Hyppää sisältöön

Welcome to our weekly research support coffee hour on Zoom! Click here for more information.

Warning!

Puhti scratch disk is becoming very full (80+ % ) resulting in performance degradation. Everybody is advised to only keep actively processed data on scratch, all other data should be deleted, transferred to host institute or stored in Lumi-O. No new quota will be granted. Click here for a tool for examining your disk usage.

Miten käyttää cPoudan GPU:ta renderöintiin?

Jos sinulle on myönnetty GPU-flavoreita, voit käyttää GPU:ita renderöintiin. Seuraavat ohjeet näyttävät, miten cPoudan etägrafiikkaympäristö otetaan käyttöön. Jos et tarvitse GPU-kiihdytettyä etätyöpöytäympäristöä, tässä ovat ohjeet etätyöpöytäympäristön käyttöönottoon. GPU-käyttöä varten sinun täytyy asentaa X-, VNC- ja VirtualGL-palvelimet. Kun ne on asennettu, palvelimet pysyvät käynnissä myös silloin, kun poistut SSH-istunnosta. Kun haluat palata käyttämään cPoudan etägrafiikkaa, avaa vain yksi suojattu SSH-yhteys. Yleinen menettely kuvataan alla, ja mukana on myös esimerkkejä. Osa tiedoista on saatavilla myös video-oppaana.

Ohjeet on tarkoitettu pääasiassa cPoudan Ubuntu 18 -kuvalle, mutta samat periaatteet pätevät myös muihin Linux-jakeluihin. Ubuntu on hyvä valinta, jos tarvitset uusimpia ominaisuuksia. Lyhyet CentOS-ohjeet on annettu myös lopussa. Nämä asennukset ovat minimaalisia. Jotkin sovellukset tarvitsevat lisäpaketteja toimiakseen oikein. Vaikka cPoudan CUDA-kuvat voidaan määrittää uudelleen renderöintiä varten, on suositeltavaa tehdä asennus alusta alkaen.

Ubuntu-asennus

Kun olet käynnistänyt cPoudan Ubuntu-kuvan, päivitä pakettiluettelot ja asenna X-palvelin sekä Openbox-ikkunamanageri

sudo apt-get update
sudo apt-get install xorg openbox

(Ohita seuraava ajuriasennus, jos käytät CUDA-kuvaa.) Asenna ensin Linux-ytimen lähdekoodit, joita tarvitaan, jotta NVIDIA-ajurin kääntäminen toimii. Lataa sitten tarpeisiisi parhaiten sopiva NVIDIA-ajuri. Tässä esimerkissä käytetään tuoretta ajuriversiota 450.51.06. Katso saatavilla olevat Linux-ajurit NVIDIAn verkkosivuilta (cPoudassa on Tesla P100 -kortteja).

sudo apt install build-essential libglvnd-dev pkg-config
sudo wget http://uk.download.nvidia.com/tesla/450.51.06/NVIDIA-Linux-x86_64-450.51.06.run

Kun suoritat NVIDIA:n asennusskriptin, saat varoituksen siitä, että 32-bittisiä yhteensopivuuskirjastoja ei asenneta. Tämä on useimmissa tapauksissa täysin hyväksyttävää. Jos tarvitset 32-bittistä tukea, suorita ensin sudo apt-get install gcc-multilib

sudo sh NVIDIA-Linux-x86_64-450.51.06.run

(Jatka tästä, jos käytät CUDA-kuvaa.) Määritä X NVIDIA-ajurille työkalulla nvidia-xconfig. Se selvittää kortin BusID-osoitteen (tässä esimerkissä PCI:0:5:0; korvaa se omalla kyselysi tuloksella), jota käytetään X-määritystiedoston luomiseen. Ohita määritystiedostoon liittyvä varoitus.

nvidia-xconfig --query-gpu-info
sudo nvidia-xconfig --busid=PCI:0:5:0

VirtualGL-väliohjelmistoa tarvitaan ohjaamaan grafiikka NVIDIA-kortille, ja VNC-palvelin välittää renderöidyn grafiikan paikalliselle VNC-asiakasohjelmallesi. Lataa ja asenna VirtualGL- ja TurboVNC-palvelimet. (Tarvitset myös VNC-asiakasohjelman paikalliselle tietokoneellesi, katso alla.)

wget https://netix.dl.sourceforge.net/project/virtualgl/2.6.4/virtualgl_2.6.4_amd64.deb
wget https://kumisystems.dl.sourceforge.net/project/turbovnc/2.2.5/turbovnc_2.2.5_amd64.deb
sudo dpkg -i virtualgl_*.deb turbovnc_*.deb

Määritä VirtualGL-palvelin. Jos olet virtuaalikoneen ainoa käyttäjä, vastaa No kaikkiin kysymyksiin (valitse: 1,n,n,n,x). Lisätietoja on saatavilla osoitteessa virtualgl.org/Documentation/

sudo vglserver_config

Käynnistä cPouta-virtuaalikone uudelleen tässä vaiheessa ennen jatkamista.

