Laajennetut ohjeet Maestron käyttöön CSC:llä

Page undergoing cleanup after Puhti and Mahti retirement

This page contains outdated references to Puhti and/or Mahti, which have now been decommissioned. The page is undergoing changes to reflect CSC's new supercomputer Roihu.

Learn more about Roihu.

Lue ensin varsinainen CSC Maestron sivu ja tutustu sitten alla oleviin tehokäyttäjän ja erityistapausten ohjeisiin. Alempana on myös vaiheita ongelmien ratkaisemiseen tai diagnosointiin sekä datan valmistelemiseen tukipyyntöjä varten.

Laajennetut ohjeet Maestron käyttöön CSC:llä

Itsenäiset ajot Puhdissa

Huomio

Kaikki Maestro-ajot on suoritettava laskentasolmuilla jonotusjärjestelmän kautta. Älä suorita mitään Maestro-ajoja, mukaan lukien GUI:ta, kirjautumissolmuilla. Kirjautumissolmulla suoritetut Maestro-ajot lopetetaan ilman varoitusta.

Suositeltu tapa suorittaa Maestro-ajoja Puhdissa on luoda syötetiedostot paikallisella tietokoneellasi ja niiden suorittamisen sijaan kirjoittaa ne levylle. Menettely näytetään videolla Maestron pääsivullamme. Käytä esimerkiksi paikallisella koneellasi scp:tä kopioidaksesi syötteet Puhtiin (muokkaa käyttäjätunnuksesi ja projektisi vastaavasti):

scp -r my_job <your username>@puhti.csc.fi:/scratch/<your project>

Huomaa, että scp toimii myös Windows PowerShellissä. Katso Miten siirrät dataa CSC:n ja paikallisen työasemasi välillä, jos haluat muita vaihtoehtoja.

Kun kaikki syötetiedostot sisältävä kansio my_job on kopioitu:

Ota SSH-yhteys Puhtiin.
Lataa Maestro-moduuli.
Siirry syötehakemistoon.

ssh <your username>@puhti.csc.fi
module load maestro
cd /scratch/<your project>/my_job

Työ lähetetään laskentasolmulle tai -solmuille suorittamalla Maestron kirjoittama job_name.sh-skripti. Se muotoilee tehtävän tai tehtävät Slurm-eräajoksi tai -eräajoiksi ja pyytää resurssit Puhtin $HOME-hakemistossasi olevan schrodinger.hosts-tiedoston valitun HOSTin mukaisesti.

bash job_name.sh  # huomaa `bash`:n käyttö, ei `sbatch`!

Kun simulointi on päättynyt, kopioi tulosteet takaisin paikalliselle tietokoneellesi analysointia varten. Suorita paikallisella koneellasi esimerkiksi scp uudelleen:

scp -r <your username>@puhti.csc.fi:/scratch/<your project>/my_job .

Huomaa, että voit käyttää tiedostojen kopiointiin Puhtin ja paikallisen tietokoneesi välillä myös esimerkiksi Puhdin selainkäyttöliittymää.

Toinen edistyneempi vaihtoehto on käyttää esimerkiksi pipeline-työkalua, jonka avulla voit ohittaa osan Schrödingerin jobcontrol-mekanismista, mutta tällöin sinun täytyy kirjoittaa työskripti itse. Tästä voi olla hyötyä, jos jotkin alityösi päättyvät odottamatta. Tässä tapauksessa kirjaa ylös kyseiset JobId:t ja ota meihin yhteyttä.

Tämän artikkelin loppuosa selittää joitakin Puhdin toteutuksen yksityiskohtia ja auttaa tehokkaiden simuloinnin työnkulkujen rakentamisessa.

Maestro `schrodinger.hosts` -tiedosto

Tämä tiedosto määrittää resurssit, joita työsi voivat saada joko paikallisesti tai jonotusjärjestelmästä. Jotta voit käyttää suositeltua menettelyä, sinun täytyy muokata paikallista (omalla tietokoneellasi olevaa) schrodinger.hosts-tiedostoa niin, että siinä ovat samat HOSTit, joita haluat käyttää Puhdissa. Windowsissa tämä vaatii järjestelmänvalvojan oikeudet.

Puhdissa Maestro valittaa tämän tiedoston sijainnista, mutta jätä se huomiotta, se on kunnossa. Tiedoston luo skripti (näytetään ruudullasi, kun suoritat module load maestro), joka sinun täytyy ajaa, jos tiedostoa ei ole olemassa.

