CONCOCT

CONCOCT binnaa metagenomisia kontigeja genomeiksi niiden sekvenssikoostumuksen ja peiton perusteella useissa näytteissä.

CONCOCT

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia BSD 2-Clause -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu-CPU: 1.1.0 (moduuli py-concoct), bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

CONCOCT on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten CONCOCT-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load py-concoct/1.1.0

CONCOCT tarvitsee kontigit sekä lajitellut ja indeksoidut BAM-tiedostot, jotka on saatu kohdistamalla kunkin näytteen lukemat kontigeihin. Pilko ensin kontigit 10 kb:n paloihin ja laske kunkin palan peitto kussakin näytteessä:

cut_up_fasta.py contigs.fa -c 10000 -o 0 --merge_last -b contigs_10K.bed > contigs_10K.fa
concoct_coverage_table.py contigs_10K.bed mapping/*.sorted.bam > coverage_table.tsv

Aja CONCOCT, jossa -t määrittää säikeiden määrän (oletus on yksi säie):

concoct --composition_file contigs_10K.fa --coverage_file coverage_table.tsv \
  -b concoct_output/ -t 16

Yhdistä palojen klusterointi takaisin alkuperäisiin kontigeihin ja kirjoita kukin bin FASTA-tiedostoon:

merge_cutup_clustering.py concoct_output/clustering_gt1000.csv > concoct_output/clustering_merged.csv
mkdir -p concoct_output/fasta_bins
extract_fasta_bins.py contigs.fa concoct_output/clustering_merged.csv \
  --output_path concoct_output/fasta_bins

Jos haluat yhdistää CONCOCTin binnejä muiden binnaustyökalujen tuottamiin binneihin, käytä MAGScoT.

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=concoct
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=12:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=16
#SBATCH --mem=32G

module load bio-apps/v202603
module load py-concoct/1.1.0

cut_up_fasta.py contigs.fa -c 10000 -o 0 --merge_last -b contigs_10K.bed > contigs_10K.fa
concoct_coverage_table.py contigs_10K.bed mapping/*.sorted.bam > coverage_table.tsv
concoct --composition_file contigs_10K.fa --coverage_file coverage_table.tsv \
  -b concoct_output/ -t $SLURM_CPUS_PER_TASK
merge_cutup_clustering.py concoct_output/clustering_gt1000.csv > concoct_output/clustering_merged.csv
mkdir -p concoct_output/fasta_bins
extract_fasta_bins.py contigs.fa concoct_output/clustering_merged.csv \
  --output_path concoct_output/fasta_bins

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta kohdasta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki