koneellasi toinen SSH-pääte (älä vielä yhdistä Puhtiin) ja
    aja SSH-tunnelointikomento, jonka RStudion tai Jupyter Notebookin käynnistysskripti tulostaa.
    Esimerkiksi ssh -N -L 8787:localhost:42896 -J john@puhti.csc.fi john@r07c49.bullx
  • PuTTyn osalta katso ohjeet kohdasta SSH-tunnelointi PuTTyllä.
  • Komento ei tulosta mitään erityistä; jos et saa virheilmoitusta, tunnelin luonti todennäköisesti onnistui.

Pidä myös tämä pääte auki niin kauan kuin työskentelet, jotta etäkäyttö RStudioon säilyy.

4. Avaa RStudio tai Jupyter Notebook paikallisessa verkkoselaimessa

  • Avaa verkkoselain paikallisella koneellasi ja kopioi käynnistysskriptin tulostama URL-osoite. Esimerkiksi: http://localhost:8787/
  • RStudiossa syötä käynnistysskriptin tulostamat tunnistetiedot.

5. Sulje sessio

Kun olet valmis:

  • Sulje RStudio- tai Jupyter Notebook -palvelin painamalla Ctrl + C Puhtin interaktiivisen päätesession ikkunassa.
  • Sulje myös interaktiivinen sessio komennolla (exit).
  • Sulje SSH-tunneli painamalla Ctrl + C.

SSH-tunnelointi PuTTyllä

Sekä RStudio että Jupyter Notebook tulostavat myös PuTTy-ohjeet, jotka täytyy kopioida PuTTyn asetuksiin. Porttinumerot ja laskentasolmun nimi voivat muuttua sessiosta toiseen.

    PuTTy:
    ssh -N -L 8889:localhost:8889 john@r07c49.bullx
    Set Source (8889) and Destination (localhost:8889) in:
    PuTTy -> Connection -> SSH -> Tunnels
  1. Määritä SSH-tunnelointi kirjautumissolmulle PuTTyllä. Lisää porttiohjaus kohdassa PuTTy -> Connection -> SSH -> Tunnels:
    • Lähdeportti: 8889.
    • Kohde: localhost:8889
    • Pidä tyypiksi valittuna 'Local'.
    • Napsauta 'Add'.
  2. Määritä SSH-tunnelointi kirjautumissolmulta laskentasolmulle kohdassa PuTTy -> Connection -> SSH:
    • Etäkomento: ssh -N -L 8889:localhost:8889 john@r07c49.bullx 3: Valitse Open yhteyden käynnistämiseksi.

Suomenkielinen tekoälykäännös

Sisällössä voi esiintyä virheellistä tietoa tekoälykäännöksestä johtuen.

Klikkaa tästä antaaksesi palautetta

Ymmärrän.