Kuten skripti pyytää, valitse laskentaprojekti, jota käytetään CPU/GPU-käyttöön ja scratch-tallennustilaan. Löydät varsinaiset Slurm-valinnat schrodinger.hosts-tiedoston HOST-kuvauksista. Jos työsi vaativat resursseja, joita mikään ennalta määritellyistä HOST-kuvauksista ei tarjoa, voit vapaasti muokata tiedostoa.

Puhdissa voit tarkastella schrodinger.hosts-tiedostoa komennolla:

less $HOME/schrodinger.hosts

Paikallisella tietokoneellasi tämä tiedosto sijaitsee Maestron asennushakemistossa, esimerkiksi Windowsissa polussa C:\Program Files\Schrodinger-version\schrodinger.hosts

Pitkän otsakeosan ja localhost-merkinnän jälkeen sinun pitäisi nähdä Puhdin HOST-merkinnät suunnilleen seuraavasti:

name:        test
queue:       SLURM2.1
qargs:       -p test -t 00:10:00 --mem-per-cpu=2000 --account=project_2042424
host:        puhti-login11
processors:  4

Esimerkiksi tämä HOST-merkintä, joka on Schrödinger-ajoille käytettävissä nimellä test (kohdasta name: test), käyttää Slurm-osiota test (kohdasta -p test), varaa enintään 10 minuuttia aikaa, 2 Gt muistia ja kuluttaa resursseja projektista Project_2042424. Jos tarvitset erilaisia resursseja, voit muokata tätä tiedostoa esimerkiksi lisäämällä uuden merkinnän. Pyyntöjen on pysyttävä osioiden rajoissa.

Jos schrodinger.hosts-tiedostossasi Puhdissa ei ole määriteltynä --account=<project>-asetusta, poista tiedosto ja suorita skripti uudelleen sen luomiseksi (module load maestro tulostaa skriptin polun, kopioi/liitä se komentoriville). Sinun ei tarvitse määrittää --account=-asetusta paikallisessa schrodinger.hosts-tiedostossasi. Paikallisessa tiedostossasi riittää, että eri HOST-merkinnät ovat olemassa (ja että GPU-merkinnöissä on GPU:t määriteltyinä).

Huomaa, että HOST-merkinnät ja Slurm-osiot (tai jonot) ovat kaksi eri asiaa. HOST-merkinnät määrittävät resurssit Slurm-osioiden avulla.

Miten simulaatioita voi nopeuttaa?

Kaikki muut Maestro-moduulit ajavat sarjallisia töitä paitsi Jaguar ja Quantum Espresso, jotka voivat ajaa "oikeasti" rinnakkaisia töitä. Älä valitse "parallel"-HOSTia millekään muulle työtyypille. MPI-rinnakkaisten töiden sijaan Maestro-moduulit tyypillisesti jakavat työkuorman useisiin osiin, joista kukin voidaan ajaa muista riippumatta. Maestron dokumentaatiossa on erinomainen osio tästä aiheesta. Dokumentaatiossa siirry kohtaan "Getting started" > "Running Schrödinger Jobs" > "Running Distributed Schrödinger Jobs".

On tyypillistä käsitellä suuri määrä molekyylejä osana tiettyä työkuormaa. Jos molekyylejä on riittävästi, voit jakaa koko joukon pienempiin osajoukkoihin ja käsitellä jokaisen osajoukon erillisenä työnä. Maestro-moduuleissa on helppokäyttöiset vaihtoehdot alitöiden määrän määrittämiseen. Sinun täytyy kuitenkin tietää etukäteen, kuinka monta alityötä käynnistät. Periaatteessa tämä edellyttää tietoa siitä, kuinka kauan yhden molekyylin käsittely kestää, tai testausta jokaiselle eri käyttötapaukselle.

Tärkeä huomio

Kun alat työskennellä uuden järjestelmän tai aineiston kanssa, älä testaa syntaksin oikeellisuutta 1 000 000 molekyylillä ja 1000 alityöllä. Aloita sen sijaan esimerkiksi 50 molekyylillä ja 2 alityöllä. Opi, kuinka kauan yhden molekyylin käsittely kestää, varmista että lähetyssyntaksisi on oikein, säädä tarvittaessa parametreja ja skaalaa vasta sitten ylöspäin.

Jos käytät GUI:ta työskriptin luomiseen, määritä kuinka monta (ali)työtä (prosessoria) haluat käyttää. Voit helposti muokata tätä myöhemmin lähetysskriptissä, jos muutat mieltäsi.

"Oletus"-lähetysskripti toimii sellaisenaan pienille töille. Varmista vain, ettet pyydä liian montaa (ali)työtä. Nyrkkisääntönä jokaisen alityön tulisi kestää vähintään 1 tunti ja erittäin suurissa töissä mieluiten 24 tuntia. Suuren määrän hyvin lyhyitä töitä ajaminen on tehotonta monella tavalla ja voi heikentää järjestelmän suorituskykyä kaikille käyttäjille, katso suurivolyymisen laskennan ohjeemme. Suurissa työnkuluissa sinun täytyy muokata skriptejäsi, katso alla.

Quantum ESPRESSO

Usean solmun töiden ajaminen "parallel"-HOSTilla toimii hyvin Quantum ESPRESSOn kanssa, kun sopivat rinnakkaistusliput määritetään huolellisesti. Oletusrinnakkaistus tapahtuu aaltotasoilla, jos muita asetuksia ei määritetä. Tämän parantamiseksi k-pisteet (jos niitä on enemmän kuin yksi) voidaan jakaa "pool"-ryhmiin -npools-lipulla. Lisäksi, kun ajetaan useilla sadoilla ytimillä, skaalautuvuutta voidaan edelleen parantaa jakamalla kukin pool "task group" -ryhmiin, mikä jakaa Kohn-Sham-tilojen Fast Fourier Transformeihin (FFT) liittyvän työkuorman. Tämä tehdään -ntg-lipulla. Jotta MPI-prosessien kuormantasaus olisi hyvä, k-pistepoolien määrän tulisi olla k-pisteiden määrän kokonaislukutekijä ja FFT-rinnakkaistuksen prosessorimäärän tulisi olla sileän FFT-hilan kolmannen ulottuvuuden kokonaislukutekijä (tämän voi tarkistaa tulostetiedostosta komennolla grep "Smooth grid" *.out). Muita rinnakkaistustasoja esitellään QE-dokumentaatiossa.

QE:n rinnakkaistusasetukset voidaan määrittää Maestro GUI:n QE-laskentapaneelin Job Settings -ikkunassa. Esimerkiksi 160 ytimen työn ajaminen Puhdissa (4 solmua) voitaisiin rinnakkaistaa asetuksilla -npools 4 -ntg 4 siten, että jokaiselle k-pistepoolille annetaan 40 ydintä, jotka edelleen jaetaan 4 task group -ryhmään, joissa kussakin on 10 ydintä.

Kokonaiset solmut käyttöön

Kun ajat Maestro-moduuleita, kuten Quantum ESPRESSOa, useilla solmuilla, muista pyytää nimenomaisesti sopiva määrä solmuja muokkaamalla schrodinger.hosts-tiedostoa --nodes=<number of nodes>-lipulla. Kokonaisten solmujen pyytäminen estää työn pirstoutumisen ja vähentää ylimääräistä viestintää tarpeettomien solmujen välillä. Suurissa alitöissä sinun voi myös olla tarpeen säätää schrodinger.hosts-tiedostossa pyydettyä aikaa ja muistia tarpeidesi mukaan.

HOST-valinta

Yhden ytimen työ, jota ohjainprosessi tarvitsee, ei voi ajaa Puhdin large-osiossa. Jotta voit ajaa usean solmun alitöitä, sinun täytyy muokata GUI:n luomaa lähetysskriptiä määrittämällä erillinen ohjain-HOST (esim. -DRIVERHOST interactive -SUBHOST parallel, katso myös alla).

Seuraavat kuvat näyttävät PSIWAT-vertailutestin (2552 elektronia, 4 k-pistettä, Maestro 2021.3, puhdas MPI) ratkaisuajan ja skaalautuvuuden.

QE scaling

Skaalautuvuus on lähes ideaalinen 4 solmuun asti käytettäessä asetuksia -npools 4 -ntg 4 .
Tällä järjestelmällä ja QE-binäärillä suorituskyky ei skaalaudu yli 320 ytimen.
Varmista aina oman järjestelmäsi sopiva skaalautuvuus ennen suurten usean solmun töiden ajamista (vähintään 1,5-kertainen nopeutuminen, kun ytimien määrä kaksinkertaistetaan).

Lisäliput Maestro-moduuleille

Eri moduuleilla on erilaisia vaihtoehtoja. Voit asettaa osan niistä GUI:ssa, mutta lisää vaihtoehtoja voi löytyä -h-lipulla, esimerkiksi:

glide -h

missä glide olisi Maestro-moduuli, jonka haluat suorittaa, kuten qsite, pipeline, bmin, ligprep jne.

