RStudion tai Jupyter Notebookin käyttö Puhdissa

RStudio ja Jupyter Notebookit ovat käteviä vaihtoehtoja R- tai Python-koodin kehittämiseen ja suorittamiseen. R- tai Python-koodi suoritetaan laskentasolmulla interaktiivisessa istunnossa, mutta itse työkaluja käytetään paikallisen verkkoselaimen kautta.

RStudio Serveriä tai Jupyter Notebookia voi käyttää Puhdissa kahdella tavalla.

Ensimmäinen (ja helpoin) vaihtoehto on käyttää Puhdin selainkäyttöliittymää.
Toinen vaihtoehto on luoda SSH-tunneli paikalliselta tietokoneelta laskentasolmulle. Koska laskentasolmuihin ei pääse Internetin kautta, tunnelin täytyy kulkea kirjautumissolmun kautta. Tämä ei ole mahdollista Windows PowerShellillä (se ei tue hyppypalvelimia), joten se ei sovellu RStudion tai Jupyter Notebookin käyttöön Puhdissa. SSH-tunnelointi edellyttää, että olet ottanut SSH-avaimet käyttöön.

Linuxilla, macOS:llä ja MobaXtermillä SSH-tunnelointi toimii oletuksena. PuTTyssä asetukset täytyy määrittää PuTTyn välilehdille, joten se on hitaampaa ja monimutkaisempaa, mutta mahdollista.

Työvuo RStudion tai Jupyter Notebookin käyttämiseen Puhdissa

Puhdin selainkäyttöliittymän käyttäminen

Ohjeet tähän löytyvät Puhdin selainkäyttöliittymän dokumentaatiosta.

SSH-tunneloinnin käyttäminen

Käynnistä interaktiivinen istunto
Lataa sopivat moduulit ja käynnistä RStudio- tai Jupyter Notebook -palvelin
Luo SSH-tunneli omalta tietokoneeltasi Puhdin laskentasolmulle
Avaa RStudio tai Jupyter Notebook paikallisessa verkkoselaimessa

Tarkemmat tiedot eri vaiheista RStudion tai Jupyter Notebookin käynnistämiseksi SSH-tunneloinnin avulla on kuvattu seuraavassa.

Ohjeet SSH-tunnelointiin

1. Käynnistä interaktiivinen istunto

Käynnistä interaktiivinen istunto esimerkiksi komennolla sinteractive -i. Lisävaihtoehdot ja enimmäisrajat löytyvät interaktiivisen käytön sivulta.

2. Lataa moduuli ja käynnistä RStudio- tai Jupyter Notebook -palvelin

Suorita interaktiivisessa istunnossa:

RStudio

module load r-env
start-rstudio-server

Tämä asetus toimii minkä tahansa r-env-moduulin kanssa. On myös mahdollista käynnistää monisäikeinen RStudio-istunto komennolla start-rstudio-server-multithread, jos olet määrittänyt useita ytimiä interaktiivista istuntoa käynnistäessäsi. Lisätietoja säikeistyksen käytöstä R:ssä löytyy r-envin pääsivulta.

Jupyter

Jupyter Notebookeja voi käyttää joko perinteisellä Jupyter Notebookilla tai kehittyneemmällä JupyterLab-palvelimella.

Jupyter Notebook:

module load python-data 
start-jupyter-server

JupyterLab:

module load python-data 
start-jupyterlab-server

On myös mahdollista käyttää jotakin muuta esiasennettua Python-moduulia kuin python-data, jos se sisältää Jupyterin.

Tämä käynnistää RStudio-, Jupyter Notebook- tai JupyterLab-palvelimen laskentasolmulla ja tulostaa ohjeet seuraavia vaiheita varten.

Pidä tämä pääte auki niin kauan kuin työskentelet, jotta RStudio- tai Jupyter Notebook -palvelin pysyy käynnissä.

3. Luo SSH-tunneli omalta tietokoneeltasi Puhdin laskentasolmulle

Linuxilla, macOS:llä ja MobaXtermillä avaa toinen SSH-pääte paikallisella koneellasi (älä vielä yhdistä Puhtiin) ja suorita SSH-tunnelointikomento, jonka RStudion tai Jupyter Notebookin käynnistysskripti tulostaa. Esimerkiksi ssh -N -L 8787:localhost:42896 -J john@puhti.csc.fi john@r07c49.bullx
PuTTyn osalta katso ohjeet kohdasta SSH-tunnelointi PuTTyllä.
Komento ei tulosta mitään erityistä; jos et saa virheilmoitusta, tunnelin luonti todennäköisesti onnistui.

Pidä myös tämä pääte auki niin kauan kuin työskentelet, jotta etäyhteys RStudioon säilyy.

4. Avaa RStudio tai Jupyter Notebook paikallisessa verkkoselaimessa

Avaa verkkoselain paikallisella koneellasi ja kopioi käynnistysskriptin tulostama URL-osoite. Esimerkiksi: http://localhost:8787/
RStudiossa syötä käynnistysskriptin tulostamat kirjautumistiedot.

5. Sulje istunto

Kun olet valmis:

Sulje RStudio- tai Jupyter Notebook -palvelin painamalla Ctrl + C Puhdin interaktiivisen istunnon päätteessä.
Sulje myös interaktiivinen istunto komennolla (exit).
Sulje SSH-tunneli painamalla Ctrl + C.

SSH-tunnelointi PuTTyllä

Sekä RStudio että Jupyter Notebook tulostavat myös PuTTy-ohjeet, jotka täytyy kopioida PuTTyn asetuksiin. Porttinumerot ja laskentasolmun nimi voivat muuttua istunnosta toiseen.

    PuTTy:
    ssh -N -L 8889:localhost:8889 john@r07c49.bullx
    Set Source (8889) and Destination (localhost:8889) in:
    PuTTy -> Connection -> SSH -> Tunnels

Määritä SSH-tunnelointi kirjautumissolmulle PuTTyllä. Lisää porttiohjaus kohdassa PuTTy -> Connection -> SSH -> Tunnels :
- Lähdeportti: 8889.
- Kohde: localhost:8889
- Pidä tyyppinä 'Local'.
- Napsauta 'Add'.
Määritä SSH-tunnelointi kirjautumissolmulta laskentasolmulle kohdassa PuTTy -> Connection -> SSH:
- Etäkomento: ssh -N -L 8889:localhost:8889 john@r07c49.bullx 3: Valitse Open yhteyden käynnistämiseksi.