Python-asennusongelmien vianmääritys
Suorita which python3, jotta näet, oletko todella siinä ympäristössä, jossa odotat olevasi
Muutamia esimerkkejä:
$ module purge
$ which python3
/usr/bin/python3 # ← system Python
$ module load python-data
$ which python3
/appl/soft/ai/tykky/python-data-2024-04-update2/bin/python3
$ module load geoconda
$ which python3
/appl/soft/geo/geoconda/3.11.10/bin/python3
$ module load pytorch
$ which python3
/appl/soft/ai/wrap/pytorch-2.6/bin/python3
$ module load pytorch
$ source venv-pytorch2.6/bin/activate # ← activating virtual environment
$ which python3
/scratch/project_2001659/mvsjober/venv-pytorch2.6/bin/python3
Voit myös tarkistaa Python-version:
Käytä komentoa pip3 list -v selvittääksesi, mistä pakettisi tulevat
Python-asennusongelmien vianmäärityksessä näemme usein, että käyttäjät ovat asentaneet omia versioitaan paketeista, jotka voivat olla ristiriidassa CSC:n esiasennetuista moduuleista tulevien pakettien kanssa. On hyvin helppoa unohtaa jotain, jonka asensit kauan sitten, ja on myös helppoa olla huomaamatta, että pip asentaa joitakin lisäpaketteja, joista et ole tietoinen.
Muistutuksena katso Pythonin käyttöopas, jossa kerrotaan, miten voit asentaa omia pakettejasi CSC:n Python-asennusten päälle.
Komento pip3 list -v on helppo tapa selvittää, mistä pakettisi
tulevat. Lista voi olla hyvin pitkä, joten kannattaa ehkä käyttää
less-komentoa saadaksesi näkymän, jossa voit vierittää ylös ja alas, tai
grep-komentoa poimiaksesi sinua kiinnostavat rivit.
less-ohjelmassa voit käyttää nuolinäppäimiä tai Page Up- ja Page Down -näppäimiä
liikkuaksesi. Lopeta painamalla q.
Alla on esimerkki (josta on poistettu monia rivejä), jossa käytetään python-data- moduulia yhdessä venvin kanssa sekä joitakin käyttäjän kotihakemistoon asennettuja paketteja.
Package Version Location Installer
---------- -------- ----------------------------------------------------------------------- ---------
aiohttp 3.9.3 /PUHTI_TYKKY_FRQGCcR/miniconda/envs/env1/lib/python3.10/site-packages conda # ← tykky
alembic 1.13.1 /PUHTI_TYKKY_FRQGCcR/miniconda/envs/env1/lib/python3.10/site-packages pip # ← tykky
..
biopython 1.85 /users/mvsjober/.local/lib/python3.10/site-packages pip # ← user's home
..
cowsay 6.1 /projappl/project_2001659/mvsjober/my-venv/lib/python3.10/site-packages pip # ← project venv
Tulosteessa pip3 list -v tarkista sarake Location. Yllä olevassa esimerkissä
paketit, joiden sijainti alkaa polulla /PUHTI_TYKKY_, ovat
python-data-moduulista tulevia paketteja, joka on asennettu
Tykkyllä. Huomaa, että nämä ovat polkuja Tykkyllä luodun kontin
sisällä. Paketti biopython näyttää olevan asennettu käyttäjän
kotihakemistoon, kun taas cowsay on käyttäjän venv-
virtuaaliympäristössä, joka löytyy projektikansiosta.
Jos haluat nähdä vain paketit, jotka eivät tule CSC:n asentamasta python-data-moduulista:
Huomaa, että jotkin moduulit eivät käytä Tykkyä ja Condaa. Esimerkiksi
pytorchissa paketit on asennettu hakemistoihin /usr/local/lib tai
/usr/local/lib64. Huomaa, että nämä ovat polkuja pytorch-kontin
sisällä.