Maestron dokumentaatiossa on hyvä yhteenveto eri moduulien eri vaihtoehdoista. Dokumentaatiossa siirry kohtaan "Getting started" > "Running Schrödinger Jobs" > "Running Distributed Schrödinger Jobs".

Yksinkertainen HOST-valinta

Töille, jotka valmistuvat noin kahdessa päivässä ja ajavat 10 alityötä, käytä vain:

-HOST normal_72h:10

tai jos ne kaikki valmistuvat 14 päivän kuluessa, käytä:

-HOST longrun:10

Jos sinulla on työnkulku, joka kestää pidempään, jatka lukemista.

Edistynyt HOST-valinta

Yleisenä tavoitteena on, että "ohjainprosessi" ajetaan sellaisella "HOSTilla", joka pysyy elossa koko työnkulun keston ajan. Hyviä vaihtoehtoja ovat interactive ja longrun, jos arvioit koko työnkulun kestävän yli 3 päivää (jonotus mukaan lukien). "Ohjainprosessi", joka ei käytä paljon CPU:ta, on sallittu myös kirjautumissolmulla, mutta alityö ei ole. Älä koskaan lähetä töitä Puhdin kirjautumissolmuilta asetuksella -HOST localhost. On ok, jos luot oman eräajoskriptin tai käytät interaktiivista istuntoa ja käytät localhostia laskentasolmulla, mutta tämä koskee vain erityistapauksia eikä sitä käsitellä tällä sivulla.

Aseta "driver" tai "master" ajettavaksi HOSTilla, joka sallii pitkät ajoajat (jos kyseessä on suuri laskenta). Ohjaimen täytyy pysyä käynnissä koko työnkulun ajan, muuten alityösi todennäköisesti päätyy fizzled-tilaan. Voit käyttää "interactive"-HOSTia, joka sallii 7 päivää yhdelle ytimelle, tai "longrun"-HOSTia, joka sallii 14 päivää. Jos sinun täytyy ajaa useita työnkulkuja samanaikaisesti, valitse seuraaville ohjaimille "longrun". Molemmissa tapauksissa valitse jokin "normal"- HOST (eli "small" Slurm -osio) (ali)töille. Sopiva jakaminen vähentää jonotusaikaa. Longrun-HOSTin pyytäminen "varmuuden vuoksi" ei ole kiellettyä, mutta voi johtaa tarpeettomaan jonotukseen.

Saatat pystyä asettamaan alitöiden määrän jo GUI:ssa. Tyypillisesti se asettaa "prosessorien määrän", joka monissa ohjaimissa vastaa alitöiden määrää. Vaihtoehtoisesti saatat pystyä asettamaan myös alitöiden määrän. Tämän avulla voit rajoittaa samanaikaisten töiden määrää "processor count" -asetuksella (jotta sinulta ja muilta ei lopu lisenssejä), mutta pitää yksittäisen alityön sopivan kokoisena. Tutustu ohjaimesi ohjetekstiin yllä kuvatun Help-polun kautta.

Yhteenvetona: suuren työnkulun tapauksessa muokkaa GUI:n luomaa skriptiä esimerkiksi muotoa -HOST "normal_72h:10" -> -HOST "longrun:1 normal_72h:9" tai esimerkiksi muotoa -HOST "normal_72h" -> -HOST "interactive:1 normal_72h:9". Toinen vaihtoehto on käyttää eksplisiittisiä lippuja, -DRIVERHOST interactive -SUBHOST normal_72h.

Huomaa, että interactive-HOSTissa voi olla samanaikaisesti käynnissä vain kaksi työtä.

Desmond-ajoissa voi olla GUI:n asettama -HOST gpu -lippu, mutta Windows-käyttäjien täytyy vaihtaa kauttaviiva "/" kenoviivaksi "\" binäärin nimessä.

Ohjekirjan ensisijaiset job control -ohjeet

Yksityiskohtaisempi käsittely edistyneistä töistä löytyy Maestron dokumentaatiosta GUI:n kautta tai Schrödingerin verkkosivustolta:

"Getting Started" > "Running Schrödinger Jobs" > "Running Schrödinger Applications from the Command Line" > "The HOST, DRIVERHOST, and SUBHOST Options"

sekä taulukko ohjainprosessien käytännöistä kohdasta:

"Getting started" > "Running Schrödinger Jobs" > "Running Distributed Schrödinger Jobs"

Alitöiden määrän tai alityötä kohden käsiteltävien molekyylien määrän asettaminen

Vinkki

Jos et tiedä, kuinka kauan koko työnkulkusi kestää, älä pyydä enempää kuin 10 alityötä ja/tai NJOBS. Enemmän ei ole aina parempi! Jos sinulla on erittäin suuria tapauksia, älä ylitä 50 samanaikaista (ali)työtä.

