RevBayes
RevBayes on ohjelma Bayesilaiseen fylogeneettiseen päättelyyn. Mallit määritellään todennäköisyyspohjaisina graafisina malleina Revissä, joka on R:ää muistuttava tulkattava kieli. Tämä mahdollistaa laajan fylogeneettisten ja evolutionaaristen mallien valikoiman rakentamisen ja yhdistämisen.
Lisenssi
Vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.
Saatavuus
- Roihu-CPU: 1.4.1,
bio-apps-moduulin kautta.
Käyttö
RevBayes kuuluu Roihussa bio-apps -kokoelmaan. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten RevBayes-moduuli:
Roihussa RevBayes on käännetty MPI-tuella, ja komento on rb-mpi; erillistä
rb-komentoa ei ole. Aja Rev-skripti komennolla:
Kun rb-mpi käynnistetään ilman skriptiä, se avaa interaktiivisen Rev-konsolin. Aja
konsoli ja lyhyet testit interaktiivisessa istunnossa,
älä kirjautumissolmulla.
Rinnakkainen ajo
Kun RevBayes käynnistetään srun-komennolla eräajossa, se jakaa analyysin
riippumattomat toistot (mcmc()- ja mcmcmc()-funktioiden nruns-argumentti) sekä
power-posterior-analyysin kivet MPI-prosessien kesken. Käytä yhtä monta prosessia
kuin toistoja on, esimerkiksi 4 prosessia, kun nruns=4.
Esimerkkieräajokomentosarja
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=revbayes
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=12:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=4
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem-per-cpu=2G
module load bio-apps/v202603
module load revbayes/1.4.1
srun rb-mpi my_analysis.Rev
Tässä esimerkissä ajetaan neljä MPI-prosessia, yksi analyysin jokaista toistoa kohti,
kun nruns=4. Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi
project_2001234).
Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta ohjeesta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.