Uudelleenkäynnistyksen jälkeen käynnistä VNC-palvelin. Määritä virtuaalityöpöytäikkunan koko parametrilla geometry. Jos jätät sen pois, oletuskoko on 1240x900. Kun VNC-palvelin käynnistetään ensimmäisen kerran, se pyytää luomaan salasanan. Kun sinua pyydetään, kirjoita enintään 8-merkkinen salasana (kahdesti) ja vastaa sitten No vain katseluun tarkoitetulle salasanalle. Tarvitset tätä TurboVNC-salasanaa myöhemmin, kun muodostat yhteyden paikallisen tietokoneesi VNC-katseluohjelmalla. Katso Käyttö alla. Lisätietoja on saatavilla osoitteessa turbovnc.org/Documentation/

/opt/TurboVNC/bin/vncserver -geometry 1920x1080

Käynnistä X-palvelin (sinun täytyy painaa return-näppäintä kahdesti) ja aseta näytön numeroksi 0.

sudo /usr/bin/X :0 &
export DISPLAY=:0

Nyt GPU on valmis käytettäväksi paikallisen VNC-katseluohjelman kautta alla kuvatulla tavalla. Tarvitset yhden suojatun SSH-tunnelin auki VNC-yhteyttä varten. Palvelimet pysyvät käynnissä, kun poistut SSH:sta. Jos käynnistät virtuaalikoneen uudelleen, suorita yllä olevat kolme viimeistä komentoa uudelleen palvelimien käynnistämiseksi.

Käyttö - miten käyttää cPoudan etägrafiikkaa

Asenna TurboVNC 2.2.5 -katseluohjelma paikalliselle työpöytätietokoneellesi osoitteesta sourceforge.net/projects/turbovnc/files/

Avaa salattu SSH-tunneli VNC-yhteyttä varten tietokoneesi ja virtuaalikoneen (VM) välille. TurboVNC-palvelimen käyttämä portti näytetään, kun TurboVNC käynnistyy: TurboVNC started on display name-of-VM:1 (name-of-VM on virtuaalikoneellesi antamasi instanssin nimi, ja TurboVNC-palvelin käyttää ensimmäistä vapaata porttia). Valitse paikalliselle tietokoneellesi portti, joka ei ole jo käytössä, esimerkiksi 5911. Kun SSH-tunneli on muodostettu, käynnistä paikallinen TurboVNC-katseluohjelma paikallisessa portissa. Katso alla olevat esimerkit (huomaa, että muissa jakeluissa oletuskäyttäjänimi on cloud-user eikä ubuntu).

Linux/Mac:
täytä vncviewer-polku, virtuaalikoneesi IP-numero, sen nimi sekä avainparitiedostosi sijainti ja nimi. Kirjoita TurboVNC-salasanasi, kun sitä pyydetään.

path/vncviewer -via ubuntu@ip-number-of-VM name-of-VM:1 -i path/private-key-file.pem

Windows-tietokone, komentokehotteessa:
täytä PuTTYn polku (PuTTY toimitetaan TurboVNC:n mukana, ja tässä esimerkissä käytetään oletuspolkua), virtuaalikoneesi nimi, sen IP-numero sekä avainparitiedostosi sijainti ja nimi

"c:\\program files\\turbovnc\\putty.exe" -L 5911:name-of-VM:5901 ubuntu@ip-number-of-VM -i path\\private-key-file.ppk

Windows-tietokone, PuTTYn graafista käyttöliittymää käyttäen:
kirjoita avainparitiedostosi sijainti PuTTYn asetusten Auth-paneelin kenttään Private key file for authentication. Täytä myös lähde- ja kohdeportit kohdassa Connection-SSH-Tunnels, Source port: 5911, Destination: name-of-VM:5901 (muista napsauttaa Add-painiketta). Tallenna istuntoprofiili myöhempää käyttöä varten.

Kun SSH-tunneli on muodostettu, avaa TurboVNC-katseluohjelmasi. Kun New TurboVNC Connection -ikkuna avautuu, kirjoita localhost:11, napsauta Connect ja kirjoita TurboVNC-salasanasi, kun sitä pyydetään.

Kaikki alustat:
Kun TurboVNC-salasana on hyväksytty, tyhjä VNC-ikkuna avautuu. Avaa pääte napsauttamalla hiiren oikeaa painiketta. Muista käynnistää sovelluksesi komennolla vglrun. Jos haluat esimerkiksi suorittaa OpenGL-testisovelluksen glxspheres64, kirjoita

vglrun /opt/VirtualGL/bin/glxspheres64

Kun olet valmis, sulje VNC-ikkuna napsauttamalla X-painiketta joko valikkorivillä (Disconnect) tai ikkunan oikeassa yläkulmassa. Älä napsauta työpöytää hiiren oikealla painikkeella ja valitse exit, sillä tämä sulkee Openbox-ikkunamanagerin (katso Tunnetut ongelmat alla).

Hyödyllisiä komentoja

Selvitä TurboVNC-palvelimen näytön numero ja prosessitunnus

/opt/TurboVNC/bin/vncserver -list

Sulje näytössä 1 käynnissä oleva TurboVNC-palvelin

/opt/TurboVNC/bin/vncserver -kill :1

Tarkista, onko X-palvelin käynnissä

ps auxw | grep X

Pysäytä X-palvelin

sudo killall X (CentOS)
sudo killall Xorg (Ubuntu)

Selvitä glibc- ja NVIDIA-ajuriversiot

ldd --version
nvidia-smi

Poista NVIDIA-ajuri (esimerkiksi 450.51.06)

sudo sh NVIDIA-Linux-x86_64-450.51.06.run --uninstall

NVIDIA:n readme-tiedosto sijaitsee polussa /usr/share/doc/NVIDIA_GLX-1.0/README.txt

Tunnetut ongelmat

Jos suljet TurboVNC-katseluohjelman ikkunan napsauttamalla hiiren oikeaa painiketta ja valitsemalla exit, Openbox-ikkunamanageri sammuu. Käynnistä Openbox uudelleen sulkemalla ja käynnistämällä TurboVNC-palvelin uudelleen yllä annettujen ohjeiden mukaisesti.

Jotkin sovellukset tarvitsevat lisäpaketteja toimiakseen oikein. Esimerkiksi Ubuntu-asennuksessa ParaView tarvitsee ylimääräisen paketin

sudo apt-get install libxcb-keysyms1

ja CentOSissa

sudo yum install xcb-util-keysyms

CentOS-asennus


Kun olet käynnistänyt CentOS-7-kuvan, päivitä pakettiluettelot ja asenna X-palvelin, fontit sekä Openbox-ikkunamanageri

yum check-update
sudo yum install xorg-x11-xauth xorg-x11-server-Xorg dejavu-sans-fonts xterm openbox

Asenna Linux-ytimen lähdekoodit, joita tarvitaan, jotta NVIDIA-ajurin kääntäminen toimii

sudo yum install kernel-devel-$(uname -r) gcc

Lataa NVIDIA-ajurin (esimerkiksi version 450.51.06) asennusskripti

sudo wget http://uk.download.nvidia.com/tesla/450.51.06/NVIDIA-Linux-x86_64-450.51.06.run

Suorita skripti. Suositellut vastaukset: No kohtaan register the kernel module sources with DKMS ja No kohtaan Install NVIDIA's 32-bit compatibility libraries. Ohita varoitukset.

sudo sh NVIDIA-Linux-x86_64-450.51.06.run

Määritä X NVIDIA-ajurille työkalulla nvidia-xconfig. Se selvittää kortin BusID-osoitteen (tässä esimerkissä PCI:0:5:0; korvaa se omalla kyselysi tuloksella), jota käytetään X-määritystiedoston luomiseen (ohita vastaava varoitus).

nvidia-xconfig --query-gpu-info
sudo nvidia-xconfig --busid=PCI:0:5:0

Lataa VirtualGL- ja TurboVNC-repositoriot ja asenna palvelimet

sudo wget --directory-prefix=/etc/yum.repos.d https://virtualgl.org/pmwiki/uploads/Downloads/VirtualGL.repo
sudo wget --directory-prefix=/etc/yum.repos.d https://turbovnc.org/pmwiki/uploads/Downloads/TurboVNC.repo
sudo yum install VirtualGL
sudo yum install turbovnc

Määritä VirtualGL-palvelin (suositellut vastaukset: 1,n,n,n,x)

sudo /opt/VirtualGL/bin/vglserver_config

Käynnistä TurboVNC-palvelin. Se pyytää sinua luomaan salasanan. Kun sinua pyydetään, kirjoita 8 merkkiä pitkä salasana (kahdesti) ja vastaa sitten No kohtaan view-only password

/opt/TurboVNC/bin/vncserver -geometry 1920x1080

Muokkaa tiedostoa .vnc/xstartup.turbovnc haluamallasi editorilla. Tiedoston tulee sisältää vain seuraavat kaksi riviä, poista kaikki muu

#!/bin/sh
exec openbox-session

Sinun täytyy käynnistää TurboVNC-palvelin uudelleen, jotta muutokset tulevat voimaan. Käynnistä joko virtuaalikone uudelleen tai pysäytä ja käynnistä TurboVNC uudelleen

/opt/TurboVNC/bin/vncserver -kill :1
/opt/TurboVNC/bin/vncserver -geometry 1920x1080

Käynnistä X-palvelin näytössä 0, ja cPoudan etägrafiikka-asennus on valmis.

sudo /usr/bin/X :0 &
export DISPLAY=:0

Suomenkielinen tekoälykäännös

Sisällössä voi esiintyä virheellistä tietoa tekoälykäännöksestä johtuen.

Klikkaa tästä antaaksesi palautetta