Esimerkiksi glide-moduulin "run settings dialog" tarjoaa kolme vaihtoehtoa:

Suositeltu alitöiden määrä.
Täsmälleen (täytä tähän) alityötä.
Alityöt, joissa on enintään (täytä tähän) ligandiä kussakin.

Pyri sellaisiin lukuihin, että keskimääräinen alityö kestää 1–24 tuntia. Tämä varmistaa, että alityökohtainen yleiskustannus pysyy pienenä ja tarjoaa samalla tehokkaan rinnakkaistuksen, eli saat tulokset nopeasti ja jokaisella alityöllä (samoin kuin master-työllä) on aikaa valmistua.

Älä aja alitöitä, jotka valmistuvat alle 15 minuutissa. Voit tarkistaa alityön keston jälkikäteen komennolla seff ja käyttää tätä tietoa seuraavissa töissäsi: seff <slurm jobid>.

Jos alityöltä loppuu aika kesken, etsi sanaa "restart" Schrödinger Knowledge Basesta moduulillesi, ja/tai tarkista uudelleen ohjaimesi vaihtoehdot -h-lipulla. Useimmat työt voidaan käynnistää uudelleen, joten et menetä valmista työtä tai käytettyjä resursseja.

Jos valitset liian monta alityötä, Maestro voi mennä sekaisin Slurm-viesteistä ja ongelman selvittäminen voi olla vaikeaa. Lisäksi liian monen alityön ajaminen samanaikaisesti voi johtaa lisenssitokenien loppumiseen, ja jonossa odottamiseen käytetty aika menee hukkaan.

Levyn käytön optimointi

Puhdin Schrödinger-HOSTeja ei ole määritetty käyttämään paikallista NVMe-levyä, joka on saatavilla vain joillakin laskentasolmuilla. Koska useimmat työt eivät hyödy NVMe-levystä nopeuden kannalta, pääset todennäköisesti jonoon nopeammin, kun et pyydä sitä. Jos työsi tekee paljon I/O-operaatioita, ota yhteyttä CSC:n asiakastukeen saadaksesi ohjeet nopean levyn pyytämiseen. Ainoa töille käytettävissä oleva levy on sama, jossa syötetiedostosi jo ovat. Siksi tiedostojen kopioiminen "väliaikaiseen" sijaintiin työn alussa ei ole järkevää.

Maestro GUI:n ajaminen Puhdissa

Puhdin selainkäyttöliittymän Desktop-sovellusta voidaan käyttää Maestro GUI:n ajamiseen Puhdissa. Suorituskyky voi kuitenkin olla hitaampi kuin GUI:n ajaminen paikallisesti (suositeltu tapa). GUI:n ajaminen Puhdissa SSH:n yli käyttäen SSH:n X11-välitystä ei ole suositeltavaa, koska sen suorituskyky on erittäin heikko.

Lisenssien saatavuus

CSC:n Maestro-lisenssissä on kiinteä määrä tokeneita, jotka ovat kaikkien käytettävissä. Ensin Maestro käyttää moduulikohtaisia tokeneita, joita on paljon kutakin moduulia varten. Jos ne loppuvat, saman tyyppisiä töitä voidaan ajaa lisää yleisillä tokeneilla, mutta kun ne loppuvat, kukaan ei voi enää ajaa kyseisen tyyppisiä töitä (tai uusia töitä, jotka tarvitsevat yleisen tokenin). Tätä tilannetta tulisi siis välttää. Kun työ päättyy, tokenit vapautuvat ja ovat jälleen kaikkien käytettävissä.

Voit tarkistaa tällä hetkellä saatavilla olevat lisenssit (tokenit) komennolla:

$SCHRODINGER/run lictool status

Huomaa, että jotkin Maestro-työkalut tai työnkulut käyttävät useita moduuleita ja siten lisenssejä tai tokeneita useista moduuleista. Tyypillisesti yksi käynnissä oleva moduulin instanssi (työ tai alityö) vaatii useita tokeneita. Esimerkiksi Desmond- ja Glide-ajot käyttävät kumpikin 8 tokenia.

