Apptainer-konttien hyödyntäminen SD Desktopissa
Warning-label
Osaamistaso – Edistynyt
Koska SD Desktop ei ole suoraan yhteydessä internetiin, et voi käyttää siellä uusia ohjelmistoja asentavia työkaluja, kuten Gitiä, Condaa tai Pipiä. Sen sijaan voit käyttää Apptainer -ohjelmistokonttityökalua lisätäksesi uusia ohjelmistoja SD Desktop -ympäristöösi. Sinun täytyy kuitenkin ensin rakentaa tai ladata Apptainer-kontti muualla ja käyttää sitten Allasta/SD Connectia kontin tuomiseen SD Desktopiin.
Huomaa: Apptainer on Singularity-konttijärjestelmän forkki, joten ohjeissa voidaan monissa tilanteissa viitata Singularityyn. Useimmissa tapauksissa voit vain korvata sanan "Singularity" sanalla "Apptainer".
Jos sinulla on root-käyttöoikeus koneeseen, jossa on Apptainer, voit rakentaa oman kontin, joka sisältää juuri tarvitsemasi ohjelmistot ja aineistot. Monet ohjelmistot ovat saatavilla myös valmiina Apptainer-kontteina tai Docker-kontteina, jotka voidaan muuntaa Apptainer-konteiksi. Tässä dokumentissa näytämme, kuinka julkisesta repositoriosta tuodaan valmis Apptainer-kontti SD Desktopiin.
Vaiheittainen opas
Ennen kuin aloitat, aktivoi palvelut Puhti, SD Desktop ja Allas/SD Connect projektillesi. Tämä tehdään MyCSC:ssä.
Kuinka tuoda valmis Apptainer-kontti julkisesta repositoriosta SD Desktopiin:
Valmiin kontin tuominen Puhdin kautta
Etsi sopiva kontti
Alla olevassa esimerkissä tuomme BETA Binding and Expression Target Analysis -ohjelmiston SD Desktopiin. Tämä työkalu on saatavilla valmiina Apptainer-konttina Biocontainers -repositoriossa. Löydät työkalun hakemalla repositoriosta Binding and Expression Target Analysis. Kun avaat tuloksena saadun cistrome_beta-kontin tarkemmat tiedot, näet, että Singularity-moduuli voidaan ladata URL-osoitteesta: https://depot.galaxyproject.org/singularity/cistrome_beta:1.0.7--py27heb79e2c_4
Lataa kontti
Koska meidän ei tarvitse rakentaa konttia alusta alkaen, voimme käyttää puhti.csc.fi -palvelinta kontin levykuvan lataamiseen ja sen siirtämiseen Altaaseen.
Kirjaudu ensin puhti.csc.fi-palveluun. Käynnistä sitten interaktiivinen eräajotehtävä komennolla:
Siirry interaktiivisessa istunnossa hakemistoon LOCAL_SCRATCH ja aseta joitakin Singularityyn liittyviä ympäristömuuttujia:
export SINGULARITY_TMPDIR=$LOCAL_SCRATCH
export SINGULARITY_CACHEDIR=$LOCAL_SCRATCH
unset XDG_RUNTIME_DIR
Lataa sitten paikallinen kopio Beta-kontista komennolla
apptainer pull beta.sif https://depot.galaxyproject.org/singularity/cistrome_beta:1.0.7--py27heb79e2c_4
Tämä luo uuden Singularity-konttitiedoston, beta.sif. BETA-ohjelmiston kotisivulta
lataamme myös testiaineiston varmistaaksemme, että kontti toimii.
Lataa kontti Allakseen / SD Connectiin
Seuraavaksi lataamme nämä kaksi tiedostoa Allakseen/SD Connectiin. Tässä esimerkissä käytämme projektia 2012345.
module load allas
allas-conf project_2012345
a-put --sdx beta.sif -b 2012345_beta
a-put --sdx BETA_test_data.zip -b 2012345_beta
Yllä olevat komennot tallentavat tiedostot Allaksen ämpäriin 2012345_beta. a-put-komentoa käytetään valitsimella --sdx, jotta ladattu data salataan SD Desktopin kanssa yhteensopivalla salauksella.
Kontin käyttäminen SD Desktopissa
Kirjaudu ensin sd-desktop.csc.fi-palveluun ja avaa virtuaalityöpöytäistuntosi.
Kun .sif-muotoinen Apptainer-konttitiedosto ja esimerkkidata on ladattu Allakseen, voimme kopioida
ne SD Desktopiin. Tee tämä avaamalla DataGateway SD Desktop -istunnossasi. Kopioi sen jälkeen data SD Desktopin paikalliselle levylle.
Voit tehdä tämän käyttämällä työpöydän graafista DataGateway-työkalua (katso video).
Tai voit käyttää Linuxin komentoriviä: Avaa Linux-pääte SD Desktopissa. Siirrä päätteessä Apptainer-tiedosto ja testidata nykyiseen sijaintiisi:
cp Projects/SD-connect/project_201234/2012345_beta/beta.sif ./
cp Projects/SD-connect/project_201234/2012345_beta/BETA_test_data.zip ./
Pura testiaineisto:
Nyt voit suorittaa BETAn apptainer-komennon kautta. Esimerkiksi komennon BETA minus help näytetään komennolla:
Ja analyysi hakemistossa BETA_test_data olevalla esimerkkidatalla voidaan
suorittaa esimerkiksi seuraavalla komennolla:
Tässä esimerkissä tulokset kirjoitetaan hakemistoon BETA_OUTPUT.