Apptainer-konttien hyödyntäminen SD Desktopissa
Warning-label
Osaamistaso - Edistynyt
Koska SD Desktop ei ole suoraan yhteydessä internetiin, et voi käyttää siellä uusia ohjelmistoja asentavia työkaluja, kuten Git, Conda tai Pip. Sen sijaan voit käyttää Apptainer -ohjelmistokonttityökalua lisätäksesi uusia ohjelmistoja SD Desktop -ympäristöösi. Sinun täytyy kuitenkin ensin rakentaa tai ladata Apptainer-kontti muualla ja käyttää sitten Allasta/SD Connectia kontin tuomiseen SD Desktopiin.
Huomaa: Apptainer on Singularity-konttijärjestelmän forkki, joten ohjeissa saatetaan monissa tapauksissa viitata Singularityyn. Useimmissa tapauksissa voit vain korvata sanan "Singularity" sanalla "Apptainer".
Jos sinulla on pääkäyttäjäoikeudet koneeseen, jossa on Apptainer, voit rakentaa oman kontin, joka sisältää täsmälleen tarvitsemasi ohjelmistot ja aineistot. Monet ohjelmistot ovat saatavilla myös valmiina Apptainer-kontteina tai Docker-kontteina, jotka voidaan muuntaa Apptainer-konteiksi. Tässä dokumentissa näytämme, kuinka julkisesta repositoriosta tuodaan valmis Apptainer-kontti SD Desktopiin.
Vaiheittainen ohje
Aloita aktivoimalla projektillesi palvelut Puhti, SD Desktop ja Allas/SD Connect. Tämä tehdään MyCSC:ssä.
Näin tuot valmiin Apptainer-kontin julkisesta repositoriosta SD Desktopiin:
Valmiin kontin tuominen Puhdin kautta
Etsi sopiva kontti
Alla olevassa esimerkissä tuomme BETA Binding and Expression Target Analysis -ohjelmiston SD Desktopiin. Tämä työkalu on saatavilla valmiina Apptainer-konttina Biocontainers -repositoriossa. Löydät työkalun hakemalla repositoriosta Binding and Expression Target Analysis. Kun avaat tuloksena saadun cistrome_beta-kontin tarkemmat tiedot, näet, että Singularity-moduuli voidaan ladata URL-osoitteesta: https://depot.galaxyproject.org/singularity/cistrome_beta:1.0.7--py27heb79e2c_4
Lataa kontti
Koska meidän ei tarvitse rakentaa konttia alusta asti, voimme käyttää puhti.csc.fi -palvelinta kontin levykuvan lataamiseen ja sen siirtämiseen Altaaseen.
Kirjaudu ensin puhti.csc.fi-palveluun. Käynnistä sitten interaktiivinen eräajotehtävä komennolla:
Siirry interaktiivisessa istunnossa hakemistoon LOCAL_SCRATCH ja aseta joitakin Singularityyn liittyviä ympäristömuuttujia:
export SINGULARITY_TMPDIR=$LOCAL_SCRATCH
export SINGULARITY_CACHEDIR=$LOCAL_SCRATCH
unset XDG_RUNTIME_DIR
Lataa sitten paikallinen kopio Beta-kontista komennolla
apptainer pull beta.sif https://depot.galaxyproject.org/singularity/cistrome_beta:1.0.7--py27heb79e2c_4
Tämä luo uuden Singularity-konttitiedoston beta.sif. BETA-ohjelmiston kotisivulta
lataamme myös testiaineiston varmistaaksemme, että kontti toimii.
Lataa kontti Allakseen / SD Connectiin
Seuraavaksi lataamme nämä kaksi tiedostoa Allakseen/SD Connectiin. Tässä esimerkissä käytämme projektia 2012345.
module load allas
allas-conf project_2012345
a-put --sdx beta.sif -b 2012345_beta
a-put --sdx BETA_test_data.zip -b 2012345_beta
Yllä olevat komennot tallentavat tiedostot Allaksen ämpäriin 2012345_beta. a-put-komentoa käytetään valinnalla --sdx, jotta ladattu data salataan SD Desktopin kanssa yhteensopivalla salauksella.
Kontin käyttäminen SD Desktopissa
Kirjaudu ensin sd-desktop.csc.fi-palveluun ja avaa virtuaalityöpöytäistuntosi.
Kun .sif-muotoinen Apptainer-konttitiedosto ja esimerkkidata on ladattu Allakseen, voimme kopioida
ne SD Desktopiin. Tee tämä avaamalla DataGateway SD Desktop -istunnossasi. Kopioi sen jälkeen data SD Desktopin paikalliselle levylle.
Voit tehdä tämän käyttämällä työpöydän graafista DataGateway-työkalua (katso video).
Tai voit käyttää Linuxin komentoriviä: Avaa Linux-pääte SD Desktopissa. Siirrä päätteessä Apptainer-tiedosto ja testidata nykyiseen sijaintiisi:
cp Projects/SD-connect/project_201234/2012345_beta/beta.sif ./
cp Projects/SD-connect/project_201234/2012345_beta/BETA_test_data.zip ./
Pura testiaineisto:
Nyt voit suorittaa BETA:n apptainer-komennolla. Esimerkiksi komennon BETA minus help näytetään komennolla:
Ja analyysi hakemistossa BETA_test_data olevalla esimerkkidatalla
voidaan suorittaa esimerkiksi seuraavilla komennoilla:
Tässä esimerkissä tulokset kirjoitetaan hakemistoon BETA_OUTPUT.