Roihun käytön aloittaminen

Tässä oppaassa oletetaan, että CSC:n supertietokoneet, kuten Puhti, Mahti tai LUMI, ovat sinulle ennestään tuttuja.

Jos CSC:n järjestelmät ovat sinulle uusia, aloita supertietokoneiden käytön aloitusoppaasta.

Laajempaa johdatusta varten suosittelemme CSC Computing Environment -itseopiskelukurssia, joka kattaa CSC:n supertietokoneiden käytön perusteet, mukaan lukien yhteyden muodostamisen Roihuun, ohjelmistojen ja datan hallinnan sekä töiden lähettämisen.

Roihun käyttöä varten tarvitset CSC-käyttäjätunnuksen ja projektin, jossa Roihu-palvelu on otettu käyttöön. Lue lisää CSC-käyttäjätunnuksista ja projekteista.

Roihun käytön aloittaminen

Keskeiset erot Puhtiin ja Mahtiin verrattuna

Ennen kuin aloitat, huomioi seuraavat tärkeät erot:

SSH-tunnistautuminen vaatii lyhytikäisiä varmenteita (24 h)
CPU- (x86) ja GPU- (ARM) ympäristöille on erilliset kirjautumissolmut ja CPU-arkkitehtuurit
CPU-solmuilla rakennettuja ohjelmistoja ei voi käyttää GPU-solmuilla (eikä päinvastoin)
Levykiintiöiden laajennukset eivät siirry automaattisesti aiemmista Puhti-/Mahti-projekteista

Nämä erot vaikuttavat useimpiin työnkulkuihin, joten lue alla olevat osiot huolellisesti.

Lisää Roihu palveluksi

Ennen kuin alat käyttää Roihua, sinun täytyy ottaa se käyttöön projektisi palveluna MyCSC:ssä.

Projektipäälliköt

Jos sinulla on jo laskentaprojekti esimerkiksi Mahtia tai Puhtia varten, voit lisätä Roihun kyseiseen projektiin palveluksi. Olemassa olevia CPU-, GPU- ja tallennuksen laskutusyksiköitä (BUs) voi käyttää myös Roihussa, joten sinun ei tarvitse hakea lisää laskutusyksiköitä (BUs) Roihua varten, jos projektissasi on vielä BUs-yksiköitä käytettävissä.

Jos sinulla ei vielä ole laskentaprojektia, hae sellaista MyCSC:ssä noudattamalla ohjeita uutta projektia luotaessa.

Roihun lisääminen palveluksi:

Mene osoitteeseen my.csc.fi ja kirjaudu sisään esimerkiksi HAKA-tunnistautumisella
Siirry "Profile"-osioon ja tarkista oikeasta alakulmasta, että henkilöllisyyden varmuustasosi (LoA) on medium tai high
- Jos LoA-tasosi on low, sinun täytyy nostaa sitä päästäksesi käyttämään Roihua. Katso ohjeet LoA-tason nostamiseen.
Siirry "Projects"-osioon ja avaa projektisi.
Napsauta oikean reunan Services-välilehdellä vaihtoehtoa "+ Add services".
Valitse Roihu, napsauta Next ja vahvista valinta.

Huomaa, että voi kestää muutaman minuutin ennen kuin Roihu on sinun ja muiden projektin jäsenten käytettävissä.

Entä jos tarvitsen enemmän levykiintiötä Roihussa?

Oletuslevykiintiöt ovat Roihussa rajoittavammat kuin Mahdissa ja Puhdissa.

	Kapasiteetti	Tiedostojen määrä
home	15 GiB	150 000 tiedostoa
projappl	15 GiB	150 000 tiedostoa
scratch	250 GiB	500 000 tiedostoa

Kun olet lisännyt Roihu-palvelun projektiisi, voit hakea projektille levykiintiön korotusta MyCSC:ssä.