CPU-aika (CPU Billing Units) on eri resurssi eikä liity lisenssitokeneihin millään tavalla. Kun laskutusyksiköt (BUs) loppuvat, sinä tai projektipäällikkösi voitte hakea lisää MyCSC-portaalin kautta.

Fizzled-tilaan päätyneet työt

Joskus työt käynnistyvät, mutta eivät valmistu. Työn tila, jonka jobcontrol raportoi (katso alla), on fizzled. Tämä voi johtua useista syistä, mutta jobcontrol-palvelun siivoaminen ja uudelleenkäynnistäminen saattaa auttaa. Kun sinulla ei ole käynnissä Maestro-töitä (Puhdissa), suorita:

$SCHRODINGER/utilities/jserver -cleanall
$SCHRODINGER/utilities/jserver -shutdown

Joskus komento jserver -cleanall ei toimi, koska ohjelma luulee joidenkin töiden olevan yhä käynnissä. Jos haluat pakottaa nämä työt poistettaviksi, suorita:

$SCHRODINGER/jobcontrol -delete -force <jobid>

ennen yllä olevien jserver-komentojen suorittamista. <jobid> tulee korvata jumiutuneen työsi tunnuksella, esimerkiksi puhti-login11-0-626be035.

Toinen syy töiden päätymiseen fizzled-tilaan on liian suuri määrä samanaikaisia töitä. Tutustu virhetiedostoihin mahdollisten vihjeiden löytämiseksi, ja jos kyse on tästä, pyydä vähemmän alitöitä.

Aja testityö ongelmien diagnosoinnin helpottamiseksi

Aja jokin Maestron mukana tulevista testitöistä rajataksesi mahdollisia ongelmia. Suorita Puhdin scratch-hakemistossasi

installation_check -test test

kokeillaksesi testityön ajamista test-HOSTilla. Jos testi onnistuu, ongelma on todennäköisesti syötteessäsi. Tässä tapauksessa siirry alla olevaan postmortem-vaiheeseen.

Tuen pyytäminen

Maestrossa on työkalu nimeltä postmortem, jolla voidaan luoda zip-tiedosto, joka sisältää epäonnistuneen työn tiedot ja Maestro-ympäristön tiedot. Lisää tämä tukipyyntöösi, jotta voimme analysoida ongelmaasi. Suorita Puhdissa ensin:

jobcontrol -list

löytääksesi oikean JobId:n (jotain tyyliin puhti-login11-0-4d34ce08). Tarkista sitten postmortem-työkalun oikeat liput komennolla:

$SCHRODINGER/utilities/postmortem -h

ja luo postmortem-tiedosto komennolla:

$SCHRODINGER/utilities/postmortem <your schrodinger jobid>

Tiedosto voi olla suuri, joten harkitse sähköpostiliitteen lähettämisen sijaan a-flipin käyttöä ja lähetä vain linkki. Katso myös aiempi suositus aloittaa ensin testaamalla pienillä järjestelmillä, sillä näin voit myös käyttää test-HOSTia ja välttää jonottamisen.

Tutustu myös ohjeisiimme tukipyyntöjen kirjoittamisesta. Hyvin laadittu tukipyyntö auttaa meitä ratkaisemaan ongelmasi nopeammin.

Yhteenveto Maestron käytöstä Puhdissa

Testaa työnkulkusi aina ensin pienellä otoksella.
- Huomioi Slurm-osioiden rajat.
Älä aja Maestro GUI:ta kirjautumissolmulla.
- Jos sinun on pakko ajaa GUI:ta Puhdissa, käytä Puhdin selainkäyttöliittymän Desktop-sovellusta.
Älä määritä liian montaa alityötä – optimaalinen alityö kestää 1–24 tuntia.
Älä määritä liian montaa alityötä – samaa lisenssiä käyttää moni tutkija.
Älä aja raskasta "ohjainprosessia" kirjautumissolmulla
- Jos ohjainprosessi on raskas, käytä esimerkiksi -HOST "longrun:1 normal_72h:9" 10 alityölle.
Älä koskaan aja mitään rinnakkaista kirjautumissolmulla.
- Älä käytä skriptissäsi localhost-asetusta, ellet kirjoita omaa eräajoskriptiäsi tai aja Maestroa interaktiivisessa istunnossa.
Lähetä kaikki työt /scratch-alueeltasi.
Jos paikallinen tietokoneesi käyttää Windowsia, muokkaa skriptissäsi \ merkiksi /.
Käytä samaa Maestro-versiota paikallisesti ja Puhdissa.