Auto-apptainer
Auto-apptainer on aputyökalu, jota voidaan käyttää ohjelmistojen lisäämiseen SD Desktop -virtuaalikoneeseen. Se hyödyntää CSC:n valmiiksi lataamaa Apptainer-pohjaisten ohjelmistokonttien kirjastoa. Voit ehdottaa kontin lisäämistä kirjastoon.
Auto-apptainer ei ole oletusarvoisesti käytettävissä, vaan se täytyy ensin asentaa käyttämällä SD Software installeria
Tämän jälkeen voit käynnistää työkalun komennolla:
Oletusarvoisesti tämä listaa kaikki auto-apptainerille saatavilla olevat Apptainer-paketit. Luettelosta voit valita asennettavan paketin.
Vaihtoehtoisesti voit lisätä komentoon suodatusehdon. Tällöin listataan vain ne kontit, joiden nimi tai jokin kontin tarjoamista komennoista vastaa hakuehtoa.
Esimerkiksi komento:
pyytää käyttäjää valitsemaan kahdesta kontista: bamtools ja bedtools. Bedtools sisältyy mukaan, koska se tarjoaa komennot bamToBed ja bamToFasta, jotka tässä tapauksessa vastaavat hakuehtoa.
Kun kontti on valittu, yksi tai useampi Apptainer-wrapper-pohjainen komento luodaan hakemistoon: /shared-directory/sd-tools/bin.
Näitä komentoja voidaan useimmiten käyttää kuten natiivisti asennettuja komentoja. Esimerkiksi Bamtools-kontin asentamisen jälkeen Bamtools voidaan käynnistää komennolla:
Alta löydät luettelon ohjelmistoista, jotka voidaan asentaa auto-apptainerilla. Luettelo voi olla vanhentunut. Ajantasaisen luettelon saat suorittamalla komennon auto-apptainer SD Desktopissa.
- allelecount-4.2.1
- bamtools_2.5.2--hd03093a_1
- bcftools_1.20
- bedtools_2.31.0
- cnvkit-0.9.12
- deepvariant_1.5.0
- EIG_8.0.0
- hisat2_2.2.1--h87f3376_5
- htseq-2.0.3
- image-to-text
- kneaddata-0.12.0
- kneaddata-0.12.1
- mpv-0.34.1
- p7zio
- pdf2searchablepdf
- picard
- python3-for-medimaging
- samtools_1.17-2023-06
- seqtk_v1.3-1-deb_cv1
- stringtie_2.2.0--ha025227_1
- taguette.info
- trimgalore-0.6.9
- vcftools_v0.1.16-1
- vsearch_2.23.0
- weeder_2.0--h9f5acd7_7