TransDecoder
TransDecoder etsii ehdokaskoodaavia alueita transkriptisekvensseistä, kuten de novo Trinityllä kootuista transkripteista tai RNA-seq-kohdistuksista genomiin. Se ennustaa transkriptien proteiinisekvenssit, jotka voit sitten annotoida Trinotatella.
Lisenssi
Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia BSD 3-Clause -lisenssillä.
Saatavuus
- Roihu-CPU: 5.7.1,
bio-apps-moduulin kautta.
Käyttö
TransDecoder on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten TransDecoder-moduuli:
TransDecoder suoritetaan kahdessa vaiheessa. Etsi ensin pitkät avoimet lukukehykset (ORF:t) transkripteista. Ennusta sitten, mitkä niistä ovat todennäköisesti koodaavia alueita:
Ennustetut proteiinit kirjoitetaan tiedostoon transcripts.fasta.transdecoder.pep, niiden
koodaavat sekvenssit tiedostoon transcripts.fasta.transdecoder.cds ja niiden sijainnit
tiedostoihin transcripts.fasta.transdecoder.gff3 ja .bed. Oletuksena ORF:ien on oltava
vähintään 100 aminohapon pituisia (-m). Juostespesifiselle datalle lisää -S
komentoon TransDecoder.LongOrfs, jotta haku kohdistuu vain transkriptien ylempään juosteeseen.
Jotta säilytetään ORF:t, joilla on Pfam-domeeniosumia tai BLAST-osumia, vaikka ne muuten
jätettäisiin pois, anna hakutulokset komennolle TransDecoder.Predict valitsimilla --retain_pfam_hits
ja --retain_blastp_hits. Katso lisätietoja
TransDecoderin dokumentaatiosta.
Esimerkkieräajokomentosarja
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=transdecoder
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem=8G
module load bio-apps/v202603
module load transdecoder/5.7.1
TransDecoder.LongOrfs -t transcripts.fasta
TransDecoder.Predict -t transcripts.fasta
Korvaa <project> CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).
Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta kohdasta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.