Siirry MyCSC:ssä projektiisi, jossa Roihu on käytössä.
Etsi "Services"-välilehdeltä Roihu ja napsauta Configure.
Määritä kohdassa "Quota settings", kuinka paljon kiintiötä tarvitset, ja perustele pyyntösi tekstikentässä.

Katso lisätietoja ja haettavissa olevat enimmäislevykiintiöt osiosta "levykiintiöiden kasvattaminen".

Projektin jäsenet

Kun projektipäällikkösi on hakenut Roihu-palvelua, saat sähköpostin, jonka otsikko on "Roihu supercomputer for your use".

Hyväksy sen jälkeen Roihun käyttöehdot seuraavien ohjeiden mukaisesti:

Mene osoitteeseen my.csc.fi ja kirjaudu sisään esimerkiksi HAKA-tunnistautumisella
Siirry "Profile"-osioon ja tarkista oikeasta alakulmasta, että henkilöllisyyden varmuustasosi (LoA) on medium tai high
- Jos LoA-tasosi on low, sinun täytyy nostaa sitä päästäksesi käyttämään Roihua. Katso ohjeet LoA-tason nostamiseen.
Siirry "Projects"-osioon ja avaa projektisi.
Avaa Roihu oikean reunan Services-välilehdellä
Hyväksy käyttöehdot.

Kun Roihu on lisätty projektiisi, voit muodostaa yhteyden järjestelmään. Huomaa, että yhteyden muodostaminen voi onnistua vasta muutaman minuutin viiveen jälkeen.

Yhteyden muodostaminen

Muodosta yhteys Roihuun joko käyttämällä:

SSH-asiakasohjelmaa
Roihun selainkäyttöliittymää

SSH-asiakasohjelma

Yhteyden muodostaminen SSH:n kautta:

Ota SSH-avaimet käyttöön (samoin kuin Puhdissa/Mahdissa)
Uutta: Allekirjoita julkinen avaimesi ja lataa varmenne
- Varmenteet ovat voimassa 24 tuntia
- Katso ohjeemme varmenteiden hallintaan: Julkisten SSH-avainten allekirjoittaminen

Alustakohtaiset ohjeet löytyvät täältä:

Lue yksityiskohtaiset ohjeet SSH-avainten ja varmenteiden hallintaan.

Erilliset CPU- ja GPU-ympäristöt

Roihussa on eri CPU-arkkitehtuurit Roihu-CPU:ssa (x86) ja Roihu-GPU:ssa (ARM). Siksi ohjelmien rakentamiseen ja töiden lähettämiseen niiden omille solmuilleen on erilliset kirjautumissolmut:

roihu-cpu.csc.fi
roihu-gpu.csc.fi

Yhteysesimerkki (Roihu-CPU):

# Replace <username> with the name of your CSC user account.

ssh <username>@roihu-cpu.csc.fi

Tärkeää:
- Roihu-CPU-solmuilla käännetyt ohjelmistot toimivat vain Roihu-CPU-solmuilla
- Roihu-GPU-solmuilla käännetyt ohjelmistot toimivat vain Roihu-GPU-solmuilla
- Tämä koskee myös Python-ympäristöjä

Kaikki kirjautumissolmut käyttävät silti samaa tiedostojärjestelmää, joten tiedostosi ovat käytettävissä kaikista niistä.

Roihun selainkäyttöliittymä

Yksinkertaisin tapa muodostaa yhteys Roihuun on käyttää selainkäyttöliittymää.

Mene osoitteeseen www.roihu.csc.fi.
Kirjaudu sisään HAKA-, Virtu- tai CSC-käyttäjätunnuksellasi. Monivaiheinen tunnistautuminen (MFA) vaaditaan.

Tutkimusdatan siirtäminen

Puhti ja Mahti poistuivat käytöstä 15. lokakuuta 2026, eikä niiden levyille ole enää pääsyä.

