Podmanin käyttö SD Desktopissa

Note

Podman on saatavilla vain niissä SD Desktop -virtuaalikoneissa, joissa käyttöjärjestelmä on Podman Ubuntu 22.04. Huomaa, että tällä versiolla istuntojen ajaminen taustalla ei tällä hetkellä toimi.

Podman -konttienhallinta on saatavilla Podman Ubuntu 22 -pohjaisissa SD Desktop -virtuaalikoneissa. Podman pystyy käyttämään Docker-kontteja, joten sitä voidaan käyttää Dockerin korvaamiseen SD Desktop -työvuoissasi.

Koska SD Desktopilla ei ole pääsyä ohjelmistokonttien repositorioihin, sinun täytyy tallentaa haluamasi kontti Docker-arkistotiedostoon jossakin toisessa ympäristössä, jossa käytössäsi on Podman tai Docker. Tämä tiedosto täytyy sitten tuoda SD Desktopiin SD Connectin kautta.

Esimerkiksi, jotta voisit käyttää Trimmomatic-ohjelmistoa CSC-projektin project_2000123 SD Desktopissa, voit toimia seuraavasti.

Luo Docker-konttitiedosto Trimmomaticin sisältävällä Linux-palvelimella, jossa Docker on saatavilla. Tämä voidaan tehdä komennoilla:

sudo docker pull staphb/trimmomatic:latest
sudo docker images
sudo docker save -o trimmomatic.docker 932a84b67790

Tässä viimeinen komento käyttää kontin tunnistetta (932a84b67790), joka tarkistettiin komennolla docker images.

Docker-tiedosto täytyy ladata SD Connectiin, josta se voidaan kopioida SD Desktop -virtuaalikoneeseen. Tässä esimerkissä Docker-tiedosto trimmomatic.docker ladataan SD Connectiin komennolla a-put:

a-put --sdx trimmomatic.docker -b 2000123_docker

Yllä oleva komento salaa datan (--sdx) ja tallentaa sen SD Connect -ämpäriin 2000123_docker.

Kopioidun kontin käyttämiseksi avaa tai päivitä Data Gateway -yhteys SD Desktop -virtuaalikoneessasi. Avaa sitten pääteikkuna ja kopioi Docker-tiedosto virtuaalikoneesi paikalliselle levylle. Nyt voit ladata Docker-kontin Podman-ympäristöösi.

Trimmomatic-kontin tapauksessa voit tuoda kontin komennoilla:

cp Projects/SD-Connect/project_2000123/2000123_docker/trimmomatic.docker ./
podman image load -i trimmomatic.docker
podman image list 
podman image tag 932a84b67790 trimmomatic

SD Desktopissa sinun täytyy aina lisätä määritys --cgroup-manager cgroupfs, kun ajat Podman-konttia. Esimerkiksi tuodun kontin käyttäminen Trimmomatic-suodatuksen ajamiseen tiedostolle /media/volume/rawdata.fastq voidaan nyt tehdä komennolla:

podman --cgroup-manager cgroupfs run -v /media/volume:/media/volume trimmomatic:latest trimmomatic SE /media/volume/rawdata.fastq  /media/volume/filtered.fastq MINLEN:100

Yllä olevassa komennossa komennon ensimmäinen osa on varsinainen podman-komento, joka määrittää Podman-toiminnon (run) sekä liitoksen paikallisen ja konttiympäristön välillä (-v).

podman --cgroup-manager cgroupfs run -v /media/volume:/media/volume trimmomatic:latest

Komennon loppuosa määrittää varsinaisen trimmomatic-analyysikomennon:

trimmomatic SE /media/volume/rawdata.fastq  /media/volume/filtered.fastq MINLEN:100