Apptainer-konttien hyödyntäminen SD Desktopissa
-
Osaamistaso – Edistynyt
Koska SD Desktop ei ole suoraan yhteydessä internetiin, et voi käyttää siellä uusien ohjelmistojen asentamiseen työkaluja kuten Git, Conda tai Pip. Sen sijaan voit käyttää Apptainer -ohjelmistokonttityökalua lisätäksesi uusia ohjelmistoja SD Desktop -ympäristöösi. Sinun täytyy kuitenkin ensin rakentaa tai ladata Apptainer-kontti muualla ja käyttää sitten Allasta/SD Connectia kontin tuomiseen SD Desktopiin.
Huomaa: Apptainer on Singularity-konttijärjestelmän haarautuma, joten ohjeissa saatetaan monissa tilanteissa viitata Singularityyn. Useimmissa tapauksissa voit vain korvata sanan "Singularity" sanalla "Apptainer".
Jos sinulla on root-käyttöoikeus koneeseen, jossa on Apptainer, voit rakentaa oman kontin, joka sisältää juuri tarvitsemasi ohjelmistot ja aineistot. Monet ohjelmistot ovat saatavilla myös valmiina Apptainer-kontteina tai Docker-kontteina, jotka voidaan muuntaa Apptainer-konteiksi. Tässä dokumentissa näytämme, miten valmis Apptainer-kontti tuodaan julkisesta repositoriosta SD Desktopiin.
Vaiheittainen opas
Ennen kuin aloitat, aktivoi projektillesi palvelut Roihu, SD Desktop ja Allas/SD Connect. Tämä tehdään MyCSC:ssä.
Näin tuot valmiin Apptainer-kontin julkisesta repositoriosta SD Desktopiin:
Valmiin kontin tuominen Roihun kautta
Etsi sopiva kontti
Alla olevassa esimerkissä tuomme BETA Binding and Expression Target Analysis -ohjelmiston SD Desktopiin. Tämä työkalu on saatavilla valmiina Apptainer-konttina Biocontainers -repositoriossa. Löydät työkalun hakemalla repositoriosta Binding and Expression Target Analysis. Kun avaat tuloksena saadun cistrome_beta-kontin tarkemmat tiedot, näet, että Singularity-moduulin voi ladata osoitteesta: https://depot.galaxyproject.org/singularity/cistrome_beta:1.0.7--py27heb79e2c_4
Lataa kontti
Koska meidän ei tarvitse rakentaa konttia alusta alkaen, voimme käyttää Roihua kontin levykuvan lataamiseen ja sen siirtämiseen Altaaseen.
Kirjaudu ensin Roihun selainkäyttöliittymään ja avaa Compute node shell Roihun CPU:ssa.
Komentotulkki-istunnossa siirry hakemistoon TMPDIR ja aseta joitakin Singularityyn liittyviä ympäristömuuttujia:
Lataa sitten Beta-kontista paikallinen kopio komennolla
apptainer pull beta.sif https://depot.galaxyproject.org/singularity/cistrome_beta:1.0.7--py27heb79e2c_4
Tämä luo uuden singularity-konttitiedoston beta.sif. BETA-ohjelmiston kotisivulta
lataamme myös testiaineiston varmistaaksemme, että kontti toimii.
Lataa kontti Altaaseen / SD Connectiin
Sitten lataamme nämä kaksi tiedostoa Allas/SD Connectiin. Tässä esimerkissä käytämme projektia 2012345.
module load allas
allas-conf project_2012345
a-put --sdx beta.sif -b 2012345_beta
a-put --sdx BETA_test_data.zip -b 2012345_beta
Yllä olevat komennot tallentavat tiedostot ämpäriin 2012345_beta Altaassa. a-put-komentoa käytetään valinnalla --sdx, jotta ladattu data salataan SD Desktopin kanssa yhteensopivalla salauksella.
Kontin käyttäminen SD Desktopissa
Kirjaudu ensin osoitteeseen sd-desktop.csc.fi ja avaa virtuaalityöpöytäistuntosi.
Kun .sif-muotoinen Apptainer-konttitiedosto ja esimerkkidata on ladattu Altaaseen, voimme kopioida
ne SD Desktopiin. Tee tämä avaamalla DataGateway SD Desktop -istunnossasi. Kopioi sen jälkeen data SD Desktopin paikalliselle levylle.
Voit tehdä tämän käyttämällä työpöydän graafista DataGateway-työkalua (katso video).
Tai voit käyttää Linuxin komentoriviä: Avaa Linux-pääte SD Desktopissa. Siirrä päätteessä Apptainer-tiedosto ja testidata nykyiseen sijaintiisi:
cp Projects/SD-connect/project_201234/2012345_beta/beta.sif ./
cp Projects/SD-connect/project_201234/2012345_beta/BETA_test_data.zip ./
Pura testiaineisto:
Nyt voit suorittaa BETA:n apptainer-komennon kautta. Esimerkiksi komennon BETA minus help näytetään komennolla:
Ja analyysi hakemistossa BETA_test_data olevalla esimerkkidatalla
voidaan suorittaa esimerkiksi seuraavilla komennoilla:
Tässä esimerkissä tulokset kirjoitetaan hakemistoon BETA_OUTPUT.