Jos haluat kopioida dataa Roihuun omalta tietokoneeltasi tai toiselta palvelimelta, katso Datan siirtäminen. Altaassa olevan datan osalta katso Altaan käyttö Roihussa.

Tarkista vapaa tilasi Roihussa komennolla csc-workspaces ja siirrä järjestelmään vain se, mitä tarvitset.

Jos projektisi oletustallennuskiintiöt eivät riitä, hae levykiintiön korotuksia erikseen MyCSC:ssä.

Ohjelmistojen asentaminen

Ennen kuin asennat mitään, tarkista, onko ohjelmisto jo saatavilla:

Esiasennettujen sovellusten luettelo
module spider <software name>

Jos ohjelmisto ei ole saatavilla moduulina, valitse tarpeidesi mukaan jokin seuraavista lähestymistavoista:

C/C++/Fortran-koodin kääntäminen

C-, C++- tai Fortran-ohjelmointikielillä kirjoitettu HPC-ohjelmisto täytyy kääntää ennen asentamista.

Ohjeet saatavilla olevista kääntäjistä ja suositelluista vaihtoehdoista löytyvät ohjelmistojen kääntämistä koskevista ohjeista:

Kontit

Roihu tukee Apptainer-/Singularity-kontteja konttipohjaisiin asennuksiin. Useimmissa tapauksissa valmiit Docker-kontit voidaan helposti muuntaa Apptainer-kuvaksi. Toinen vaihtoehto on rakentaa oma kontti alusta alkaen. Voit rakentaa kontteja Roihun peruskonttien päälle, joissa on sama ohjelmistopino kuin moduulijärjestelmän kautta natiivisti saatavilla. Peruskontit on rakennettu Rocky Linux 9:n päälle.

Roihun CPU-peruskontti (~4 GB)Roihun GPU-peruskontti (~16 GB)Roihun ML/AI GPU -peruskontit

Peruskontteja on saatavilla:

satama.csc.fi/r_installation_spack/core-cpu-gcc-15.2.0:v2026_03

Rakennusmääritystiedosto:

container.def

Bootstrap: docker
From: satama.csc.fi/r_installation_spack/core-cpu-gcc-15.2.0:v2026_03

%post
    # Activate module environment and load default modules.
    . /opt/activate.sh
    # Build your application here:

%runscript
    . /opt/activate.sh
    exec "$@"

Kontteja rakennettaessa aseta Apptainerin välimuistihakemisto osoittamaan $TMPDIR-hakemistoon, jotta kotihakemistosi kiintiö ei täyty.

export APPTAINER_CACHEDIR=$TMPDIR
apptainer build --fakeroot container.sif container.def

Nyt voit suorittaa komentoja kontin sisällä ympäristö aktivoituna seuraavasti:

apptainer run container.sif mycmd

Peruskontteja on saatavilla:

satama.csc.fi/r_installation_spack/core-gpu-gcc-15.2.0-cuda-13.1.1:v2026_03
satama.csc.fi/r_installation_spack/core-gpu-gcc-14.3.0-cuda-12.9.1:v2026_03
satama.csc.fi/r_installation_spack/core-gpu-gcc-13.4.0-cuda-12.6.3:v2026_03

Rakennusmääritystiedosto:

container.def

Bootstrap: docker
From: satama.csc.fi/r_installation_spack/core-gpu-gcc-14.3.0-cuda-12.9.1:v2026_03

%post
    # Activate module environment and load default modules.
    . /opt/activate.sh
    # Build your application here:

%runscript
    . /opt/activate.sh
    exec "$@"

Kontteja rakennettaessa aseta Apptainerin välimuistihakemisto osoittamaan $TMPDIR-hakemistoon, jotta kotihakemistosi kiintiö ei täyty.

export APPTAINER_CACHEDIR=$TMPDIR
apptainer build --fakeroot container.sif container.def

Nyt voit suorittaa komentoja kontin sisällä ympäristö aktivoituna seuraavasti:

apptainer run --nv container.sif mycmd

Koneoppimisen/tekoälyn peruskontteja on saatavilla.

