Hyppää sisältöön

Welcome to our weekly research support coffee hour on Zoom! Click here for more information.

Warning!

Puhti scratch disk is becoming very full (80+ % ) resulting in performance degradation. Everybody is advised to only keep actively processed data on scratch, all other data should be deleted, transferred to host institute or stored in Lumi-O. No new quota will be granted. Click here for a tool for examining your disk usage.

Väliaikaisen PostgreSQL-tietokannan ajaminen SD Desktopissa

  1. Pyydä Service Deskiltä käyttöoikeus tools-for-sd-desktop -työkaluihin tai lataa oma PostgreSQL-singularitykonttisi SD Connectiin. Käynnistä SD Desktop -virtuaalikone, jossa on datallesi riittävän suuri datataltio. Kirjaudu SD Desktopiin, avaa Data Gateway -yhteys SD Connectiin ja avaa pääteistunto.

  2. Luo pääteistunnossa hakemisto /media/volume/psql ja siirry sinne

    mkdir/media/volume/psql
    cd /media/volume/psql
    
  3. Tuo PostgreSQLin sisältävä Apptainer-kontti

    cp $HOME/Projects/SD\ connect/*/tools-for-sd-desktop/apptainer/postgres_14.2-alpine3.15.sif ./
    
  4. Luo käytettävä PostgreSQL-ympäristötiedosto (pg.env)

    module load nano
    nano pg.env
    
  5. Lisää tiedostoon seuraavat asetukset

    export TZ=Europe/Helsinki
    export POSTGRES_USER=pguser
    export POSTGRES_PASSWORD=pg123
    export POSTGRES_DB=mydb
    export POSTGRES_INITDB_ARGS="--encoding=UTF-8"
    

    Tallenna sitten tiedosto ja poistu nanosta.

  6. Luo hakemistot PostgreSQL-palvelinta varten

    mkdir pgdata
    mkdir pgrun 
    
  7. Käynnistä pääteistunnossa screen-istunto ja käynnistä tietokantapalvelin kontin avulla:

    screen
    apptainer run -B pgdata:/var/lib/postgresql/data -B pgrun:/var/run/postgresql -e -C --env-file pg.env postgres_14.2-alpine3.15.sif
    

    Poistu sitten screen-istunnosta painamalla:

    Ctrl-a-d
    

    Palvelimen pitäisi nyt jatkaa toimintaansa screen-istunnossa.

  8. Avaa komentotulkki-istunto PostgreSQL-konttiin. Muista liittää hakemisto, jossa datasi sijaitsee (esimerkiksi /shared-directory)

    apptainer shell -B /shared-directory:/shared-directory postgres_14.2-alpine3.15.sif
    

    Siirry kontin sisällä datahakemistoosi ja aloita työskentely tietokantasi kanssa:

    cd  /shared-directory
    psql -h localhost -p 5432 -d mydb -U pguser
    

    Esimerkiksi

    psql -h localhost -p 5432 -d mydb -U pguser f psql_dump_file.sql
    

Suomenkielinen tekoälykäännös

Sisällössä voi esiintyä virheellistä tietoa tekoälykäännöksestä johtuen.

Klikkaa tästä antaaksesi palautetta