Chipsterin ajaminen SD Desktopissa
Chipster on helppokäyttöinen analyysiohjelmisto suuren läpimenon biotieteellisen datan, kuten Visium-, single-cell- ja bulk RNA-seq -datan, analysointiin. Chipster tarjoaa selainkäyttöliittymän yli 500 analyysityökaluun, joita voidaan yhdistää työnkuluiksi.
Julkinen Chipster-palvelin, joka on saatavilla osoitteessa https://chipster.csc.fi, ei ole tarkoitettu sensitiivisen datan käsittelyyn. Tässä dokumentissa kuvataan, miten voit asentaa oman Chipster-palvelimen SD Desktop -virtuaalikoneeseen sensitiivisen datan analysointia varten.
Ennen asennusta
Chipster-palvelimen asentaminen vaatii merkittävästi tallennusresursseja, ja sen käyttäminen vaatii runsaasti muistia. Tämän vuoksi sinun kannattaa hakea vähintään 1 Tt:n taltio sille virtuaalikoneelle, johon aiot asentaa Chipsterin. Lisäksi, koska jotkin Chipsterin sovellukset vaativat huomattavan paljon muistia, SD Desktop -virtuaalikoneen koon tulisi olla medium computation tai heavy computation. SD Desktopissa Chipster-palvelin on yhteensopiva vain sellaisten SD Desktop -virtuaalikoneiden kanssa, joissa Podman on saatavilla.
Huomaa, että kaikki SD Desktop -koneen käyttäjät voivat käyttää samaa Chipster-palvelinta. Tapauksissa, joissa useat käyttäjät käyttävät samaa palvelinta, on hyvä käytäntö nimetä yksi käyttäjä Chipster manageriksi, joka asentaa ja hallinnoi Chipster-palvelinta.
Asennus
Asennusprosessi alkaa ottamalla yhteyttä CSC:n asiakastukeen (servicedesk@csc.fi), jotta Chipsterin asennustiedostot saadaan saataville. Sisällytä pyyntöön CSC-projektisi Share ID.
Kun sinulla on pääsy asennustiedostoihin, varsinainen asennusprosessi on yksinkertainen. Avaa DataGateway-yhteys. Käytä sitten SD Software installeria CSC tools -työkalupaketin asentamiseen. Avaa seuraavaksi pääte ja anna komento:
Tämä komento käynnistää Chipsterin asennusprosessin, joka kestää 1–2 tuntia ja lataa lähes 200 Gt dataa taltiolle. Kun prosessi on päättynyt onnistuneesti, voit käynnistää paikallisen Chipster-palvelimesi komennolla:
Kun Chipster-palvelin on käynnissä, kaikki SD Desktop VM:n käyttäjät voivat käyttää samaa Chipster-palvelinta. Siksi tämän käynnistyskomennon tulisi suorittaa vain se käyttäjä, joka toimii Chipster-palvelimen ylläpitäjänä. Komennon suorittaminen uudelleen sulkee olemassa olevan palvelimen ja käynnistää uuden. Normaalissa käytössä komentoa start-chipster-server käytetään palvelun käynnistämiseen uudelleenkäynnistyksen jälkeen.
Chipster-palvelimen käyttö
Käynnissä olevaa Chipster-palvelinta voidaan käyttää avaamalla Firefox-selain SD Desktopin sisällä ja muodostamalla yhteys palvelinosoitteeseen:
http://localhost:8000.
Voit kirjautua paikalliseen Chipster-palvelimeen oletuskäyttäjätunnuksella chipster ja salasanalla chipster tai käyttämällä CSC-käyttäjätunnustasi sekä käyttäjätunnuksena että salasanana.
Lisätietoja Chipster-palvelun käytöstä löydät Chipsterin kotisivulta. Pidä mielessä, että Chipsterin ominaisuudet ja työkalut, jotka hyödyntävät ulkoisia palveluita, eivät toimi SD Desktopissa.