Nämä kontit on rakennettu Rocky Linux 9.7:n päälle, ja Python 3, MPI sekä CUDA on asennettu RPM-paketeilla. Tämä lähestymistapa tuottaa kontin, joka ei ole identtinen Roihun isäntäjärjestelmän kanssa, mutta jota voi joissakin tapauksissa olla helpompi laajentaa kuin tavallisia peruskontteja.

satama.csc.fi/r_installation_aida/ml-base:rocky9.7_gcc12_py3.12_cuda12.9
satama.csc.fi/r_installation_aida/ml-base:rocky9.7_gcc12_py3.12_cuda13
satama.csc.fi/r_installation_aida/pytorch-base:2.10_cuda13_roihu - ml-base-kuva, johon on lisätty PyTorch 2.10:n peruspaketit
satama.csc.fi/r_installation_aida/pytorch:2.10_cuda13_roihu - täydellinen PyTorch-asennus (sama kuin CSC:n moduulissa)
satama.csc.fi/r_installation_aida/vllm:0.19.1_cuda12.9_roihu - vLLM-kontti (sama kuin CSC:n moduulissa)

Rakennusmääritystiedosto:

container.def

Bootstrap: docker
From: satama.csc.fi/r_installation_aida/ml-base:rocky9.7_gcc12_py3.12_cuda13

%post
    # Build your application here:

Kontteja rakennettaessa aseta Apptainerin välimuistihakemisto osoittamaan $TMPDIR-hakemistoon, jotta kotihakemistosi kiintiö ei täyty.

export APPTAINER_CACHEDIR=$TMPDIR
apptainer build --fakeroot container.sif container.def

Nyt voit suorittaa komentoja kontin sisällä. Esimerkiksi python3:n käynnistämiseksi:

apptainer exec --nv --bind=$(csc-common-bind) container.sif python3

Lisätietoja konttien käytöstä CSC:n laskentaympäristössä löytyy alla olevista linkeistä:

Spack

Spack on joustava paketinhallintatyökalu, jota voidaan käyttää ohjelmistojen asentamiseen supertietokoneille sekä Linux- ja macOS-järjestelmiin. Perusmoduulipuu, mukaan lukien kääntäjät, MPI-kirjastot ja monet CSC:n supertietokoneissa saatavilla olevat ohjelmistot, on asennettu Spackilla. Spack muistuttaa EasyBuild-paketinhallintatyökalua, jota käytetään laajasti LUMIssa.

CSC tarjoaa Roihussa käyttäjille Spack-moduuleja, joita voidaan käyttää ohjelmistojen rakentamiseen saatavilla olevien kääntäjien ja kirjastojen päälle. On myös mahdollista asentaa moduulipuussa saatavilla olevista paketeista erilaisia räätälöityjä versioita erityisiä käyttötapauksia varten.

Katso tästä lyhyt opas ohjelmistojen asentamiseen Roihussa Spackin avulla.

Python/R-ympäristöt

Parhaiden käytäntöjen ohjeet omien Python- ja R-pakettien asentamiseen löytyvät alla olevilta Python-, R- ja Tykky-konttikääresivuilta.

Ensimmäisen työn suorittaminen

Roihu käyttää Slurmia samaan tapaan kuin Puhti ja Mahti.

Perustyövuo:

Luo työskripti, jossa
- määrittelet työsi resurssit (aika, muisti, ytimet)
- lataat tarvittavat moduulit
- käynnistät suoritettavan ohjelman
Lähetä eräajotyösi jonotusjärjestelmään
Odota työn valmistumista ja tarkista sen tuloste

Katso yksityiskohtaiset tiedot alla olevasta dokumentaatiosta:

Yleisiä Slurm-virheilmoituksia varten katso UKK:mme Miksi eräajotyöni epäonnistuu?.